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trnh-psba和psba-trnh是同一个基因间隔区吗
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ITS）外转录间隔区（external transcribed spacer,ETS）以上区间常用于属内种间比较或种内群之间的比较。在原核生物如大肠杆菌基因组中，rRNA基因一共是七套；在真核生物中rRNA基因的重复次数更多。在真核生物基因组中18S和28S，5SrRNA也和18S,rRNA基因是在同一转录单位中，低等的真核生物如酵母中，5SrRNA是单独转录的，而且其在基因组中的重复次数高于18S和28S基因,28SrRNA在同一转录单位中，各重复单位中的rRNA基因都是相同的。rRNA基因通常集中成簇存在；而在高等生物中。和一般的中度重复顺序不一样trnh-psba和psba-trnh是同一个基因间隔区表示基因的区间非转录间隔区（non-transcribed spacer,NTS）同理：内转录间隔区（internal transcribed spacer
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基于psbAtrnH序列变异分析川明参属亲缘关系及分类地位
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3秒自动关闭窗口DNA条形码 三亿文库
和应用尚处于探索阶段，稍落后丁对动物类群的研究。这主要表现在以下几个方面。(1)植物DNA条形码的选择及其评价仍没有统一的标准。在生命条形码概念提出之初，生物学家希望能找到一个基因或者一小段DNA序列就可以区别地球上所有的物种。即Jone gene for alI species。但根据目前的研究，即使对于动物来说。仅仅运用COl这一段线粒体DNA序列来实现对所有物种的鉴定仍然存住很大的不足和困难。对于高等植物来说，在提出将rbcL和matK作为组合条形码之后，也仍然不能实现对物种的全面鉴定。此外，随着生物多样性保护、约品和食品市场规范以及资源调查等方面的社会需求日益增长。在选择DNA条彤码时还要考虑各种具体需求的特殊性。(2)对类群进行形态分类学修订是开展棺物DNA条形码研究的基础，而植物DNA条形码反过来可以检验形态分类，但目前传统形态分类学和现代分子分类学还未能达到有机的结合。DNA barcoding必须依赖传统的形态分类学，在条形码数据库建立之前，取样必须建立在形态分类学研究的基础上：建库后，验证要以形态分类学结果作为参照标准。(3)以往的研究在取样上尺度较人，而对具体类群的研究较少，1个科或1个属只用有限的种类作为代表，同一种内的取样也不足，这样虽然表面上看来利用选定的DNA条形码可以容易地把代表物种区分开，但实际上日前建议的植物DNA条形码(例如rbcL和matE)由于其分子进化速率较慢，在种级水平上，特别是对于那些经历了近期适应辐射或快速进化的属来说，分辨率较低。而DNA条彤码的应用主要集中在属内物种水平，因此只有针对具体类群进行探索研究。才可能为建立完整的条形码数据库起到积极有效的作用。
