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通过循环单分子扩增和重测序技术（cSMART）进行肝豆状核变性（Wilson Disease）的无创产前检测
作者：Lv Weigang1
Wei Xianda&单位：&来源：中国妇产科在线&编者：
吕卫刚1，，，，，，，，，，，，&背景：将技术（聚合酶链式反应）与无创产前检测（）结合运用，可以精确定量母体血浆中的胎儿突变等位基因，从而实现对胎儿单基因疾病的检测。本研究研发并验证循环单分子扩增和重测序技术（，）对血浆等位基因单分子计数的有效性，威尔逊疾病（Wilson Disease）被用于在无创产前的应用验证。方法：通过法和全外显子组测序法辨别家族性（酶，转运，β多肽）基因突变。通过技术，对单分子进行独特的条形码标记并予以环化，然后通过反向方法对等位基因进行定位和复制。通过测序计算独特的单个等位基因分子，使用原始母体血浆样品中突变等位基因的百分率来确定胎儿的基因型。结果：四个具有家族病史的家族参加本研究。通过法和全外显子组测序法确定了每个家族的致病性基因突变，并对先证者的患病原因进行了确认。通过模拟的血浆模型（模仿胎儿父亲、母亲或双亲等位基因突变的血浆模型）验证法之后，回顾性研究数据显示第二次妊娠取得了侵入性产前诊断和无创产前检测（）胎儿基因型一致的检测结果。结论：我们研发了一种可靠且准确的无创产前检测新方法，并运用此方法准确确认了例风险妊娠的胎儿基因型。运用此技术时需预先知晓父母的致病性突变，可在其他单基因疾病的无常产前检测中广泛使用。& 目前主要通过绒毛取样或羊水穿刺提取胎儿细胞，并进行分子生物学分析来进行产前胎儿单基因病检测。对于具有家族病史的遗传突变分析或先证者患病分析，主要通过法和测序法直接检测相应的致病性等位基因。若突变基因未知，则需要使用短串联重复序列（，）的连锁分析进行检测。上述方法在确定胎儿基因型方面可靠且准确，可为胎儿检测为患病的夫妇提供妊娠建议。全外显子测序技术可轻易识别任何单基因疾病的致病性突变，且在识别家族新发或稀有突变及对临床表型不清楚的个体进行诊断方面，也证明真实可靠。&&除对常见染色体疾病进行成功的无创产前检测（）和在检测具有临床意义的拷贝数变异（）方面很有前景之外，对这项技术明显的扩展之一就是对单基因疾病的准确检测（）。但是，在母体血浆中出现循环低水平的无细胞胎儿时，例如在怀孕至周时（）低达每毫升个染色体拷贝，平均个碱基对，这时对于常规诊断方法的分析模板来说就构成了一个非常大的问题。尽管如此，已经通过数字测量相对突变剂量证明了诊断单基因疾病的可能性（），在与基因突变相关的主要血液疾病β地中海贫血（）、镰状细胞贫血（）和血友病（）以及确定抗原基因型（）的突变方面，使得相应检测成为可能。最近，在两例妊娠中成功使用了（血红蛋白，β）基因相对单倍型剂量分析结合数字技术的检测方法，对存在β地中海贫血风险的胎儿进行了正确的基因分型（）。然而，虽然报告的结果显示存在较好的前景，但是对于大多数分子诊断实验室来说数字仍然存在技术挑战（），因此这项技术无法迅速应用于临床。目前，在临床上可以使用的方法只有通过靶向定量开展的（血型，抗原）基因外显子、和的分型无创产前检测（），已经证明这种方法可以高度准确地测定胎儿存在阳性（，）。从首要原则和针对有创产前诊断开发的分子诊断获得的经验显示，对于血浆中随机分散的分子进行准确定量测量的最合乎逻辑的方法仍然是直接等位基因靶向方法（）。固定前向的常规法和桥接多个突变位点的反向引物法是目前正在开发的有效方法。然而，因为发现源自母体的片段平均尺寸大于源自胎儿的片段（，），优先扩增了较小而非较大片段的已知效应，这有可能潜在地歪曲了真实的等位基因比率。再则，对孕妇和胎儿片段间尺寸分布使用了二分法，这也使这个群体出现了线性和指数不同的扩增量，从而进一步歪曲了等位基因比率。