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【求助】如何检测并确定一个基因中是否存在lncRNA?
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这个帖子发布于2年零179天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
问题已解决悬赏丁当:6
最近写一篇与lncRNA有关的标书，前期实验中需要先证明我选取的抑癌基因中存在lncRNA，老板说要我用lncRNA数据库查，表示真心不会用，求指导
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推荐几个LncRNA的基因数据库给你，最好使用UCSC。UCSC Genome Browser HomeChIPBase: 对长链非编码RNA的表达图谱和转录调控提供全面的注释和鉴定LNCipedia.org用于注释人类的长链非编码RNA的序列和结构lncRNA Database对功能的长链非编码RNA提供全面的注释NONCODE：对长链非编码RNA提供综合的注释ncRNA Expression Database对长链非编码RNA的表达注释
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北京大学的研究人员在世界上首次创建并发布了长非编码RNA疾病数据库（lncRNA and disease database,LncRNADisease）根据其他战友发送的，以下是整理的长链非编码RNA(lncRNA, lincRNA)数据库资源列表（按字母排序）。国内外长非编码RNA的研究刚刚兴起，希望这资源对国内的非编码RNA的研究者有所帮助。（1） : 提供长链非编码RNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释。整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。网站： 更新：2012年11月（2）: 对人类的长链非编码RNA的序列和结构全面的注释。网站： 更新：2012年7月（3）: 提供miRNA调控长非编码RNA(lncRNA)、假基因(pseudogene)和环状RNA(circRNA)的互作信息和ceRNA调控网络。构建了最全面的包含了14癌症类型（&6000个样本）（泛癌）表达图谱和互作网络。这些调控互作网络信息是基于高通量的CLIP-Seq实验数据。网站： 更新： 2013年11月（4）: 提供有生物学功能的长链非编码RNA的全面注释。这是长链非编码RNA研究领域的大牛John mattick实验室构建的网站。网站： 更新：2011年7月（5）: 提供了文献报道的疾病相关的长链非编码RNA的注释。 网站：
更新：2012年7月（6）：提供对长链非编码RNA的全面注释，包括表达和该团队开发的ncFANs计算机软件预测的lncRNA功能。这是非编码RNA研究的知名数据库，已经更新到第三版。网站：
更新：2012年1月（7）： 提供人和小鼠的长链非编码RNA在芯片数据的表达信息。这也是John mattick实验室构建的网站。网站： 更新： 2009年
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wangyan888sdo 北京大学的研究人员在世界上首次创建并发布了长非编码RNA疾病数据库（lncRNA and disease database,LncRNADisease）根据其他战友发送的，以下是整理的长链非编码RNA(lncRNA, lincRNA)数据库资源列表（按字母排序）。国内外长非编码RNA的研究刚刚兴起，希望这资源对国内的非编码RNA的研究者有所帮助。（1） : 提供长链非编码RNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释。整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。网站： 更新：2012年11月（2）: 对人类的长链非编码RNA的序列和结构全面的注释。网站： 更新：2012年7月（3）: 提供miRNA调控长非编码RNA(lncRNA)、假基因(pseudogene)和环状RNA(circRNA)的互作信息和ceRNA调控网络。构建了最全面的包含了14癌症类型（&6000个样本）（泛癌）表达图谱和互作网络。这些调控互作网络信息是基于高通量的CLIP-Seq实验数据。网站： 更新： 2013年11月（4）: 提供有生物学功能的长链非编码RNA的全面注释。这是长链非编码RNA研究领域的大牛John mattick实验室构建的网站。网站： 更新：2011年7月（5）: 提供了文献报道的疾病相关的长链非编码RNA的注释。 网站：
更新：2012年7月（6）：提供对长链非编码RNA的全面注释，包括表达和该团队开发的ncFANs计算机软件预测的lncRNA功能。这是非编码RNA研究的知名数据库，已经更新到第三版。网站：
