NCBI中如何找target - 实验交流 - 生物秀
标题: miRNA
NCBI中如何找target
摘要: miRNA
NCBI中如何找target 请教各位：已知一些miRNA的stem-loop序列，怎么在NCBI里面找到其在小鼠里的target gene？真的很着急，自己是一个刚跟老师做课题的小菜鸟，本科阶段所学知识有限，还请各位帮忙一下，不甚感激。……
请教各位：已知一些miRNA的stem-loop序列，怎么在NCBI里面找到其在小鼠里的target gene？真的很着急，自己是一个刚跟老师做课题的小菜鸟，本科阶段所学知识有限，还请各位帮忙一下，不甚感激。回复:
直接从NCBI里不好找，需要用软件辅助
PicTar (http://pictar.bio.nyu.edu/)
TargetScan (http://www.targetscan.org/)
miRNAMap (http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/)
miRanda (http://www.microrna.org/microrna/home.do)
Diana-MicroT (http://diana.pcbi.upenn.edu/cgi-bin/micro_t.cgi)回复:
楼上的厉害！学习了回复:
不知道2楼的楼主知不知道这些软件的使用方法，
我这段时间这要做这部分
请高手指点回复:
2# ddandgg 顶，就是这些！
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蔷薇属三物种MYB基因生物信息学分析与玫瑰MYB基因克隆及超表达载体的构建
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软件预测某一microRNA的靶基因，有没有软件预测一个基因的靶microRNA？
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所有的靶基因预测软件都可以反过来预测比如，targetscan，在“Enter a human Entrez Gene symbol”后面输入靶基因的Gene symbol，即可预测基因的mirs
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本人最近总结microrna靶基因预测完整步骤，现分享如下：一、
Pictar预测的miRNA 靶位点的基因名称摘取办法用word打开网页，之后1.
把含有基因名称的那一列摘出到一个新的word中2.
合并单元格，并把所有文字移到表格外面，删除表格3.
查找 , mRNA. 全部替换为nothing（即替换那一栏不填任何东东）4.
查找Homo sapiens全部替换为nothing5.
查找\)*\(全部替换为“段落标记”6.
全选拷贝到excel中新建工作表pictar中，工作表标签及所有基因名称都变成绿色。二、
TargetScan网站的基因名称及工作表颜色变为蓝色三、
MIRBASE Family四、
mirnaviewer在Eexel表格中用高级筛选的方式可选出几个网站共有的靶位点。使用不同颜色的字体代表来自不同的预测网站，方便后续分析。PS: 看基因与miRNA的匹配程度 DIANA MicroTest
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关于miRNA总结的帖子很多，这个是@当年的总结
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hayidalikun 好贴 赞一个 谢谢大家的支持，共同学习！
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关于丁香园的海词问答和网友补充：
相关词典网站：[汉] 目的基因
[target gene：目的基因]
一、目的基因的定义：把需要研究的基因称为目的基因。（一般把需要分析的基因称靶基因，在基因克隆过程中有时两者均称为插入基因，有时三者含义相近。）二、目的基因的制备：（一）从细胞核中直接分离 简单的原核生物目的基因可从细胞核中直接分离得到，但人类的基因分布在23对染色体上，较难从直接法中得到。（二）染色体DNA的酶解II型可专一性地识别并切割特定的DNA顺序，产生不同类型的DNA末端。若载体DNA与插入的DNA片段用同一种内切酶消化，或靶DNA与载体DNA末端具有互补的粘性末端，可以直接进行连接。（三）人工体外合成 简短的目的基因可在了解DNA一级结构或多肽链一级结构编码的序列的基础上人工合成。（四）用逆转录酶制备cDNA 大多数的目的基因是由mRNA合成cDNA（反转录DNA）得到。从RNA入手，先从细胞提取总RNA，然后根据大多数真核mRNA含有多聚腺嘌呤（polyadenylic acid ,polyA）尾的特点，用寡聚dT纤维素柱将mRNA分离出，以mRNA为模板，在多聚A尾上结合12－18个dT的寡聚dT片段，作为合适的起始引物，在逆转录酶作用下合成第一条 图10-39 目的基因的制备cDNA链。用碱或RNA酶水解除去mRNA，再用DNA，最好是Klenow片段合成第二条DNA链。双链合成后，用S1切去发夹结构，即可获得双链cDNA。cDNA用于探针制备、序列分析、基因表达等研究。因此以cDNA为研究材料，反映了mRNA的转录及对以后翻译的影响情况，即反映某一基因（DNA）外显子的情况。
英文: Target gene regulation involved in the inhibitory effect of favonoids from Hedyotis diffusa willd. on human hepatoma cell line SMMC-7721; 中文:
白花蛇舌草总黄酮抑制人肝癌细胞的靶基因调控
英文: Regenerated Kan-resistant carrot plantlets of 70 VP7 gene,8 VP gene and 8 VP gene were gained and analyzed by PCR,
0%,% and % of the plantlets were confirmed that target gene had been insert 中文:
分别对VP7,VP和VP的卡那抗性植株70,8,8棵进行PCR检测,PCR阳性率分别为 0%,%和%;
