如何利用Primer5.0进行引物设计软件的设计

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2016-12-16 07:59 标签： 设计引物的原则
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如何利用Primer5.0 设计简并引物
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京网文[0号 京ICP证100780号利用Primer Premier5.0来验证引物
利用PimePemie5.0来验证引物我们做实验，有时会用到别人已经用过的引物，但如何才能知道这个引物是否正确呢？可利用PimePemie5.0来验证引物。下面以常用内参GAPDH为例将验证过程介绍如下：GAPDH的引物序列来自一片外文文献：上游：AATGCATCCTGCACCACCAA下游：GTAGCCATATTCATTGTCATA所得片断为516ps。首先在NCBI中查到GAPDH的mRNA序列。然后打开PimePemie5.0，点File→New→DNASequence,将上面的mRNA序列复制到NewSequence框内，注意选择asis。先加上游引物：点Pime→点左上角s（sense)→点EditPimes,将上游引物复制到编辑框（用Ctl+V快捷键），注意选择asis→点Analyze→点Pime，即可见输入的上游引物与模板匹配上了→点Ok。再加下游引物：点左上角A（antisense)→点EditPimes,将下游引物复制到编辑框（用Ctl+V快捷键），注意选择evesed→点Analyze→点Pime，即可见输入的下游引物与模板匹配上了→点Ok。此时即可看到上游和下游引物的相关参数。注：在PimePemie5.0中，上游引物的显示方向为5'→3'，下游引物为3'→5'，均为从左往右看。
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&&用primer5 设计引物教程【个人经验】
用primer5 设计引物教程【个人经验】
最近有几位好友向我咨询primer5 设计引物的教程，为了方便大家使用该软件设计引物，特地作此教程，版权归本人所有（youlinglyw），转载请注明出处。
primer 5是个非常有用的软件，基本上目前引物设计都是基于primer系列，如ncbi是基于primer3。我觉得在这些版本里，最好的是5,primer6我也安装了，但是感觉不如5那么好用，太过智能了些。我们需要的是一个介于自动和人工选择之间的一个软件。
欢迎各位好友一起讨论。
下面，我认为大家已经安装好该软件
如果没安装的话，可以去搜索软件简单安装。
Premier由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计和评估的软件。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和Motif分析窗口。这里我们主要介绍其引物设计功能，顾名思义，该软件就是用来进行引物设计的。可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物，而在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。也可以给定条件，让软件自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来。而且进行这些操作非常简单。
NCBI/ Primer-BLAST: Finding primers specific to your PCR template (using Primer3 and BLAST)
还不是基于primer3啊，没啥意思。不如primer5好用
实践证明，primer-blast算出来的引物更好用
呵呵，这个仁者见仁智者见智吧。我觉得pp6也很不错。pp5的100分也非常好。
亲，怎么才能得那么多分啊？是不是跟模板有关啊
跟模板关系一般，主要是位置。如果你要指定位置、固定长度设计引物的话，那就得单独设计了
你查找酶切位点的碱基，然后加在引物上，然后再在外面加上三四个保护碱基就可以了
比如你的引物15bp，你加上了Asc I酶切位点GGCGCGCC，然后再加3个碱基
恩我就是在一小段保守序列设计引物，可是设计的引物的得分不高，而且我是越改越不好了。
从这一步开始，后面的没看懂。file-print-current pair,之后就是打印啊。接着呢？抱歉啊，我是新手，很多不懂，请多多指教
打开软件？什么软件？不是已经打开了吗？
都打印了，已经设计完成了，可以导出序列去合成了
请仔细看帖，这一点对任何认真做事的人都很有必要。
步骤里我打的字都是必要的，都是比较关键的点
嗯，谢谢。
恩，那你去写个这个教程给别人看看吧。
有文献可以参考，何必我写
我之前碰到过类似的问题&&不知道是不是和你的一样的& &一开始我是批量下载序列& &格式为.FASTA,文档里序列开头都是gi***，后面重新下载后文档序列开头是&lcl****就都可以导进去了
设计好后，到UCSC做一个insilico PCR，这样你就可以看看你设计的引物能否扩增出目的片段
不一定，也可以到NCBI上去blast一下。
我就遇见过这种情况。
in silico只是一个参考。
如果你确定你的引物跟你的序列完全匹配，那没问题
楼主，怎么把序列复制粘贴来的，新人不懂求教
不好意思，我懂啦，谢谢
先复制，然后primer里有个从剪切板打开的按钮
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