学院校旗为海蓝色长方形旗帜中央印白色、规定字体的“江苏南京海事职业技术学院院”校名。
海涵哋负、德诚志远
释义:德行高尚志向远大,有大海般的宽阔胸怀有大地一般的承载和担当。昭示着海院师生具有容纳百川的海洋气概负载万物的大地情怀,恪守诚信志存高远。