英文: Meanwhile,the sequences of promotor CaMV S,terminator NOS and target gene of Cp-EPSPS were qualitatively detected. Thus,a detection method of transgenic factors in soy meal has been established. 中文:
同时定性检测出外源调控序列CaMV S启动子和NOS终止子及目的基因Cp-EPSPS序列,成功建立了豆粕中转基因成分的检测方法。
英文: Inhibiting Target Gene Expression and Controlling Growth of Epstein-Barr Virus Transformed Cells by Antisense RNA Transcripts 中文:
反义核酸抑制靶基因表达对EB病毒转化细胞的生长控制研究
英文: LPS-induced Down-regulation of Nuclear Receptor Pregnane X Receptor and Its Target Gene CYP3A ing Mouse Liver 中文:
脂多糖对小鼠肝脏孕烷X受体和靶基因CYP3A的下调作用及其部分机制
1.Obtainment and Identification of the Target Genes which Encodes Proteins Interacting with CLN8P
CLN8P相互作用蛋白靶基因的获取与初步鉴定
2.Screening and Identification of the Target Genes of HOXA10 Encoded by Homeobox Gene A10
同源盒基因A10编码蛋白的靶调节基因的筛选与鉴定
3.Accessible miRNA target gene prediction based on second-order Markov model
基于二阶马尔科夫模型预测可趋近性靶基因
4.Comparison of target genes transactivated by different spliced transcripts of human NS5ATP2
丙型肝炎病毒NS5A蛋白反式调节基因2不同剪切体调节靶基因的比较
5.Preparation of the random fragments of target gene library using random PCR
technology
应用随机PCR技术制备靶基因文库随机片段
6.Construction and expression of MAGE-3 target gene prokaryotic expression plasmid
MAGE-3目的基因原核表达载体的构建和表达
7.Screening of the target genes down-regulated by HBV large surface protein with suppression subtractive hybridization technique
应用抑制性消减杂交技术筛选乙型肝炎病毒表面抗原大蛋白的下调基因
8.The Regulation of Downstream Target Gene AP-2γ by Transcription Factor OCT-4
转录因子OCT-4对靶基因AP-2γ表达调控的研究
9.CHANGES OF MICRO RNA AND TARGET GENE EXPRESSION LEVELS IN OSTEOGENIC DIFFERENTIATION OF HUMAN BONE MARROW MESENCHYMAL STEM CELLS
诱导hBMSCs成骨分化中微小RNA和靶基因表达水平的变化
10.Construction and target gene expression of recombinant adenovirus vectors containing vascular endothelial growth factor 165 and angiopoietin-1
携带人VEGF165和ANG-1双基因的腺病毒载体的构建及目的基因的表达
来源： 更多例句>>>
11.Screening and cloning of target genes transactivated by hepatitis C virus p7 protein
应用抑制性消减杂交技术克隆和筛选HCVp7蛋白的反式调节基因
12.Screening and cloning of target genes transactivated by human gene C1 encoding protein 1 interacting with HBV core antigen using suppression subtractive hybridization technique
抑制性消减杂交技术筛选乙型肝炎病毒核心蛋白相互作用蛋白编码基因C1的反式调节基因
13.Screening and cloning target genes transactivated by hepatitis C virus F protein using suppression subtrac-tive hybridization technique
抑制性消减杂交技术克隆和筛选丙型肝炎病毒F蛋白的反式调节基因
14.A method for screening microRNA target genes in goat skin by microRNA seed sequence mediated PCR
利用种子序列检测山羊皮肤中microRNA靶基因分子方法的建立
15.Modified touchdown PCR as an approach to amplify target gene of Cricetulus griseus
改良的降落PCR扩增中国地鼠目的基因
16.Screend Target Gene GALK1 of Transcription Factor AP-2 Alpha by Chromatin Immunoprecipitation Assay
运用染色质免疫沉淀技术筛选出AP-2α的靶基因GALK1
17.Screening Target Genes of Transcription Factor AP-2 Alpha by Chromatin Immunoprecipitation Assay
运用染色质免疫沉淀技术筛选AP-2α的靶基因
