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Dxy 学习处理TCGA原始数据和初级数据需要编程能力，例如R语言。如果是新手，建议你采用处理后数据，有几个很好的在线应用，既可以对TCGA数据进行可视话，也能够把处理后数据下载下来自己分析。1. cbioportal： 这个网站到google explore才能更好运行.这个网站开发了R语言的,The CGDS-R package provides a basic set of functions for querying the Cancer Genomic Data Server (CGDS) via the R platform for statistical computing. CGDS-R package 这个包可以直接install.能够获取数据.在TCGA/R文件夹里,有探索.但不会进一步分析. 这个网站的工作,最为厉害.可以做到尽可能的个体化.Data Sets 里面,summary 就可以看到,每个dataset的大概内容.能不能在这里2. UCSC Xena： TCGA hub在这里.可以下载到一些数据.这个网站可以做一些分析,以热图的形式进行表示. 是它的一个特征.当然也可以看到生存曲线.3. Firehose： 可以比较快的看到所有结果.但是个体化观察能力比较差.4 .Genome Data Analysis Center
这里看到的都是data,有很多东西,不是很懂.有很多pipeline是油管,是所有人做好的分析吗? 可是好像没有看到raw的data.关于firehose如何处理数据For a discussion of Firehose in the broader context of Big Cancer Data, see Nature Methods 10, 293–297 (2013) doi:10.1038/nmeth.2410.5. TCGA Assembler:
由于TCGA data have now been moved from the Data Coordinating Center (DCC) to the Genomic Data Commons (***).We are working with the *** group, trying to make TCGA-Assembler compatible with the new TCGA data file structure in ***. We will keep users updated about this process.我们也就只有等了你可以自己尝试摸索一下。对于表达谱数据，建议你采用UCSC XenaRSEM和RPKM两种数据处理方法有区别，但我一般直接用TCGA给的RSEM；对数据取log2(*+1)，数据分布就非常类似基因芯片了。这个文件（rnaseqv2-RSEM_genes_normalized_result）就是基因的mRNA表达数据，每列一个样本，每行一个基因，是我们常用的data；基因名字是Gene symbol | Entrez ID；样本中有原发肿瘤、正常对照、转移瘤等不同类型，需要区分并分离。把基因表达谱与样品临床信息进行匹配对齐后，即可进行差异表达分析。针对TCGA数据建议还是使用Deseq和ergeR包进行差异分析，同意@dvdhover的数据预处理方法，同时可以通过去除均值小于1的数据行滤过部分低丰度的数据。DESeq和edgeR的确是最受推崇的RNASeq差异表达分析方法。我这里讲讲他们的缺点。首先就是两个包对数据要求严格，均要求“raw counts data”，但这种数据TCGA是不公开的；虽然也有报道根据FPKM值逆推，但毕竟不是原装的。另外一点就是这两种处理方法不够灵活，只能用来做差异表达，后续如果我想做heatmap，还得把数据取对数；其他如看不同基因表达的相关性、基因表达与拷贝数相关性、GSEA分析等，用上述处理方法都做不了，取对数是我看到的最佳方案。当然，这些都是个人意见，欢迎批评指正。可以获取raw counts data数据，通过TCGA Assemble获取的数据就有raw counts，正好可以通过edgeR进行分析，DESeq对于电脑的要求较高，可能需要一定级别的电脑，edgeR可以自己电脑上进行！ You can use an alternative source: . Experienced users can use RTCGA package to retrieve data using command line.These data are processed by Broad Institute. They are not as comprehensive as TCGA, but is enough for most of us.Simple R code for downloading TCGA data processed by Broad institute.RTCGA.download.R.zip(0.53k) 众所周知，TCGA数据库、TARGET数据库、CGCI数据库都已并入***。原先在各自数据库里开放的数据很多在***都列为controlled access，而依据官网，这些数据的获取必须通过申请eRA Commons、获取dbGaP权限等手段，非常繁琐而且不易实现。想请教各位在国内有无申请这些账号的经历可供分享？这是一篇单纯采用TCGA成文(IF 5分以上)的案例RSEM是RNA-seq数据定量的一种算法，TCGA的RNA-seq数据是采用的这种算法进行mRNA定量的TCGA-2A-A8VL-01A-21R-A37H-13前面的是样本编号，后面01A表示是肿瘤组织前面三组（到0001）表明患者ID，第四组（01C）表明样品类型（01表示原发瘤组织，），后面的对分析意义不大样本的barcode已经说明了这是一个肿瘤还是正常对照样本呀~你可以选择把你所要探究的肿瘤类型的所有样本测序都弄下来，利用barcode的后两位分组；或者分别下载正常的或者肿瘤的标本，储存成不同的文件。中国医科大学附属第一医院神经外科吴安华教授课题组通过大样本检测描绘胶质瘤免疫状态，建立免疫标记体系准确预测病人生存，从免疫角度为胶质瘤精准医疗提供新的思路。相应结果可在TCGA数据库的536例胶质母细胞瘤中得到验证。里面基因表达都用RSEM做了标准化DESeq的内置设定首先就不允许算RSEM值，除非把数值强制取整。edgeR是可以算的，但是这样得出来的数值意义不大，不仅关于RSEM的说明中叙述了用edgeR与DESeq分析的不妥当，edgeR的官网文件也说了尽量用原始值。这样的话，不管是用DESeq或者edgeR，都存在数据处理方法上的不合理。To get the copy number of a certain GENE, I suggest you use UCSC Xena,To get the copy number of a certain GENE, I suggest you use UCSC Xena ()UCSC Xena