更新：2012年1月（7）： 提供人和小鼠的长链非编码RNA在芯片数据的表达信息。这也是John mattick实验室构建的网站。网站： 更新： 2009年 你好，我想在检索哪个lncRNA可以调控miRNA-let-7a，可以做到么
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liuyanli900417
推荐几个LncRNA的基因数据库给你，最好使用UCSC。UCSC Genome Browser HomeChIPBase: 对长链非编码RNA的表达图谱和转录调控提供全面的注释和鉴定LNCipedia.org用于注释人类的长链非编码RNA的序列和结构lncRNA Database对功能的长链非编码RNA提供全面的注释NONCODE：对长链非编码RNA提供综合的注释ncRNA Expression Database对长链非编码RNA的表达注释想问一下您，用UCSC怎么查找基因附近的lncRNA呢?谢谢
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【求助】怎么根据miR或者lncRNA需找引物或者靶基因
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这个帖子发布于2年零85天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
已知某一个miR或者lncRNA，怎么筛选下游靶基因，怎么查找该miR或lncRNA的序列并找出引物
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知道miRNA的话，可以用软件先预测一下，找到miRNA的种子序列及这个种子序列所在的基因，然后用miRNA mimics或inhibitor去过表达或沉默这个miRNA，接着用qPCR、芯片或测序来检测软件预测到的靶基因的变化情况，辅之以荧光素酶报告质粒验证种子序列，我看过的文献基本上就是这个思路；而lncRNA的话，找直接靶基因差不多，正所谓失去了才知道它的重要性，想要知道一个lncRNA的靶基因，可以沉默掉这个lncRNA，然后看其他基因谁变化最明显。沉默lncRNA的方法很多，可以用siRNA来做，也可以用其他方法，检测基因变化，则可以用芯片或者测序来做，这算是个最基本思路吧。至于如何查找一个基因序列，如果你已经读到了研究生或者博士，相信这个难不倒你的。一点拙见，如有不妥，见笑。
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Long non-coding RNAs(long ncRNAs,lncRNA)一般认为是不编码蛋白质，长于200个核苷酸的转录产物，位于细胞核内或胞浆内。通常分为5类：即正义(Sense)、反义(Antisense)、双向(Bidirectional)、基因内(Intronic)及基因间(Intergenic)lncRNA。
lncRNA在疾病发生中的作用？有谁知道呢？
lncRNA错误表达可使蛋白质编码基因失调节，进而引致疾病。在多种疾病中lncRNA表达异常，多种肿瘤细胞中lncRNA表达谱与正常细胞相比有变化。最近，一些检测与疾病状态相关的单核苷酸多态性（SNP）的相关研究也涉及lncRNA。例如在鉴定心肌梗死的易感性位点的SNP时发现了一个lncRNA—MIAT。在整个基因组转录产物中，lncRNA所占的比例远远超过编码RNA所占的比例。通过与DNA、RNA、蛋白质的相互作用，在生命活动调控网络中扮演着十分重要的角色。除了在基因表达调控方面发挥着十分重要的作用，lncRNA与物种进化、胚胎发育、物质代谢以及肿瘤发生等都有着紧密的联系。目前关于lncRNA与包括肿瘤在内的疾病相关联的证据可为疾病诊断和治疗提供依据和靶点。对lncRNA功能的深入研究将使目前对细胞的结构网络和调控网络的认识带来革命性的变化，具有不可估量的科学和临床价值。
这个有多项作用啊，主要的几点如： 编码蛋白的基因上游启动子区转录，干扰下游基因的表达； 抑制RNA聚合酶II或者介导染色质重构以及组蛋白修饰，影响下游基因的表达； 与编码蛋白基因的转录本形成互补双链，干扰mRNA的剪切，形成不同的剪切形式；与编码蛋白基因的转录本形成互补双链，在Dicer酶的作用下产生内源性siRNA； 与特定蛋白质结合，lncRNA转录本可调节相应蛋白的活性；
要回复问题请先或
关注: 3 人lncRNA研究
&（蛋白，多肽）
B&nfai B, Jia H, Khatun J, Wood E, Risk B, Gundling WE Jr, Kundaje A, Gunawardena HP, Yu Y, Xie L, Krajewski K, Strahl BD, Chen X, Bickel P, Giddings MC, Brown JB, Lipovich L.
