Dmol3、Castep的基本原理和参数设置_图文_百度文库
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Dmol3、Castep的基本原理和参数设置
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培训班讲义-dmol3
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MMatteriiallsStStudidio－DMDMoll 第二级第二级 第三级 初级培训班讲义 第四级 第五级第五级 培训内容培训内容 33
?? DMolDMol 概述概述
密度泛函原理简介密度泛函原理简介 单击此处编辑母版标题样式 3
DMol 参数设置
几何结构优化 单击此处编辑母版副标题样式单击此处编辑母版副标题样式
各类性质的模拟
过渡态搜索
动力学计算动力学计算 DMol3 概述 DMolDMol3
可以模拟气相可以模拟气相、溶液溶液、表面及固体等过程表面及固体等过程
及性质，应用于化学、材料、化工、固体物理等许
多多领域域，研究究分子结构结构、分子反应应、均相催化均相催化、多多 单击此处编辑母版标题样式
相催催化等。 单击此处编辑母版副标题样式单击此处编辑母版副标题样式
:: 基本任务基本任务 ? 单点能计算单点能计算 ? 几何优化 单击此处编辑母版标题样式 ? 动力学计算 ? 过渡态搜索 单击此处编辑母版副标题样式单击此处编辑母版副标题样式 ? 过渡态的优化 ? 过过渡态态的确的确认
DMolDMol3 :: 各类性质计算各类性质计算 ?
能带结构 ?
电荷密度 单击此处编辑母版标题样式 ?
静电特性静电特性 ?
振动频率 单击此处编辑母版副标题样式单击此处编辑母版副标题样式 ??
FukuiFukui函数函数 ?
光学特性 ??
轨道计算轨道计算 ?
研究内容 几何结构的确认和电子结构的解析 反应过渡态、中间态的搜索和优化 基于基于全部或部分全部或部分HHessiian矩阵的振动频率计算矩阵的振动频率计算 单击此处编辑母版标题样式 Mulliken，Hirshfeld 以及 ESP 电荷的计算，键
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新手上路, 积分 25, 距离下一级还需 25 积分
贡献0 金钱14 威望2
用DMol3中的complete LST/QST 方法搜出来的过渡态有不止一个虚频怎么办？
还有 TS optimization 和TS confirmation 在什么情况下使用？
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高级会员, 积分 8862, 距离下一级还需 11138 积分
贡献-4 金钱-2 威望2
TS optimization 和TS confirmation 是用来确认你找的过渡态是否正确连着产物和反应物。最大的虚频是多少？其它的虚频是多少？如果其它的虚频很小的话，可以不用去管，只保证有一个较大的虚频
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高级会员, 积分 8508, 距离下一级还需 11492 积分
贡献-5 金钱-6 威望2
只有两个虚频（一个很大而且是连接反应物和产物的，另一个很小），这样的我知道可以忽略那个小的。但是有时候有好几个虚频，除了最大的那个还有几个比较大的（30左右）。我觉得这样就不能忽略了。我试着消那个不想要的虚频，可是一消连那个最大的都消掉了。而且我不知道这种小虚频的方法有没有理论支持？
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高级会员, 积分 14503, 距离下一级还需 5497 积分
贡献-6 金钱-7 威望2
三十左右的虚频不算大，有的时候和所取的精度有关系。可以直接忽略掉。你消虚频的时候，如果调整原子坐标位置太多的话，那个较大的虚频有可能被消去。你可以去调节你想消除的虚频对应的坐标，把调整的幅度改小一点
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中级会员, 积分 7342, 距离下一级还需 658 积分
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谢谢你的回复！
还有第二个虚频是70多的，我觉得应该要消一消吧。上次那个我第一次用虚频模式乘0.5去消结果一个虚频都没有了，再用虚频模式乘0.3去消结果还是一个虚频都没有了。很郁闷，我都怀疑DMol3算得频率是不是可靠了。
我现在尝试用TS Optimization 处理两个以上虚频的过渡态。不知道有用没用？
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中级会员, 积分 6090, 距离下一级还需 1910 积分
贡献-1 金钱-5 威望2
其实用LST/QST方法找过渡态是有问题的，它的收敛标准是RMS的，所以不能保证所有原子的力都小于特定值，与过渡态的定义不符。
我现在都是用Eigenvector following搜索过渡态，基本上收敛之后的Hessian只有一个虚频
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中级会员, 积分 7346, 距离下一级还需 654 积分
贡献-4 金钱-5 威望1
你指的是TS Optimization 方法吧？