因此充分利用基因组信息，在植物、动物和微生物中筛选其它候选基因，仍然是今后一段时间内DNA条形码研究的主要任务。通过对多个类群和多个基因的比较，评价分类群种内和种问差异的人小。提出物种鉴别的分子变异尺度，对不同marker的使用范围进行评价。尽管在动物DNA条形码的研究中，COl以较大的优势成为动物条形码首选，并在‘些昆虫、鱼类和鸟类的研究中得到了较好的结果(Hebert et a1．，2004b；Hajibabaei et aI．，2006)，但也有研究表明单个线粒体基因片段在热带物种多样性高的区域中应用有一定的局限性(Rubinoff et a1．，2006a)。另外，在鉴定存在杂交的类群时，作为单亲遗传的线粒体基因其不足显而易见(Will et a1．，2005；Rubinoff et al.，2006b)。因此有学者提议在使用COl和其它线粒体基因(如利用NDI对蜻蜒的研究(Rach et a1．，2008))的同时，可以结合核基因片段，如28S和EFla，以提高鉴定的准确度(Ahrens et aI．，2007；Elias et aI．，2007)。
在植物中。谱系偏选和杂交现象更加普遍．无疑增加了筛选DNA条形码的难度，这样就更需要从不同的基因组中选择marker来保证攀定的准确度。目前在叶绿体基因绢，人们已经在陆地植物中对50多个基冈或DNA片段进行了评价，提出了。些备选的条形码(如matK、rbcL、trnH-psbA、trnT-L、ycf5和accD)或条形码组合(如matK+rpoB、rpoC+ndhJ、rpoCl+ rpoB+matK和rpoCl+matK+trnH-psbA)(表1)，其中一些基因(如mafK币UrbcL)受到了关注或支持，另一些基因(如ycf5和accD)尚未引起普遍重视。在叶绿体基因组以外，ITS作为DNA条形码的潜力得到了不少研究者的认可。在今后几年或更长一段时问里，从线粒体基因组和核基因组中筛选有效的DNA条形码是一项可行并极有价值的工作：同时在分子进化速率相对较慢的2个基因（matk和rbcL)之外，评价其它进化速率较快的分子标记在种级水平上作为DNA条形码的有效性，如ITS和trnH-psbA，是当前生命条形码国际合作中受剑广泛关注的研究课题。由于中围具有丰富的生物多样性，儿其是在横断山地区具有一些快速进化的被子植物科属，如杜鹃花科、报春花属和乌头属等，冈此，国内学者应该积极参与这项工作。3．2与传统形态分类学研究的结合利用DNA条形码技术在生物志的基础上实现对物种快速准确的自动鉴定是生物分类学发展的一个阶段。DNA条形码鉴定只有在形态学分类研究的基础上．
在取样准确、涵盖分布区包括所有变异的情况下才能保证结果的可靠性。因此DNA条形码鉴定和传统的形态分类学研究是相辅相成的，需要将两者紧密地结合在一起。例如，DNA条形码鉴定也要充分考虑居群(population)概念，注重对近缘种以及亚种(subsp．ecies)之间的比较。对于标本的采集和一系列信息的规范处理，如凭证标本的存放、地理信息和图片等，应利用国内运行良好的标本馆和博物馆体系，开发出能够兼容的管理模式并制定相应标准。同时考虑与当今日益发达的计算机网络技术相结合，使得DNA条形码成为新的网络化的生物物种信息载体。以链接已有的模式标本信息、形态学描述、地理分布图和用途等各类有关物种的信息，形成一个动态(可以不断补充和完善)的、相对稳定而又开放的系统(图1)。
如果说DNA条形码的主要功能侧重于对以往已有描述的物种或类群的鉴定，那么在分子手段介入的同时，难免会出现一系列问题，这主要体现在与形态分类学研究结果的冲突，如隐形种的出现和DNA条形码的通用性等。在这种情况下，研究者需要利用各方面的证据进行权衡，确定标准，从而做出决定。由于不同分类学家对种的概念、大小或界限有着不同的理解，各类分子标记片段具有不同的进化速率，以及同一片段在不同分类群中进化速率存在差异，所以利用一段尽量短的基因或DNA片段对所有的物种进行鉴定也许只是一种梦想，至少现在看来，在植物界实现这种梦想的可能性不大(Blaxter，2003)。实际上，如上所述，在动物中也正在提倡使用COl之外的标记，与其它线粒体基因和核基因配合使用(Will et a1．，2005；Rubinoff et aI．