下面是目前提供的在肠道微生物群落结构研究中主要的四种服务：
(1) 16S rDNA 宏基因组调查
(2) 全基因组的宏基因调查
(3) 简单环境基因集构建
(4) 人肠道微生物与疾病关联分析
其实这些方法不仅仅可以应用于肠道微生物，也可以用于其它微生物群落结构研究。目前华大基因在这四个方面的技术都已经比较成熟。除此之外，还有Small RNA测序、转录组测序等等，是否也是非常成熟，不清楚。在这里帮忙做个宣传，有兴趣做高通量测序的，去联系华大吧。
华大的高通量测序仪主要是llumina HiSeq 2000和AB SOLiD，这两种的优点是数据量特别大，但测序片段(读长)太短(低于180bp)，测16S的时候，一般用V3区或V6区，不能用V4区。Roche 的特点是测序片段较长(高于400bp)，但产生的数据量不大，通量不够高。
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16S rDNA测序
技术服务信息
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广州市锐博生物科技有限公司
广州科学城科学大道182号? 创新大厦C3栋 13层
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技术服务详细描述
&&&&&& 16S rDNA测序(Meta 16s seq)是指对环境样本16S rDNA 高变区进行PCR扩增及高通量测序的一种技术，可对特定环境下细菌和古菌的微生物种类和丰度进行有效的鉴定。
&&&&&&&16S 序列由9个高变区组成(如下图)，中间穿插着保守区，是最常用的细菌分类标准，通过提取环境样品的DNA，并扩增其中16S rDNA基因;通过检测16S rDNA的序列变异和丰度，反映环境样本中细菌的分类和丰度。16S序列可以用来鉴定绝大多数细菌。基于Illumina Miseq平台的16S rDNA测序可以一次性完成多个样本的平行测序，提供环境样本物种分类，物种丰度，种群结构，系统进化，群落比较等诸多信息。至于物种分类，对单个高变区测序已足够，不必测整个基因。在大部分微生物种类中，16S第三区(V3)及第四区(V4)共长约为459bp，长度仅差几个碱基对，锐博生物采用 Miseq测序平台对16S V3-V4区进行扩增及测序。
图1 16S rDNA结构
高通量：一次测序得到百万级别以上条数的序列信息
高准确性：从几个到几十万个拷贝的精确计数
高分辨率：可以精确检测至单碱基差异
重复性好：深度测序保证了检测的随机性，可不需技术重复
成本低耗时短：相比于Sanger测序，价格及成本要低很多
生物信息学分析内容
标准信息分析
1. Reads拼接，获取Unique tags
2. OTU生成及统计分析
3. 物种注释及丰度统计
4. 样品OTU及物种丰度Heatmap图
5. Alpha多样性分析
6. Beta多样性分析
定制化信息分析
1. 样品差异主要因子分析
2. 样品间主坐标分析(PCoA)
3. 样品非加权配对平均法聚类分析(UPGMA)
4. 组间显著性差异分析
5. 系统进化树构建
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动态监测婴儿肠道16S rDNA宏基因组5例报告
&&&&&&&&&　　近日，深圳市宝安区妇幼保健院新生儿科研究人员发表论文，旨在探讨婴儿肠道16SrDNA宏基因组的动态变化。研究指出，婴儿粪便中含丰富细菌基因组；细菌物种丰度及分类存在个体差异；细菌多样性随日龄而增加，婴儿肠道菌群结构出生后逐渐趋向复杂和多样。该文发表在2014年第11期《中国当代儿科杂志》上。 　　收集5例健康婴儿生后3d、1个月、6个月、1岁时粪便样本共17份，提取细菌总DNA，采用新一代高
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　　近日，深圳市宝安区妇幼保健院新生儿科研究人员发表论文，旨在探讨肠道16S&rDNA的动态变化。研究指出，婴儿粪便中含丰富细菌基因组；细菌物种丰度及分类存在个体差异；细菌多样性随日龄而增加，婴儿结构出生后逐渐趋向复杂和多样。该文发表在2014年第11期《中国当代儿科杂志》上。
　　收集5例健康婴儿生后3&d、1个月、6个月、1岁时粪便样本共17份，提取细菌总DNA，采用新一代高通量技术对16S&rDNA的V6高变区测序并进行物种分类、丰度及多样性分析。