作为一种替代方法，我们已经开发并验证了被称为循环单分子扩增和重测序技术（）的新型法，其中对具有独特条形码的预扩增单个等位基因分子进行靶向测序，但只计算一次，消除了潜在的尺寸偏倚，并允许对原始血浆样品中的突变等位基因进行更精确地量化（图）。&&&&&&&&& 图对血浆中等位基因突变体进行定量检测的法的概念。单个等位基因分子（彩色线）通过其独特的条形码（彩色框）和或独特的起始停止序列识别。对靶向分子进行测序和对独特的分子进行计数，以确定原始血浆中的等位基因比率。为了获取概念性证据，我们在例存在肝豆状核变性（）遗传风险的妊娠中使用了我们经过验证的测定法。是一种罕见的铜代谢紊乱的常染色体隐性遗传疾病，能够导致肝损伤和神经系统紊乱，并会导致偶发性眼、肾和心脏病变（，）。致病基因（酶，转运，β多肽）包括个外显子和编码铜转送蛋白的一个基因，这种蛋白依赖于储存在中的能量（）。在这里，我们的目的是表明，由分析法通过母体血浆样品检测的胎儿基因型与通过有创检测法确定的原始基因型一致。因为事先仅需要知道父母的致病性突变，所以我们认为，在无创产前检测中，法是单基因疾病的一种可靠并且准确的新方法，具有广阔的前景。& 材料和方法研究设计本研究经过了中国湖南省中南大学医学遗传学国家重点实验室伦理委员会批准（批准文号）。四个包含肝功能异常表现先证者的家族同意参加本临床研究（图）。对先证者进行了临床评估，病理检测结果得出的临时诊断。通过法和全外显子组测序法确定的家族性致病性突变。所有对夫妻出现第二次妊娠，在羊水穿刺后，由测序对胎儿进行基因分型。我们进行了回顾性分析，通过我们已经验证的测定法对冻存母体血浆进行。&&测序通过引物程序设定（）外显子扩增的特异性引物（），把这些引物用于反应，产生个家谱外显子片段。把通过染色终止的测序产物在遗传分析仪（）中进行电泳，通过软件分析外显子序列。全外显子组测序简而言之，通过超声对基因组进行片段化处理，对于含有外显子的片段，使用靶向富集试剂盒（安捷伦科技），根据制造商的标准说明书进行采集。在平台的配对末端测序中采用资料库数据。在去除劣质的有错误的测序读数（从两个配对末端的质量评分）与校准仪（版）进行比对（）。在对家谱的全外显子组进行测序后，把编码序列一致的覆盖率数据在、这篇在线版论文附带的补充表（全外显子组）、网上补充表（外显子）上发表。等位基因变异体的检测和特征我们通过和全外显子组测序数据，用算法识别单核苷酸多态性（）（）。所有变异体用标注（）并在、千人基因组和数据库寻找匹配。基因的变异体，无论是良性或致病性，都用和（）算法（）来识别，以评估对功能域的影响。最后，我们把致病性变异体和人类基因突变数据库和肝豆状核变性突变数据库（）进行比较，来确定它们是已知突变还是新的突变。通过进行血浆中突变等位基因的定量我们通过连接包含独特条形码的通用测序适配器（，），从纳克血浆准备数据库。让改性分子变性并且用连接酶来使单股环化。双向背对背引物以单重或多重方式在靠近突变的位点进行退火，以及进行反向处理来复制靶向等位基因。扩增产物在平台（公司）进行大规模的并行测序，以产生×的配对末端读数。这一策略的设计目的是捕获所有可能尺寸的等位基因片段，以减少偏倚，但仍然提供足够的匹配序列重叠来组装靶向等位基因。为了导出血浆等位基因比率，我们只对不同尺寸和来自预扩增数据库比对位置的独特条码等位基因计数。在开始和终止测序碱基有个或更多序列读数相同的情况下，我们只对具有独特条形码的那些进行计数。最终等位基因比率是从最低个独特条形码等位基因确定的。&结果先证者的临床评价、、和家族（图）因一个孩子出现可能的肝功能异常征象到过湖南省和辽宁省的不同产前诊断门诊。每个先证者由住院医生进行体格检查、血生化和尿检测（表）。所有例先证者循环铜蓝蛋白浓度均降低，并且除了之外，其他所有先证者尿中排泄铜的水平均增高。超声波扫描先证者和发现肝脏病变，包括肝豆状核变性的证据。在眼科检查中，只有先证者出现角膜色素环的证据。基于这些收集的临床症状和异常生化检测结果（表），每个先证者被给予了的临时诊断。