，2006b；Rach et aI．，2008)。当然，使用DNA条形码的原则是：越通用越好，越少越好，越短越好，从而使得物种鉴定能够越米越容易、快捷和准确。3．3展望从《神农本草经》到《本草纲目》，再到《中国植物志》，人们对植物的认识总是与人类最基本的生存需要息息相关。当今，对生物资源的拥有、研究及开发利用水平已经成为一个国家综合国力和可持续发展能力的重要体现，并被各国政府提升到战略高度。另一方面，人类面临珍稀濒危物种灭绝速度加快和外来种入侵等严重问题，需要对濒危物种和外来物种进行现状评估、动态监测和预警。在这种背景下。快速而准确地鉴定物种不仅是生物分类学发展的重要方向，而且也是进行生物多样性管理、监测和保护以及生物资源开发和可持续利用的迫切需求。分类学家的主要职责是提供一个快捷便利的信息检索系统，而物种的DNA条形码信息将成为检索系统中最重要的组成部分。当前科学技术的发展，特别是分子生物学和信息科学的发展，为我们建立全面准确的信息综合系统库(链接各种信息的百科全书)提供了基本条件。
中国科学院已经启动了2个项目支持将DNA条形码应用到物种分类和物种自动鉴定中，国家自然科学基金委和科技部也正在酝酿启动类似的项目。这不仅反映了国际生物分类学以及系统与进化生物学发展的前沿和必然趋势，同时也赋予了在中国开展此类研究的良好时机。这是因为在中国的生物编志工作(除昆虫和真菌外)已基本完成后，当前分类、系统和进化牛物学领域正需要从战略上进行宏观设计，制定长远目标，成立相关机构，在全球范围内整合研究资源。像编研生物志那样，仝围科研人员可围绕着一个目标有条不紊地进行工作。而在生物志编研任务基本完成后，同时在当前基因组学研究蓬勃开展的背景下．DNA条形码项目正是摆在系统分类与进化生物学工作者面前的一项十分迫切而又切实可行的工作。与欧美国家相比，中国的体制有利于组织这样的重大科研工程，可以形成“全国一盘棋”，有计划有步骤地加以实施。DNA条形码研究和应用可以分成2个阶段：(1)条形码的选择和确定：(2)将选定的条形码应用于物种鉴定，逐步建立完整的条形码数据库(Chase et a J．．2005)。因此，我国学者正在制定短期和长期目标，并积极参与国际合作。近期内，选择在传统分类、分子系统和进化研究基础雄厚的实验室对若十类群进行先期探索，继而将会在国内的各科研院所和高等学校中全面启动中国生命条彤码研究计划。
就目前的研究而言，在整个生命世界。即使在整个植物界，找到一个基因或不太长的一个DNA片段来区别每一个物种几乎是不可能的，但是通过一个条形码组合在基因组范围内实现阶层条形码，逐级缩小范l制，最后达到物种自动鉴定的目的是非常现实和可行的。许多研究表明：在陆地植物中比较可行的条形码组合是rbcL(科级)+matK(属级)+ITS和trnH-psbA(种级)。这种阶元犁并可拆卸的条形码组合，适合十不同的生物学者使用，非植物学家可以从科级入手，而类群专家则直接从种级入手，至于种下等级则是遗传学家和进化生物学家所关注的。生物信息学家和网络工程师利用分类学家建立的条形码数据库开发出物种自动鉴定网络信息系统，最终研制出便携式的物种鉴定仪或DNA barcoder装备为大众服务。这不仅可以为国家经济和生态环境建设以及生物多样性保护提供全面准确和快速便捷的物种信息服务，同时可以满足人们不断增长的对生物识别、观赏和利用等各方面的需要，提高人民的物质和文化生活水平。 任保青，陈之端 植物学报2010.1
专家吁建立生物DNA条形码全球统一数据库 日00:00