　　17份样品共产生原始测序数据为2&190.66&Mbp，Operational&Taxonomic&Units（OTU）数量36～308；优势菌门包括变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门；不同婴儿间肠道菌群分布有差异；科水平&1%的物种生后3&d时2～4种，1个月、6个月时增至最多7种，1岁时达10种；4个时间点的npShannon和Simpson指数均值分别为1.117、1.460、2.088、2.50和0.443、0.408、0.229、0.143。
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服务名称： Illumina GA IIx新一代高通量测序服务
英文名称： Illumina GA IIx High Throughput Sequencing Services
简介：康成生物提供基于Illumina Genome Analyzer IIx测序系统的高通量测序服务项目，为基因组，转录组以及表观遗传组等研究领域的广大研究人员提供更深入，更全面的技术服务。
参考报价：免费咨询800-820--5058
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本半年点击数：199
400 898 0608 转5058
Illumina GA IIx新一代高通量测序服务
&&& 为了适应广大研究者更加深入的研究需求，康成生物特别推出基于Illumina Genome Analyzer IIx测序系统的新一代高通量测序服务。
&&& Genome Analyzer IIx系统能够同时对数亿的序列进行测序，极大的扩展了基因组学，转录组学以及表观遗传组学等领域的研究分析能力，目前已广泛地应用于DNA测序，基因调控分析，转录组分析，SNP发现以及结构变异分析，细胞遗传学分析，DNA-蛋白相互作用分析（ChIP-Seq），甲基化分析，小RNA发现和分析等诸多领域。运用新一代GA IIx系统，我们能为您在最短时间内获得最多的高质量数据，轻松完成开创性的工作，同时减少项目的时间和成本。
* 超高通量：同时对上亿条序列进行测序，每次实验能产生数十亿的碱基信息。
* 高灵敏度：能够检测到丰度极低的序列以及测序微量的珍贵样品。
* 高精确率：自动化的测序流程和数据处理保证了测序数据的精确性。
* 广泛的应用领域：能够灵活地应用于基因组学，转录组学以及表观遗传组学研究
&&& 基于Genome Analyzer IIx系统的高通量测序技术首先是将样品DNA打断成合适的大小（约100～200bp），两端连接上特定的DNA接头，使用PCR扩增后制成测序文库。随后使其利用碱基互补原理随机结合到含有接头的flow cell上，利用桥式PCR（Bridge PCR）反应获得上亿条成簇分布的待测序列。最后使用Illumina特有的边合成边测序技术（Sequencing By Synthesis），在DNA聚合酶和荧光标记的dNTP作用下，随着每一轮测序引物延伸，相应结合到延伸链的荧光标记dNTP被激发释放出荧光信号，测序仪通过捕获相应位置的荧光信号，并转换获得该位置待测片段的序列信息。整个测序过程完全由计算机自动化处理完成，能够在极短时间内获得数十亿高精确度的碱基序列信息，是目前实用性最强的新一代测序技术。
&&& 康成生物提供基于Illumina Genome Analyzer IIx测序系统的高通量测序服务项目，为基因组，转录组以及表观遗传组等研究领域的广大研究人员提供更深入，更全面的技术。
microRNA测序服务
能够直接对样本中指定大小的所有microRNA分子进行高通量测序，在无需任何序列信息的前提下研究microRNA的表达并在此基础上发现和鉴定新的microRNA分子，并提供了更加灵活和深入的分析和研究方法。
DNA甲基化测序服务&&&&
&&& 基于Illumina高通量测序平台的DNA甲基化测序能够获得全基因组范围内高精度的甲基化状态，不受物种和基因组区域的限制，是全面且深入理解表观遗传调控最好的研究手段。
DNA羟甲基化测序服务
& & & &DNA羟甲基化是一种重要的表观遗传修饰，对基因的表达起调控作用，在神经分化和癌症中发挥重要的作用。为深入了解5hmC的作用，我们就必须清楚5hmC在基因组的分布情况。然而，传统的基于重亚硫酸盐的方法无法区分5-hmC和5-mc。5-hmC单克隆抗体捕获法是研究DNA羟基化修饰的利器，结合高通量测序技术以及生物信息分析，可以获得全基因组羟甲基化分布图，从而能帮助我们从一个新的角度来解析胚胎发育，神经细胞分化以及癌症发生的分子机制。