&& 识别致病性突变所有个家族后来到了湖南家辉遗传专科医院对临床遗传学病学家进行遗传咨询，讨论他们的生育选择。因为所有对夫妇都准备进行第二次妊娠，所以他们同意参与这项研究，目的在于识别与先证者疾病症状相关的致病性突变，进行一个可靠和准确的有创产前检验，并且评价我们新开发的无创产前检查法的性能。在涉及先证者遗传的每对夫妻双方中进行测序，以识别潜在的致病性突变体（表）。这对父母即个人的杂合子突变测序特征显示于图。其中的个突变体是导致单个氨基酸替代的无义突变，个突变体是导致酶成熟中被截断的移码突变。鉴于相对于已知功能域的蛋白改变的位置和性质，预测所有突变会引起酶活性轻度或重度受损（表）。全外显子组测序也证实了这个致病性突变。在此基础上，基因型与先证者相应临床表型的强相关性确认了的临时诊断。法和外显子组测序也在先证者外显子区域发现了个额外的（表）；然而，这些都没有引起氨基酸置换，因此认为是非致病性的。有趣的是，通过家谱分析，包括和（），（），以及一种新（）可以决定性地联系到父亲或母亲突变（表；在线补充图）。风险家族的产前诊断随着在先证者中对基因型的确认，并且可以使用强有力的产前基因分型检测法，所有对夫妻决定在第二次怀孕时进行的有创产前诊断。在通过测序对羊水进行分子基因分型后（图），发现既定的胎儿是（）杂合子，和（）复合杂合子，正常（），和（）杂合子。家族选择终止受影响的妊娠。剩余的例未受影响的妊娠发育至足月，结果产下无症状的健康孩子。&&&&&&&&&&&&&&&&&&&& 图用测序进行产前诊断。进行母体血浆突变等位基因量化的的概念法的设计目的是，在限定体积的血浆中，专门针对单个独特等位基因分子的绝对数量进行计数（图）。我们开发的最终方法涉及标记的单个母体血浆分子的环化，在接近突变位点的背对背引物的退火，反向，然后是对靶向等位基因的大规模平行测序。通过这种方法，可以在从子女有单基因疾病风险的孕妇中收集的原始血浆样品中，对突变等位基因百分率进行定量检测，然后通过简单的孟德尔遗传规律，&& 可以推断胎儿的基因型（见网上补充表）。例如，在父母双方带有同样变异的常染色体隐性遗传病风险妊娠中，如果母亲血浆中突变等位基因百分率所占比例过高（％）、不足（％），那么胎儿基因型可以分别推断为受影响的纯合子、正常纯合子或正常杂合子。另外一种方法是，如果父亲的突变不同，那么可以直接测量母亲血浆中父亲突变等位基因的百分率。在任一遗传模式中，突变母亲等位基因和或父亲等位基因的百分率偏差将等于胎儿分数的一半。对胎儿基因分型的鉴定法的验证在为的无创产前检测进行检测之前，我们进行验证实验来评估其对预先确定的母体血浆突变等位基因水平进行量化的灵敏度、特异性和再现性。为了模仿父亲等位基因的胎儿遗传，我们用来自父亲杂合子的突变掺杂到正常孕妇血浆样品，以便生成％（对照）、％、％和％的最后突变等位基因。对于每个最终突变等位基因百分率，我们为每个样品制作一式多份（）的样本，来评估对突变等位基因进行定量的准确性和再现性。在为突变设计强有力的靶向引物后，我们应用法检测，并与实际检测的与预期的突变等位基因百分率进行比较（图；在线补充表）。对于％、％、％以及％的复制品，实验测定的突变等位基因百分率的均值（）分别为％、％（％）（）、％（％）（）和％（％）（），非常类似于每个突变等位基因百分率的理论值。重要的是，每个复制品的值小，并且在％和％或％和％复制品之间的范围内没有重叠。此外，对照样品没有产生突变体测序读数，表明该测定法具有特异性。相反，为了模仿胎儿遗传母亲突变等位基因，我们从孕妇杂合子、、或获得了份母亲样品（图；网上补充表），其胎儿遗传了母亲的突变等位基因，因此不管胎儿分数如何，母体血浆中应该有突变的和正常的等位基因平衡（约％）。在测定后，在这些样品中突变等位基因的平均（）百分率是％（％），为（图），表明也高度可靠和准确地正确量化了突变母亲等位基因的遗传。&&&&&&&&& 图对遗传血浆模型的胎儿等位基因进行量化的验证以（）、％（）、％（）和％（）单个突变体父亲等位基因的胎儿遗传通过致病突变而建模，而单个突变体母亲等位基因的胎儿遗传通过位点、、或（）而建模。