王学健 随着科学技术的发展，借用DNA条形码技术“扫描”地球上种类繁多的物种将不再是梦想。这项新技术的应用对于生物多样性、有害生物控制、生物产品贸易监管、生物来源食品、中药产品、检验检疫等领域将发挥不可替代的作用。但目前，距离这一梦想的实现还有一定距离。在日前召开的中国科协第31期新观点新学说学术沙龙上，有关专家呼吁：建立生物DNA条形码全球统一数据库 “野外露营时，被不知名的虫子咬了一口，要想知道咬人的虫子是否有毒，只需用随身携带的DNA条形码扫描仪轻轻刷一下小虫子，仪器上随即显示它的名称等信息。如果想进一步了解，可以上网在全球通用的物种DNA条形码数据库中进行检索，了解这一物种的特性及应对方法。”在日前参加中国科协第31期新观点新学说学术沙龙的专家们看来，这不再是遥不可及的梦想。 目前，地球上已知的生物至少已有150万种，但一个人能够认识的物种不过1000多种。DNA条形码技术应运而生，这种用DNA鉴定物种的技术，是一种快速的、可自动化的以及全球通用的分类鉴定工具。南开大学生命科学学院教授卜文俊说，DNA条形码的优点在于在没有形态分类专家的参与下，能提供快速的物种评估；在结合形态学的基础上，还可进行深入细致的形态分析，如形态功能、进化适应等。 主持沙龙的中国科学院动物所研究员黄大卫说，DNA条形码为我们认识生物提供了一个新的方式。 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所媒介生物控制室主任刘起勇，曾赴东南亚海啸灾区承担登革热、疟疾等疾病的风险评估和技术支持。他认为，DNA条形码是一种极具潜力的传染病监控技术。在常规病媒生物监测和疫源地调查和疫情处理过程中，需要在现场处理大量的标本，如果对标本的鉴定不能做到细致准确，就不能将完整标本带回实验室进行细致鉴定。而在一些昆虫的滋生地调查中，主要得到一些不同发育阶段的幼虫，也不利于种类的准确鉴定。因此，DNA条形码技术可以用于标本或样品的准确鉴定分类。 因此，全世界急需这样一种快捷、精确、以DNA条形码为基础、全球通用的分类鉴定工具。但是，针对生物界150多万种物种，DNA条形码识别系统的建立十分艰难。 建立全球生物DNA条形码公共数据库，并不像想象中的那么容易。卜文俊说，建立一个库需要很多要素：地理分布、照片、生物学的记载、系统发育或者是种群学的数据，还需要跟其他大的数据库进行链接。“也许这个库最终不是一个单一的库，而是生物多样性记载的一个库。分子的数据通过条形码来体现。” “从条形码本身来讲，物品的条形码是唯一的。但是对于生物来说，我们所用的条形码不是人为编制的，而是形成的一个基因序列。在不同的物种间和物种内有变异的范围，唯一性不强。”卜文俊说。 “现在的做法是，变异范围是一个经验值，比如2%、3%的序列差异。”卜文俊介绍，分子体现的是同一物种下的多样性，而如何记载同一物种中的大量的变异问题――是换成不同的物种记载，还是记载物种下的变异类型，这成为DNA条形码工作中的难点。 对于这个数据库的特性，卜文俊则呼吁，“它应该是一个公共的数据库，全球参与”。在数据库建好之后，也可以引入商业机制，进行基于数据库的其他分析。 与会的其他专家表示，DNA条形码技术与其他分类学方法结合使用，能够帮助区别个体以及加快发现新种类的速度，条形码作为一种初步筛选技术，能够达到快速识别的目的，但是要最终确定一个新物种，还需要其他很多缜密的检测手段。 [责任编辑：irenewu]
物种的基因条码
中国教育科研计算机网 在人类即将结束叫的时候生物分类学面临十字关头。虽然生物学家和自然保护学家在竞相进行物的鉴别和量化研究，但生物分类学的研究经费在减少，学术价值在下降。\我长期在热带工作，对于生物学家不能识别身边生物体系时的那种挫折，我感同身受。\加拿大分子生物多样性研究中心主任、进化生物学家PadD.N.Heber说。因此，在2003年，绕过繁杂的分类工作，Hebert提出了一种新的生物身份识别(ID)系统:根据一段线粒体基因片断给物种“贴上标签”。这些所谓的DNA条码立即赢得了公众的喜爱，预示着有朝一日，研究者们甚至利用Star Trek--ian“三录仪”就可以在野外进行简单的DNA测试。但是，自从该方案提出后，已有几十位生物分类学家对这种捷径提出批评，声称那样会使那些为确保ID精度和准确度而有针对性地精心研制的系统受到影响。