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不错，还好看到了，还好之前下了一些数据，不然很麻烦。
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楼主牛逼啊！！
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这些网页大家都能正常打开吗
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nuifu Dxy 学习处理TCGA原始数据和初级数据需要编程能力，例如R语言。如果是新手，建议你采用处理后数据，有几个很好的在线应用，既可以对TCGA数据进行可视话，也能够把处理后数据下载下来自己分析。1. cbioportal： 这个网站到google explore才能更好运行.这个网站开发了R语言的,The CGDS-R package provides a basic set of functions for querying the Cancer Genomic Data Server (CGDS) via the R platform for statistical computing. CGDS-R package 这个包可以直接install.能够获取数据.在TCGA/R文件夹里,有探索.但不会进一步分析. 这个网站的工作,最为厉害.可以做到尽可能的个体化.Data Sets 里面,summary 就可以看到,每个dataset的大概内容.能不能在这里2. UCSC Xena： TCGA hub在这里.可以下载到一些数据.这个网站可以做一些分析,以热图的形式进行表示. 是它的一个特征.当然也可以看到生存曲线.3. Firehose： 可以比较快的看到所有结果.但是个体化观察能力比较差.4 .Genome Data Analysis Center
这里看到的都是data,有很多东西,不是很懂.有很多pipeline是油管,是所有人做好的分析吗? 可是好像没有看到raw的data.关于firehose如何处理数据For a discussion of Firehose in the broader context of Big Cancer Data, see Nature Methods 10, 293–297 (2013) doi:10.1038/nmeth.2410.5. TCGA Assembler:
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nuifu但我一般直接用TCGA给的RSEM；对数据取log2(*+1)楼主大神！！！想请教个问题，如果RSEM值小于-1，该如何处理？
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好帖，学习
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我想请教一下，Xena可以下整张芯片的所有数据吗
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顶一个~感谢分享，Mark~
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非常感谢分享~
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关于丁香园关注今日：18 | 主题：109784
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TCGA更新之后如何用
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各位大神，TCGA网页更新之后我就不太会用了，可否给个教程或者截图啊？尤其是后面找到病例之后数据下载的部分。最好是截图，简洁明了。另外，这个更新版有没有自带的统计功能？像cbiopotrol一样？求大神解答。
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会飞的猪4800 edited on
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方案1: 直接下载1. 登陆Genomic Data Commons Data Portal:
2. Click &Data& ; 找到左边栏 &Project&, 点击下面的“More”展开所有projects。3. 选择你需要的肿瘤类型，比如&TCGA-STAD&。4. 从右边“Experimental Strategies”选择你要的研究数据类型比如RNA-Seq。目前这里只提供三种类型。5. 从右边“Access Levels”选择“Open” 。6. 点击“Summary”下的“Add all files to cart”；同时单击“Download Manifest”,下载Manifest文件。7. 点击右上角“Cart”。8. 点击页面中间“Download”，下拉列表中选“Cart”，即开始下载Cart中的数据。我个人尝试一次，结果失败了，可能因为连接不稳定。因此，选择备用方案，采用*** Data Transfer Tool软件下载。方案2: *** Data Transfer Tool软件下载1. 下载*** Data Transfer Tool。 2. Linux系统： gdc-client download -m &input the downloaded Manifest file in the previous step&3. 其他操作系统未尝试过。我个人用上述第二种方法尝试了一次，结果成功了，但问题是每个样品/文件均被放置在一个独立的文件夹里，还被压缩了。因此要把几百个文件解压出来放到一起，又需要一些功夫。总起来看，Genomic Data Commons Data Portal下载TCGA数据，便利性极差！而且数据类型只有两种：RNASeq 和miRNASeq！！！不知道还有没有途径去下载以前的TCGA数据。