观察对比预计百分率由坐标图显示（中位数黑条）。最后，为了验证用于检测纯合子受影响胎儿的法，我们分析了份血浆样本；从这些样品，知道胎儿遗传了份（样品）或份（样品），因此，百分率应大约为％加胎儿分数的一半（图；网上补充图）。在这两个样品中，独立地由母亲杂合子协同分析所确定胎儿分数，这个杂合子不是由胎儿遗传的。预期的和由测定的样品实际百分率是：对样品分别为％（）和（），对样品分别为和，对两个受影响纯合子胎儿进行了正确的基因分型。从这些验证研究获取的实验数据也使我们能够评估测定法的次要性能参数。就反应效率而言，基于每毫升血浆平均纳克的产出，相当于大约个基因组拷贝，我们在和毫升血浆样品平均检测到约和个分子（）（见网上补充表）。对原始血浆样品中的单个血浆分子进行回收和计数，这转化为整体效率％的级别。这个效率水平在父亲遗传等位基因甚至在最低的胎儿分数时，用复制的毫升血浆模型是可以实现的。为了评估单分子条形码方法，去除与数据库预扩增和反向步骤相关的任何潜在偏倚的效果，我们检查了从每个验证样品获取的靶向等位基因分子群体尺寸分布的特征。在所有样品中，通过由低覆盖率配对末端测序分析（见网上补充图）或更深的配对末端测序，我们发现靶向等位基因分子的尺寸分布与随机片段化血浆分子确定的结果非常相似（）。这为以下观点提供了支持，即建立测定法的独特单分子条形码策略能有效去除潜在地由分子管线上个步骤产生的任何显著等位基因定量偏倚。由测定法进行的无创产前检测为了确定我们已经验证了的测定法是否能从母亲血液正确地诊断胎儿基因型，我们回顾性分析了夫妇们第二胎妊娠的冻存血浆样本。针对这个可能存在的突变，设计了一个多重引物混合物，以便使相同的测定法可以普遍适用于每个血浆样品。对没有突变的血浆样品的初步测试结果显示，多重靶向测定法对个正常等位基因产生了数目相当均匀的测序读数，表明多重法在特定的正常等位基因中没有引入任何显著的扩增偏倚。对于每份怀孕血浆样品，突变血浆等位基因的百分率在表中列出。在妊娠和，检测到％和％的父亲突变等位基因，而母亲突变等位基因百分率结果相似，分别为％和％，对前者产生了平衡效应，显示相应的胎儿是突变和的杂合子。相反，对于妊娠，没有检测到父亲突变等位基因，并且母体突变等位基因的比例降低了％，说明该胎儿是正常纯合子。在妊娠，检测到的父亲突变等位基因，但母亲突变等位基因保持相对不变，为％，表明该胚胎是和的复合杂合子。因此，所有测定的个胎儿基因型（表）与有创产前检测确定的原始基因型一致（图）。&讨论在这个试验性研究中，我们提出了无创性新方法诊断单基因疾病的观点，是常染色体隐性遗传的一个例证。在个家谱中，法和全外显子组测序成功地识别了个致病性突变，并确认先证者的临床表型为。所有个突变是不同的，其中个（、、、）以前在中国患者报道过（，）；个（、、、）在最大的突变数据库中没有记录（），并因此视为新发现的突变。在进行临床测试之前的测定法验证中，我们首先证明，我们可以在胎儿遗传父亲或母亲的血浆模型中和在相应胎儿中，针对个不同纯合子的两个血浆样品，正确地和可重复性地对突变等位基因水平进行量化。再则，我们确定了回收单个血浆分子的效率是％左右，并确定，在胎儿分数低至的情况下，可以在毫升血浆体积中正确的测量等位基因比率。随后，在子女具有遗传风险的第二胎临床血浆样品分析中，我们发现，传统有创产前诊断确定的胎儿基因型与我们已经验证了的法确定的诊断相同。由法进行的的检测了例父亲等位基因遗传，例正常等位基因遗传和例两个等位基因遗传，代表种可能遗传模式中的种。在的家族的例子，虽然母亲等位基因的减少没有精确地匹配父亲等位基因的增加，仍然可以明确地识别出正确的基因型。我们推测正常母亲或父亲等位基因在通用靶向引物混合物的潜在偏倚可能是一个影响因素。当诊断只依赖于个父亲突变时，这种观察突出了这个技术可能存在的局限性。例如，某些突变可以位于具有高和含量的序列附近，后者不适合于稳健的引物设定。