Hebert的方案针对细胞色素C氧化酶亚单元I(COI)基因的一个序列片断。他认为该基因片断对不同的物群来说是独特的。去年，Hebert和他的同事们根据DNA条码从一些以前没有被分类的鸟和蝴蝶中鉴别出了新的物种，从而证实了这一方案的原理。在2月份伦敦的一次会议上，生物条码协会(Consortium for the Barcode of Life)宣布，计划在今后5年内，建立所有鸟类和鱼类条码，并对哥斯达黎加所有开花类植物用DNA条码进行分类。这些计划将通向一个更加宏伟的目标:为所有生物建立基因标签，并建立地球上生物多样性样本目录(目前，人类正式知晓的物种约只占世界总物种数的十分之一)。
但是，伦敦自然历史博物馆的昆虫学家QuentinD.Wheeler警告说，就象任何事物一样，条码技术“可以用于造福，也可用来为害”。如果符合正规的描述与分类，那么，标准化的物种标签是令人激动的。在Wheeler和其他批评者看来，对生物分类学的发展造成威胁的是条码仪的一个更加野心勃勃的目标一一用COI系统来创建“临时的”新物种定义。
反对者的理由是把分类问题过于简单化了。“大自然是复杂而混乱的，”夏威夷大学昆虫学家Daniel Rubinoff如此说。目前，存在多种物种定义，因为没有人知道一个物种要具备哪些特征。生物分类学最\科学\的地方就在于分析了数百种特征后才得出了这些定义。这就是为什么使用单一特征数据集的条码仪“有点象回到了中世纪”，Rubinoff说。加州大学伯克利分校的生物学家BrentD.Mist1ler对此也有同感，他认为用于物种鉴别的条码技术
联系客服：cand57</& 基于叶绿体psbA-trnH基因间区序列鉴定肉苁蓉属植物
基于叶绿体psbA-trnH基因间区序列鉴定肉苁蓉属植物
摘 要：肉苁蓉的干燥肉质茎是常用中药材, 药典收录基源植物有管花肉苁蓉和荒漠肉苁蓉两种, 但是市场上经常会与黄花列当、草苁蓉、盐生肉苁蓉及沙苁蓉等混用。本文对不同类群肉苁蓉及混淆品的叶绿体 psbA-trnH
【题　名】基于叶绿体psbA-trnH基因间区序列鉴定肉苁蓉属植物
【作　者】韩建萍 宋经元 刘昶 陈君 钱俊 朱英杰 石林春 姚辉 陈士林
【机　构】[1]中国医学科学院、北京协和医学院药用植物研究所,北京]香港大学李嘉诚药学院,香港 [3]湖北中医学院,湖北武汉430065
【刊　名】《药学学报》 2010年第1期,126-130页
【关键词】psbA-trnH基因间区 肉苁蓉 鉴定
【文　摘】肉苁蓉的干燥肉质茎是常用中药材, 药典收录基源植物有管花肉苁蓉和荒漠肉苁蓉两种, 但是市场上经常会与黄花列当、草苁蓉、盐生肉苁蓉及沙苁蓉等混用。本文对不同类群肉苁蓉及混淆品的叶绿体 psbA-trnH基因间区进行 PCR 扩增并测序, 获得了该区间的完整序列, 用 K-2P 法建立了系统进化树, 聚类结果与形态分类相符。所得结果显示, psbA-trnH 片段序列在肉苁蓉及混淆品种间存在丰富的变异, 肉苁蓉属各种的种间遗传距离从 0.077% 到 0.743%, 种内遗传距离从 0% 到 0.007%, 种内和种间存在明显的＂barcoding gap＂。肉苁蓉属各种与黄花列当的遗传距离为 0.979% 至 1.149%, 与草苁蓉的遗传距离为 1.066% 至 1.224%。研究结果表明psbA-trnH 基因间区可以作为条形码来鉴定肉苁蓉及其混淆品。
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