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dvdhover edited on
You can use an alternative source: . Experienced users can use RTCGA package to retrieve data using command line.These data are processed by Broad Institute. They are not as comprehensive as TCGA, but is enough for most of us.
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我也不会用，顶你帖子，等大神解答！
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方案1: 直接下载1. 登陆Genomic Data Commons Data Portal:
2. Click &Data& ; 找到左边栏 &Project&, 点击下面的“More”展开所有projects。3. 选择你需要的肿瘤类型，比如&TCGA-STAD&。4. 从右边“Experimental Strategies”选择你要的研究数据类型比如RNA-Seq。目前这里只提供三种类型。5. 从右边“Access Levels”选择“Open” 。6. 点击“Summary”下的“Add all files to cart”；同时单击“Download Manifest”,下载Manifest文件。7. 点击右上角“Cart”。8. 点击页面中间“Download”，下拉列表中选“Cart”，即开始下载Cart中的数据。我个人尝试一次，结果失败了，可能因为连接不稳定。因此，选择备用方案，采用*** Data Transfer Tool软件下载。方案2: *** Data Transfer Tool软件下载1. 下载*** Data Transfer Tool。 2. Linux系统： gdc-client download -m &input the downloaded Manifest file in the previous step&3. 其他操作系统未尝试过。我个人用上述第二种方法尝试了一次，结果成功了，但问题是每个样品/文件均被放置在一个独立的文件夹里，还被压缩了。因此要把几百个文件解压出来放到一起，又需要一些功夫。总起来看，Genomic Data Commons Data Portal下载TCGA数据，便利性极差！而且数据类型只有两种：RNASeq 和miRNASeq！！！不知道还有没有途径去下载以前的TCGA数据。
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想知道DNA的数据还能在这下载吗
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不错，数据非常有帮助asco新发布的数据库genomicdata也整合了tcga的数据。
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*** Data Transfer Tool软件现在好像下载不了啊，请问大神下载的RNASeq 和miRNASeq是level1,level2还是level3？
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顶顶顶顶顶顶顶顶
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下载不了怎么办，急死了
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dvdhover 方案1: 直接下载1. 登陆Genomic Data Commons Data Portal: 感谢大神的回复。试了一下，是挺麻烦的，而且对网络要求好像比原来高了。听说可以链接回老版本界面，不知道大神是否会啊？我不才，没鼓捣出来。。求赐教
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silience_bio *** Data Transfer Tool软件现在好像下载不了啊，请问大神下载的RNASeq 和miRNASeq是level1,level2还是level3？老版本里的level3是免费的，其他是要付费的。我们自己的数据都是用的level3
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dvdhover You can use an alternative source: . Experienced users can use RTCGA package to retrieve data using command line.These data are processed by Broad Institute. They are not as comprehensive as TCGA, but is enough for most of us.大神，页面进入之后不能全屏显示，试了很多次都不行呢。与页面缩放也没有关系。。。求赐教
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ghost12315 不错，数据非常有帮助asco新发布的数据库genomicdata也整合了tcga的数据。可否提供个网址呀？谢谢~