一种可能的解决方案是把测试中的非致病性掺入引物，可在家谱分析中连接到致病性突变。在这方面，对于识别致病性变异而且对于检测连接的非致病来说，都证明本研究中应用的全外显子组测序是一种有价值的工具。因此，在把连接的靶向引物加入到最终多重混合物后，对于我们研发的测定法来说，在设计上可能会提高可靠性和准确性。再则，个引物的靶向混合物证明了法的高性能，并且提示，升级到引物的更高量级多重复合物后，可能会更加容易的在单次检测中测试广泛的突变。在成功应用检测的基础上，我们新的测定法在理论上应当同样适用于其它无创产前检测，致病突变可以包括单核苷酸取代或小的缺失或插入的常染色体隐性遗传、常染色体显性遗传和连锁遗传疾病。虽然大多数已知的单基因突变可以靶向检测，但有一些疾病其致病突变涉及较大区域的缺失或三核苷酸扩展。例如，杜氏肌营养不良症（）是最常见原因的神经肌肉疾病，致病突变常常涉及缺失个或多个外显子（，）。尽管最近下一代测序方法已经简化了分析，但是由常规分子诊断法识别的致病突变仍然较为复杂（）。在使用法的情况下，缺失突变不适合对正常或突变等位基因进行直接与等同的靶向检测。然而，如果已知缺失的起始碱基和或结束碱基，或连锁能被识别，那么也可用于的无创产前检测。尽管如此，仍然需要针对其他类型致病突变和或与常见单基因疾病相关的连接范围进一步开展研究，以便确定对单基因疾病无创产前检测的总体效用。&总之，的新量化等位基因靶向方法证实了的无创产前检测。作为最低要求，我们的测定法只需要知晓父母致病突变或连锁，因此在单基因疾病通用法方面代表了一种具有前景的实验室方法。再则，可能在早期诊断癌症的新兴领域有更广泛的应用，这需要在血液中准确地定量测量低水平肿瘤特异性循环并且需要监测患者对治疗的产生反应。
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摘要 : HiSeq 2000测序系统带来了前所未有的产量和突破性的用户体验。凭借Illumina久经考验且广泛采用的可逆终止法边合成边测序试剂，再加上创新的制造工艺，HiSeq 2000实现了行业最高的测序产量和最快的数据产生速率。人机交互设计特征以及最轻松的测序流程，为简便性及用户体验设立了全新的标准。
HiSeq 2000测序系统带来了前所未有的产量和突破性的用户体验。凭借久经考验且广泛采用的可逆终止法边合成边测序试剂，再加上创新的制造工艺，HiSeq 2000实现了行业最高的测序产量和最快的数据产生速率。人机交互设计特征以及最轻松的测序流程，为简便性及用户体验设立了全新的标准。
1、应用: DNA 测序 , 基因调控分析 , 测序法转录组分析 , SNP发现与结构变异分析 , 分析 , DNA-蛋白质相互作用分析(ChIP-Seq) , 测序法甲基化分析 , 小RNA发现及分析
2、系统描述
凭借创新的设计特征，HiSeq 2000成为最易于使用的新一代系统。
流动槽很容易上样到真空控制的上样站中。
只需要2分钟的手工操作时间，即可将预先配置足够200个循环使用的、即插即用型试剂安置入冷冻室的架子上。
简单的触摸屏用户界面，提供屏幕显示的每一步操作指示和嵌入的多媒体协助，简化了运行设置。
实时的进展显示可提供一目了然的状态，而远程监控让单个用户能够通过任何一个浏览器或者可连接互联网的电话来检查多个系统的进展。
HiSeq 2000能够以单个或两个流动槽模式进行操作，赋予了无可比拟的实验灵活性和仪器可扩展性。
可独立操控的流动槽让需要不同读长的多个应用能同时运行。
内含Illumina高效且可扩展的数据分析方案，能将数十亿个碱基的原始测序数据转化成可发表的，在上有意义的结果。
前所未有的高产量
每次运行多达200 Gb，2&100 bp的读长，每天能达到25 Gb，每次运行达200亿个配对末端读取。
突破性的用户体验
预先配置、即插即用的试剂，简单的流动槽上样，便于指导每一步运行设置的触摸屏式用户界面，以及整合的配对末端流体学设计。