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那怎么去确定要的振动模式呢？
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贡献-3 金钱0 威望2
与反应坐标相关的的振动模式
Powered byDMOL3过渡态计算中多反应物初始结构的设置 - 实验交流 - 生物秀
标题: DMOL3过渡态计算中多反应物初始结构的设置
摘要: [DMOL3过渡态计算中多反应物初始结构的设置] 采用DMOL3计算过渡态时候，如果是2个或者2个以上的反应物，初始结构的放置似乎对结果影响很大，2个分子的靠近方式，应该有多种可能，如何进行选择啊？如何进行合理的初始结构位置，间距，角度直接的放置呢？这是不是只有靠经验和分析呢， 对于多个反应物，怎么能够更加合理的放置初始结构呢？ 我是新手，希望大 关键词:[反应物 过渡态]……
采用DMOL3计算过渡态时候，如果是2个或者2个以上的反应物，初始结构的放置似乎对结果影响很大，2个分子的靠近方式，应该有多种可能，如何进行选择啊？如何进行合理的初始结构位置，间距，角度直接的放置呢？
这是不是只有靠经验和分析呢， 对于多个反应物，怎么能够更加合理的放置初始结构呢？ 我是新手，希望大家给点指导：）回复找几个典型的初始结构即可:victory::victory::victory:回复
找几个典型的初始结构即可:victory::victory::victory: 什么是典型的初始结构啊？回复还想问问， dmol3 中 TS Conformaiton 计算出XSD文件中的结构是什么意思呢？回复
还想问问， dmol3 中 TS Conformaiton 计算出XSD文件中的结构是什么意思呢？ 优化后结构的文件，本次计算后的结构文件！这么简单的都不知道，你还算什么劲啊！！！！
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关于Dmol3优化过渡态搜索问题
各位好，最近一直再用dmol 搜索过渡态，但是遇到好多的问题，我是算的有机小分子在金属表面上氧化反应机理，
1，首先我用DMOL来优化反应物在金属表面的稳定的吸附构型，但是老是计算出现错误，提示如下：
Error: SCF iterations not converged in& &50 iterations& && & DELTE =&&-5.000E-003
Message: SCF not converging. Choose larger smearing value in DMol3 SCF panel
or modify/delete &Occupation&&Thermal& in the input file.
You may also need to change spin or use symmetry.
Resubmit DMol3.
Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting
后来没办法只好用Castep 算出有机分子在pt（111）面上的结构优化后的构型，结果发现构型基本上就没大变化，但是也能算出来吸附能，不知道我这样算是否合适，能不能保证是最稳定的吸附位？
2，然后我再将反应物和产物进行原子配对，配对之后用DMOL 来搜索过渡态，结果一直出现不收敛，一直出下面提示；
& &Message: DMol3 job failed
& &Error: DMol3 exiting
& &Error: SCF iterations not converged in&&100 iterations
我改变那个迭代次数改到了400还是出现上面的提示，一直是不收敛的。我把我建立的模型都在附件里面呈现了，请问各位大侠，能不能给在下提一些意见，被这些问题困惑了好长时间了，在线等热心人帮助。我们这边没有用DMOL计算的，老师也不是搞这个的。全是靠一个人在小木虫上寻求帮助。期待好心人。。
我把outmol文件上传了，麻烦你能帮着看一下。再次感谢
这是出错的outmol，麻烦你给看一下谢谢
谢谢你，那我就把迭代次数调大一些试试，你说还有可能是我的k点或者smearing 数值设的不对麽?我也是看的一个文献上数值参考了一下，但是吸附的有机物不一样，想问一下smearing最大能设多大，
你的问题不仅仅只是调大迭代步数，重点在于前面的问题，否则算出来的结果都是错的。
你确定文献上的一定是对的？一般希望smearing尽可能小，而不是尽量希望大，使得输出文件的kTeS项忽略不计，一般这个忽略不计按照VASP程序手册认为是0.1meV/atom的大小。能量计算在使用了smearing也应该取外推到0K的binding energy。
电子自洽收敛困难的解决方式很多，smearing可以解决，但是其初衷并不是为了这个，并且会影响到能量的计算。
一般难收敛的情况可以调整charge mix和DIIS，使得计算的收敛趋势和收敛速度达到平衡。通常调整这两项就足以解决大部分问题。其他的只能是特殊情况特殊处理。
老师不做指导，让学生做，对这种情况特别反感。尤其是硕士生，未必有那么好的判断力。对这种情况超头疼。
非常感谢你的指导，那我就从你提的那几个方面试试吧，万分感谢，不过没办法给你金币呀！你能不能给我你的求求号，或者为了保护你的隐私我把求求号留下你加上我吧日后有问题还得有劳你呢，我的求求号是
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