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换个浏览器或者换个电脑吧！
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dvdhover 换个浏览器或者换个电脑吧！是这样子的，但在这里点击，就进行不下去了。。。换了浏览器也是酱紫
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你需要点“Download”下面的“Open”。
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dvdhover 你需要点“Download”下面的“Open”。好哒，谢谢大神
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会飞的猪4800 dvdhover 方案1: 直接下载1. 登陆Genomic Data Commons Data Portal: 感谢大神的回复。试了一下，是挺麻烦的，而且对网络要求好像比原来高了。听说可以链接回老版本界面，不知道大神是否会啊？我不才，没鼓捣出来。。求赐教
这个是老版本的链接，but no longer operational, 都迁移到***了，数据亲测可下载，
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唐归来 会飞的猪4800 dvdhover 方案1: 直接下载1. 登陆Genomic Data Commons Data Portal: 感谢大神的回复。试了一下，是挺麻烦的，而且对网络要求好像比原来高了。听说可以链接回老版本界面，不知道大神是否会啊？我不才，没鼓捣出来。。求赐教
这个是老版本的链接，but no longer operational, 都迁移到***了，数据亲测可下载，真是感谢~
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这是点开open后的卵巢癌的数据的一部分，这些数据表示什么啊，怎么会有level4的数据，level3的数据去哪下载啊？求大神帮助
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新版本中的cases和files是什么意思？
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silience_bio 这是点开open后的卵巢癌的数据的一部分，这些数据表示什么啊，怎么会有level4的数据，level3的数据去哪下载啊？求大神我也不懂，我的数据下载下来是空的。。。你问问楼上发这个链接的大神吧~
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湖心 新版本中的cases和files是什么意思？我个人理解的是这两个是两种快速检索方式：具体病例ID和所在的文件（但怎么获得我不知道~）我一般用不到这里，我直接勾选项找数据。截图是说明书里的。
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会飞的猪4800 dvdhover You can use an alternative source: . Experienced users can use RTCGA package to retrieve data using command line.These data are processed by Broad Institute. They are not as comprehensive as TCGA, but is enough for most of us.大神，页面进入之后不能全屏显示，试了很多次都不行呢。与页面缩放也没有关系。。。求赐教你好，我用的Firefox，缩小后全部页面就出来了。你可以再试试缩小页面。
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必须在新打开页面继续缩小。比如原来已经缩小为90%的页面，新打开页面仍然只能看到抬头部分，需要继续选择缩小到80%。，才能看到全部页面。
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好哒！我试试，非常感谢
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dvdhover 方案1: 直接下载1. 登陆Genomic Data Commons Data Portal:
2. Click &Data& ; 找到左边栏 &Project&, 点击下面的“More”展开所有projects。3. 选择你需要的肿瘤类型，比如&TCGA-STAD&。4. 从右边“Experimental Strategies”选择你要的研究数据类型比如RNA-Seq。目前这里只提供三种类型。5. 从右边“Access Levels”选择“Open” 。6. 点击“Summary”下的“Add all files to cart”；同时单击“Download Manifest”,下载Manifest文件。7. 点击右上角“Cart”。8. 点击页面中间“Download”，下拉列表中选“Cart”，即开始下载Cart中的数据。我个人尝试一次，结果失败了，可能因为连接不稳定。因此，选择备用方案，采用*** Data Transfer Tool软件下载。方案2: *** Data Transfer Tool软件下载1. 下载*** Data Transfer Tool。 2. Linux系统： gdc-client download -m &input the downloaded Manifest file in the previous step&3. 其他操作系统未尝试过。我个人用上述第二种方法尝试了一次，结果成功了，但问题是每个样品/文件均被放置在一个独立的文件夹里，还被压缩了。因此要把几百个文件解压出来放到一起，又需要一些功夫。总起来看，Genomic Data Commons Data Portal下载TCGA数据，便利性极差！而且数据类型只有两种：RNASeq 和miRNASeq！！！不知道还有没有途径去下载以前的TCGA数据。大神，可否给截图框一下？尤其是后面找到病例之后数据下载的部分。而且这个更新版有没有自带的统计功能？像cbiopotrol一样？求大神解答。
