查找信号通路相关基因分析和基因层面分析有什么却别

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&&&&& 通过对差异基因的GO富集分析,可以找到富集的差异基因GO项,寻找不同样品的差异基因可能与哪些基因功能的改变相关。通过差异基因的Pathway富集分析,可以找到富集的差异基因的Pathway,寻找不同样品的差异基因可能与哪些细胞通路的改变相关。我们不仅为用户提供基因的GO和Pathway富集分析,还可进行Network构建,帮助用户快速定位基因的功能和其参与的信号通路,并进行清晰直观的展示。
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&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&& miRNA-Gene Network&
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&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&& &&&& Pathway Network &
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怎么做基于KEGG的生物通路富集分析?
我现在在做miRNA靶基因预测,看了几篇文章,都是先在几个预测网站上预测,然后找共同的做一个基于KEGG的生物通路富集,但是他们给出的网址都是genomenet的,我也没有找到那个网站的说明或手册之类的,不知道怎么分析。请问有哪位大虫知道吗?感激不尽!最近老板就要结果了
谢谢,不过貌似也没有说怎么由基因找通路啊
这个只是皮毛介绍一下KEGG,具体操作还要自己摸索的,用文字不好描述,我还是会一点的,就是先将基因的序列下载下来,上传到KEGG,KEGG会将基因的信号通路网址信息发到你邮箱里,你就可以看到你的目的基因在那些信号通路里有,我有篇这方面的文章发在蚕业科学上,不过刚接受
我现在试了一下,貌似可以了,是直接把基因列表上传到 search pathway 里面,然后就有相关通路了,没有说要邮箱,不知道对不对。还有就是对于这个富集结果怎么样计算P值来看它的显著性呢?
对于计算显著性的问题有好几种 你说的是t检验 这个网上资料好多的 也有相关软件比如SPSS 楼主自己学习一下吧:D
好的,多谢帮助,有问题了还要向你请教:hand:
请问里面那些通路有没有办法导出来啊?
这个,“通过ftp下载人类hsa04010相关的所有数据”,具体怎么做啊,下载所需的ftp 的网址在哪找得到?
想看看关于 KEGG的Object Identifier&&的内容,请楼主赐教
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