RRMHS（Reduced Representation Methylcytosine & Hydroxymethylcytosine Sequencing）测序服务
康成生物RRMHS（Reduced Representation Methylcytosine & Hydroxymethylcytosine Sequencing）由传统的RRBS方法改进而来。通过采用双酶切消化，能够检测比传统RRBS方法更多的甲基化CpG位点以及更广的基因组区域。此外，通过创新性的引入糖基化修饰，可以在检测甲基化CpG位点的同时，平行检测全基因组范围内MspI酶切位点（CCGG）中羟基化的CpG。从而使客户能够获得全基因组范围内单碱基分辨的甲基化/羟甲基化分布，为深入的表观遗传调控分析提供了更有利的切入点。
染色质免疫共沉淀测序服务
&&& ChIP-Sequencing技术能够在全基因组水平更精确，更灵敏的检测组蛋白各种共价修饰、CTCF、RNA聚合酶II以及各种转录因子等DNA结合蛋白在基因组上的精确结合位点，为表观遗传组学与基因转录调控机制提供了更加有力的分析手段。
人体微生物组测序服务
& & 人体的微生物群落构成，称之为人体微生物组(Human Microbiome)，其改变能够大幅影响人体的各项生理活动，包括代谢及药物作用等，与多种疾病的发生存在关联。
& & &传统的微生物群落分析方法（如分离纯培养，单克隆测序等）操作繁琐、成本高，且不能检测痕量微生物，随着高通量测序技术的应用，这些问题都迎刃而解。康成服务为您同时提供现有的两种高通量微生物群落测序分析方法：16s rDNA测序和鸟枪法宏基因组测序。通过这两种方法，可以：1. 准确定量分析不同人体来源如皮肤、内脏、血液、肠道等样本的微生物组；2. 比较不同样本间的微生物组差异；3. 研究微生物组差异与人体生理活动及疾病的关系；4. 寻找疾病诊断的生物标记和药物开发的靶标。
一、16s rDNA测序服务
&&& 细菌编码16s rRNA的rDNA基因具有良好的进化保守性以及与进化距离相匹配的良好变异性。
16s rDNA测序服务采用通用引物对细菌群落的16s rDNA含有的可变区域进行PCR扩增，然后高通量测序，通过对16s rDNA可变区序列的比对分析，可以准确定量分析不同样本细菌群落的构成，研究人体微生物组。
二、鸟枪法宏基因组测序服务
&&& 微生物进化变异体现在全基因组范围的DNA序列上。鸟枪法宏基因组测序直接对微生物群落的混合基因组DNA样本进行高通量测序，通过全基因组范围分类标记DNA序列的比对分析，可以准确定量分析不同样本微生物群落的构成，研究人体微生物组。
上海康成生物工程有限公司
地址：上海市漕河泾高新技术开发区虹漕路421号63号楼2楼
免费热线：800-820-6-5058
电话：021-&&&&&&&& 传真：021-
康成生物工程有限公司（简称“康成生物”） 自2002年起专注于生物芯片技术服务，是国内最早一批专业提供生命科学前沿研究技术的高科技企业。总部位于上海，目前已在国内成立了10多家办事处，主要致力于为生命科学和临床医学等领域开发和提供创新性基因芯片、DNA高通量测序等产品和技术服务。
康成生物以lncRNA、microRNA、表观遗传学相关检测技术作为核心研发方向，依靠自身优秀的研发、生产、营销和服务团队，凭借国际领先的生物芯片研发、生产、服务技术平台和高标准的质量控制体系，为广大科研学者提供高通量生物芯片技术服务和行业应用整体解决方案。康成生物是Arraystar、Agilent、Exiqon、Illumina、SABiosciences等国际知名芯片品牌的服务代理商。其中，作为Arraystar公司中国地区唯一代理商，目前康成客户采用Arraystar公司lncRNA芯片技术服务发表的SCI论文已超过100篇。
康成生物的产品和技术服务涵盖基因组学、转录组学、表观遗传组学以及蛋白质组学等各个研究领域，为广大科研学者搭建多个最前沿的一站式技术平台。
【生物芯片技术平台】&LncRNA芯片、LncPathTM芯片、环状RNA芯片、T-UCR芯片、microRNA芯片、piRNA芯片、DNA甲基化芯片、DNA羟甲基化芯片、全基因组表达谱芯片、染色质免疫共沉淀芯片、蛋白芯片等。
【高通量测序平台】&DNA甲基化测序、DNA羟甲基化测序、染色质免疫共沉淀测序、microRNA测序、人体微生物组测序等。