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我的电脑是Windows是23位的，可以下载吗
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我现在也在下载癌症数据，用的是gdc-client ，命令行输入命令下载。但下载过程中总是卡在某个文件，真是恼人
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江东小爸爸 我现在也在下载癌症数据，用的是gdc-client ，命令行输入命令下载。但下载过程中总是卡在某个文件，真是恼人换个下载的程序包试试？
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会飞的猪4800 有其他的下载程序吗江东小爸爸 我现在也在下载癌症数据，用的是gdc-client ，命令行输入命令下载。但下载过程中总是卡在某个文件，真是恼人换个下载的程序包试试？
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dvdhover 方案1: 直接下载1. 登陆Genomic Data Commons Data Portal:
2. Click &Data& ; 找到左边栏 &Project&, 点击下面的“More”展开所有projects。3. 选择你需要的肿瘤类型，比如&TCGA-STAD&。4. 从右边“Experimental Strategies”选择你要的研究数据类型比如RNA-Seq。目前这里只提供三种类型。5. 从右边“Access Levels”选择“Open” 。6. 点击“Summary”下的“Add all files to cart”；同时单击“Download Manifest”,下载Manifest文件。7. 点击右上角“Cart”。8. 点击页面中间“Download”，下拉列表中选“Cart”，即开始下载Cart中的数据。我个人尝试一次，结果失败了，可能因为连接不稳定。因此，选择备用方案，采用*** Data Transfer Tool软件下载。方案2: *** Data Transfer Tool软件下载1. 下载*** Data Transfer Tool。 2. Linux系统： gdc-client download -m &input the downloaded Manifest file in the previous step&3. 其他操作系统未尝试过。我个人用上述第二种方法尝试了一次，结果成功了，但问题是每个样品/文件均被放置在一个独立的文件夹里，还被压缩了。因此要把几百个文件解压出来放到一起，又需要一些功夫。总起来看，Genomic Data Commons Data Portal下载TCGA数据，便利性极差！而且数据类型只有两种：RNASeq 和miRNASeq！！！不知道还有没有途径去下载以前的TCGA数据。我在linux上安装这个下载工具的时候老是出问题啊，请问您是怎么安装的啊？
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shimly218 dvdhover 方案1: 直接下载1. 登陆Genomic Data Commons Data Portal:
2. Click &Data& ; 找到左边栏 &Project&, 点击下面的“More”展开所有projects。3. 选择你需要的肿瘤类型，比如&TCGA-STAD&。4. 从右边“Experimental Strategies”选择你要的研究数据类型比如RNA-Seq。目前这里只提供三种类型。5. 从右边“Access Levels”选择“Open” 。6. 点击“Summary”下的“Add all files to cart”；同时单击“Download Manifest”,下载Manifest文件。7. 点击右上角“Cart”。8. 点击页面中间“Download”，下拉列表中选“Cart”，即开始下载Cart中的数据。我个人尝试一次，结果失败了，可能因为连接不稳定。因此，选择备用方案，采用*** Data Transfer Tool软件下载。方案2: *** Data Transfer Tool软件下载1. 下载*** Data Transfer Tool。 2. Linux系统： gdc-client download -m &input the downloaded Manifest file in the previous step&3. 其他操作系统未尝试过。我个人用上述第二种方法尝试了一次，结果成功了，但问题是每个样品/文件均被放置在一个独立的文件夹里，还被压缩了。因此要把几百个文件解压出来放到一起，又需要一些功夫。总起来看，Genomic Data Commons Data Portal下载TCGA数据，便利性极差！而且数据类型只有两种：RNASeq 和miRNASeq！！！不知道还有没有途径去下载以前的TCGA数据。我在linux上安装这个下载工具的时候老是出问题啊，请问您是怎么安装的啊？You don't need to install the software. Just download the binary software, uncompress it, and copy it into your software path, for examplesudo cp /&path to your gdc-client&/gdc-client /usr/local/binand make sure &/usr/local/bin& is on your searching pathecho $PATHgdc-client
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