无可比拟的经济操作
单次运行即可以～30倍的覆盖度同时对两个样品进行测序，每个基因组的费用不到1万美元;或同时绘制200个基因表达谱，每个样品不到200美元。
应用: DNA 测序 , 基因调控分析 , 测序法转录组分析 , SNP发现与结构变异分析 , 细胞遗传学分析 , DNA-蛋白质相互作用分析(ChIP-Seq) , 测序法甲基化分析 , 发现及分析
以前所未有的规模测序
HiSeq 2000让个体实验室也能承担最大最复杂的测序研究，而费用最低。处理更多样品及解码更大更复杂基因组的能力意味着几乎所有测序项目都触手可及。
4、流程与规格
HiSeq 2000系统的性能参数
单流动槽的运行时间
双流动槽的运行时间
双流动槽的产量
270-300 Gb
2 x 100 bp
540-600 Gb
通量：对于2&100 bp的运行，每天最多55 Gb。
读取：最多30亿个通过过滤的簇以及最多60亿个末端配对读取
HiSeq系统提供了最高产量的完美读取以及高于Q30的碱基
& 对于2&50 bp的运行，85%以上的碱基高于Q30*
& 对于2&100 bp的运行，80%以上的碱基高于Q30*
*利用Illumina PhiX库时HiSeq测序仪的安装规格，并利用适用于HiSeq的TruSeq v3 Cluster and SBS Kit，通过过滤的簇密度在610-678 K/mm2。随着样品质量、簇密度及其他实验因素不同，性能也会有所变化。基于以上因素，配对100 bp运行中高于Q30的碱基将会在80-90%之间变化，配对50 bp运行中高于Q30的碱基将会在85-95%之间变化。
5、服务与支持
Illumina将确保您的HiSeq 2000正确安装且符合要求，并将提供长期的维护和服务。目前在北美、欧洲和亚洲可享受到这种行业领先的支持。
TruSeq SBS-HS kits 包含立即可上样的试剂，能够在HiSeq 2000测序系统上利用边合成边测序的技术测定流动槽中每个簇的DNA序列。
Paired-End DNA Sample Prep Kit帮助构建末端配对测序的DNA文库，其插入片段大小为200-500bp。制备过程包括在补平的全基因组DNA片段的反向平行链上引入两个独特的测序引物结合位点和接头序列，然后进行凝胶法大小选择和纯化。
对于小RNA 发现和分析，Illumina的科学家已经设计出一个样品制备步骤，能够对已知和新颖的microRNA和其他非编码RNA(如piwi-interacting RNA和siRNA)进行测序。基于测序的Small RNA Sample Prep Kits赋予研究人员灵活性，让他们选择想要研究的小RNA长度，在一个通用的平台上实现了不同种类小RNA的大小聚焦或宽范围研究。
Multiplexing Sequencing Primers 和 PhiX Control Kit V2对Multiplexing Sample Preparation Oligonucleotide Kit标记，然后在cBot或Cluster Station中扩增的样品进行测序。Illumina测序系统上的测序是完全自动化的。
Multiplexing Sample Preparation Oligonucleotide Kit包含12个独特的寡核苷酸，对集中在一个流动槽通道中的文库进行&标记&。利用Genome Analyzer，单个流动槽中最多可测序96个样品。利用簇生成、Genome Analyzer及末端配对模块，这个多重测序过程可完全自动化。
Mate Pair Library Prep Kit包括生成插入片段大小为2-5kb的文库所需要的试剂。制备的文库包括由两个部分构成的短片段，它们最初是从基因组几千个碱基中分离出的。Mate Pairs是利用与末端配对测序方式相同的两个接头策略进行测序的。