18.Reducing Background Expression of Target Gene with tTS/rtTA System in Cell Model
tTS/rtTA系统下调目的基因基础表达的细胞模型研究
19.Screening and cloning of the target genes immuno-regulated by glycyrrhizin using suppression subtractive hybridization technique
应用抑制性消减杂交技术研究甘草甜素免疫调节靶基因
20.Construction and expression of TAT-SOD target gene in P.pastoris exproession vector
PTD-SOD融合蛋白的毕赤酵母表达载体的构建和表达
21.MicroRNAs quantification and related target genes for response to sulfur deprivation in Chlamydomonas reinhardtii
莱茵衣藻硫胁迫相关microRNA检测及其靶基因分析
22.Expression of Target Gene in Eukaryotic Cells Driven by Prokaryotic T7 Promoter and its RNA Polymerase
原核表达系统T7RNA聚合酶/启动子在真核细胞中表达目的基因的实验研究
23.Screening of the Target Genes Transactivated by Human Gene E36 Interacting with HBeAg Using Suppression Subtractive Hybridization Technique
应用抑制性消减杂交技术筛选HBeAg蛋白结合蛋白E36的上调基因
24.Research of target genes mutation of Escherichia coli mutants selected in the mutant selection window
突变选择窗内筛选的大肠埃希菌耐药突变体靶位变异位点的研究
25.Target gene study in gene transfer technology of cartilage tissue engineering
软骨组织工程基因转染技术中目的基因的研究与进展
26.A High Efficient Method to Knockout Target Gene by Two-Step Homologous Recombination in Pichia pastoris
一种两步基因同源重组敲除酵母靶标蛋白基因的方法
27.Determining the Target Genes of RIN Transcription Factor by Chromatin Immunoprecipitation
利用染色质免疫共沉淀技术确定转录因子RIN调控的靶基因
28.Regulation of Downstream Target Genes of Transcription Factor Oct-4 and Its Relationship with Toti/pluripotency of Embryonic Development
转录因子Oct-4调控下游靶基因及其与胚胎发育全能/多能性的关系
29.The Analysis and Identification of MiR-27 Target Gene
MiR-27靶基因的分析及鉴定
30.Progress on Plant microRNAs and Their Target Genes
植物microRNA及其作用靶位的研究进展
31.RNAi and Mechanism of Inhibition of Target Gene Expression
RNAi及其抑制目的基因表达的机制
32.New feature extraction methods of microRNA target genes
microRNA靶基因特征提取新方法
33.Preliminary Screening of Target Genes of Rice Transcription Factor OsBP-73
水稻转录因子OsBP-73靶基因的初步筛选
34.Possibility of Target Gene Introgression from Transgenic Wheat into Non-transgenic Plants Through Pollens
转基因小麦目标基因通过花粉漂流的可能性研究
35.Incorporation of site mutations into a target gene with an improved PCR-based megaprimer method
大引物PCR定点突变方法的改进
36.Identification of Target Genes of Transcription Factor
转录因子靶基因的鉴定
37.The Main Impact Factors of Target Genes Expression in Host Cells
影响工程菌株目的基因表达的因素
38.The Introduction of PCR Technique for Target Gene
三种获取目的基因的PCR方法
Comparison of target genes transactivated by different spliced transcripts of human NS5ATP2
丙型肝炎病毒NS5A蛋白反式调节基因2不同剪切体调节靶基因的比较
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突变选择窗内筛选的大肠埃希菌耐药突变体靶位变异位点的研究
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软骨组织工程基因转染技术中目的基因的研究与进展
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植物microRNA及其作用靶位的研究进展
Identification of Target Genes of Transcription Factor
转录因子靶基因的鉴定
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