【实时定量PCR服务平台】&miRStarTM癌症特异性microRNA PCR芯片、Exiqon microRNA PCR芯片、功能分类PCR芯片、LncRNA实时定量PCR、microRNA实时定量PCR、mRNA实时定量PCR、MeDIP-PCR、ChIP-PCR等。
康成生命科学实验中心拥有一流的实验设备，专业、经验丰富的实验技术团队和强大的生物信息团队，以专业的知识与优质的服务为广大科研学者提供产品和技术服务，创造科研价值。迄今为止，康成生物与来自中国科学院、香港大学、清华大学、北京大学医学部及附属医院、中山大学医学院及附属医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院、复旦大学医学院附属中山医院、华中科技大学同济医学院附属协和医院、Novartis（诺华）、gsk（葛兰素史克）等1000多家国内一流科研院所、医疗机构及跨国医药集团建立了长期合作关系，合作发表的SCI文章约300篇，其中包括lncRNA领域100余篇、microRNA领域80余篇，分别发表在Nature Medicine、Nature Genetics、Nature Immunology、Molecular Cell、Circulation、Hepatology等国际顶级期刊。
促进生命科学研究技术的发展与创新。
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【求助】454高通量16srDNA测序的价格怎么样啊？
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最近课题需要分析肠道细菌的成分变化，查文献发现16srDNA测序做的貌似比较多，想问问454高通量测序大概需要多少钱呢？以及这个测序方式和HPLC的优缺点可以请哪位大神指点一下吗？
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一千多吧，不过现在都转向Miseq平台测的。至于你说的HLPC，是测序么？
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HLPC在测序之前的技术，现在很少人用了，基本都选择用16SrDNA用来研究细菌菌落成分或是多样性，优劣就不说了，简单的说是新技术取代旧技术罢了。另外454是做16SrDNA最初用的测序仪技术，现在也是越来越少的用了，一般都选择Miseq的测序仪技术来做，454仪器已经接近被淘汰的状态。最后总结就是选择用16SrDNA的方法研究你的课题，之后就是选个公司就行，国内测序服务公司一堆，价格都差不多（1000左右是正常的），建议选择一个专做微生物的公司，结果可用性强一些。
回复:【求助】454高通量16srDNA测序的价格怎么样啊？
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非常感谢各位大神的解释。hplc是高效液相色谱分析，类似于层析法。我看到有文章选择这种方法。
做医生男 edited on
回复:【求助】454高通量16srDNA测序的价格怎么样啊？
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二十一业 HLPC在测序之前的技术，现在很少人用了，基本都选择用16SrDNA用来研究细菌菌落成分或是多样性，优劣就不说了，简单的说是新技术取代旧技术罢了。?另外454是做16SrDNA最初用的测序仪技术，现在也是越来越少的用了，一般都选择Miseq的测序仪技术来做，454仪器已经接近被淘汰的状态。?最后总结就是选择用16SrDNA的方法研究你的课题，之后就是选个公司就行，国内测序服务公司一堆，价格都差不多（1000左右是正常的），建议选择一个专做微生物的公司，结果可用性强一些。我找到几个做相关课题的人，他们貌似得到的报价大概都在500元左右
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他们貌似得到的报价大概都在500元左右？请问有哪些公司？如果不方便可以私下告诉我。
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现在主流是miseq平台来测了， 多少价格跟测序的数据量有关系，一般500能做到2-3万reads吧。
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