从纯化的基因组DNA到DNA文库，Genomic DNA Sample Prep Kits包括构建单读测序的DNA文库所需的试剂。生成随机大小的DNA片段，补平，并在片段末端加上独特的接头。在一个简短的PCR富集之后，文库可立即上样。
染色质免疫共沉淀(ChIP)通过一个特定蛋白的结合选择性地发现DNA序列。ChIP-Seq DNA Sample Prep Kit帮助构建DNA文库。ChIP过程利用一个抗体和独特的寡核苷酸接头富集特异的DNA 蛋白交联复合物，这些寡核苷酸接头添加到与目的蛋白结合的一小段DNA上。
mRNA-Seq 8-Sample Prep Kit用于构建DNA文库，以便在Genome Analyzer上开展单读和末端配对测序。样品制备很简单，采用标准的分子生物学技术，只需要极少的手工操作时间。mRNA模板文库如同任何DNA样品一样可用Illumina测序技术测序。
TruSeq RNA Sample Prep Kits提供了一个简单而经济有效的方案，能从总RNA生成文库，并与Illumina无以伦比的测序产量兼容。与之前的方法相比，预混液试剂排除了大部分移液步骤，并减少了纯化次数，让手工操作时间降至最低。全新的自动化友好的流程形式能够平行处理最多96个样品。通过目前新一代测序平台上最易用的样品制备流程，这实现了经济、高通量的RNA测序研究。
TruSeq Exome Enrichment Kit支持了经济高效且可扩展的外显子组测序研究，提供了样品的预富集混合，以及最全面的外显子组覆盖、最高的均一性，和最低的DNA起始量需求。
TruSeq DNA Sample Prep Kits提供了一个简单、可扩展且经济有效的方案，能从基因组DNA生成文库，并与Illumina无以伦比的测序产量兼容。与之前的方法相比，预混液试剂排除了大部分移液步骤，并减少了纯化次数，让手工操作时间降至最低。全新的自动化友好的流程形式能够平行处理最多96个样品。
TruSeq Small RNA Sample Preparation Kit提供了一种简单且经济有效的方案，能从总RNA中直接生成小RNA文库。通过引入48个独特的索引，这些试剂盒实现了多重测序，让microRNA发现和图谱分析的通量与Illumina无以伦比的测序产量匹配。
TruSeq SR Cluster Kit v3&cbot &HS为样品与流动槽表面互补接头寡核苷酸的结合提供了试剂。
TruSeq PE Cluster Kit v3-cBot-HS为样品与流动槽表面互补接头寡核苷酸的结合提供了试剂。这样能在第一次测序运行后复制DNA链;复制的链用于另一个片段末端的测序。cBot将连接的DNA片段扩增成~1000个拷贝的克隆簇。
TruSeq SBS v3-HS kits包含了直接可上样的试剂，用于在HiSeq 2000测序系统上利用边合成边测序技术准确测定每个簇的DNA序列。
7、Quantity ADD TO CART 软件
Illumina 引以为傲地提供了 系统和分析软件 旨在让您的数据质量和通量水平最大化。每台仪器都包括系统控制软件，以确保最佳性能。数据可通过Illumina用户友好的 GenomeStudio 软件 或第三方软件包来分析。
Illumina推出了一项计划，旨在向科学界发起挑战，促其开发出新的、创造性的综合视图和数据分析技术。了解关于 iDEA 挑战的更多信息。资料
Illumina的客户解决方案团队致力于为您提供所需的资源，以支持您的研究。即使在您第一次购买仪器之前，也能得到精通Illumina技术、科学应用、软件及硬件系统的科学家的支持。现场服务工程师能熟练地安装仪器，并使其符合要求，以保证您有一个功能完全的系统。现场应用科学家提供密集的培训，让实验室能快速精通掌握如何以空前的通量水平产生行业领先的数据质量。只需一个电话或邮件，技术支持科学家就能协助您设计目、剖剖析问题并阐释结果。
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