近些年来，lncRNA作为潜在的基因表达和细胞过程的重要调控者，获得了巨大的关注。最新一期Cancer Research中报道了上海交通大学医学院附属瑞金医院对肝癌预后相关lncRNA研究最新成果。研究者首先利用已公开的GEO数据库及两种lncRNA芯片数据，筛选得到肝癌组织中58个上调的和3个下调的lncRNA，再通过建立共表达网络，最 终确认所有出现差异的lncRNA中，上调最为明显的ZFAS1为筛选得到的关键lncRNA。在细胞及小鼠体内上调ZFAS1时，肝癌细胞侵袭性及迁移性明显增强，临床病例分析也表明，ZFAS1失调与肝癌较差预后明显相关。这些结果也充分证明了之前分析结果。发现了肝癌细胞侵袭及转移相关的一个重要lncRNA&&ZFAS1，并阐明了该lncRNA功能通路，接下来，研究者将进一步对ZFAS1在 肝癌细胞中失调的具体原因进行进一步探索，以期在未来能够以此lncRNA为肝癌诊断及治疗靶点，开发新的治疗方法。相关论文：Zhecheng Z, Li T, Xie J, et al. Amplification of long non-coding RNA ZFAS1 promotes metastasis in hepatocellular carcinoma[J]. Cancer research, 2015: canres. .
Cell惊人发现：谁说非编码RNA不编码？（蛋白，多肽）来自德克萨斯大学西南医学中心的Eric Olson和同事们在分析梳理肌肉特异性的长链非编码RNAs(lncRNAs)以了解它们的功能时，发现了一种在骨骼肌中特异性表达的lncRNA。尽管这一RNA以往被归类为是非编码RNA，它的序列中包含的一小段却看上去好像一个编码区域。研究人员证实在体内这一lncRNA编码了一个包含46个氨基酸的微肽，他们将之命名为myoregulin。Myoregulin形成了在结构上与表达于心肌和慢收缩骨骼肌中的另外两种小蛋白：phospholamban (PLN)和sarcolipin (SLN)相似的一种跨膜&-螺旋。并非所有的lncRNAs都会编码小蛋白，但&毫无疑问一些错误解读的lncRNAs编码了大量的微肽，&Olson说。耶鲁大学医学院的Antonio Giraldez说：&发现myoregulin的功能与PLN和SLN相似敲响一记警钟。我们需要更多地去查看这些非编码RNAs中的一些保守区域或是寻找翻译区域。&此外，不久前来自法国的研究人员也在Nature杂志上报告称，发现了生成miRNAs的酶切割前体转录物初级miRNAs (pri-miRs)编码了促进它们的miRNAs生成的肽。这是第一份研究报道证实一个pri-miR编码了一种功能肽，由此从全新的视角认识了pri-miR区域除直接生成miRNAs之外的重要功能，阐明了基因调控的一个新层次。这些研究对传统RNA的分类提出了挑战，表明了有必要继续寻找有可能是由被视作为是不编码的序列编码生成的一些功能上重要的短蛋白质或&微肽&。参考文献A Micropeptide Encoded by a Putative Long Noncoding RNA Regulates Muscle Performance文献检索：DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.
清华大学首席科学家Cell子刊：CRISPR/Cas9助力lncRNA研究
《Opposing Roles for the lncRNA Haunt and Its Genomic Locus in Regulating HOXA Gene Activation during Embryonic Stem Cell Differentiation》
来自清华大学、南京大学及约翰霍普金斯大学等处的研究人员，利用CRISPR/Cas9基因组编辑技术揭示出在胚胎干细胞分化过程中lncRNA Haunt和它的基因组位点（Genomic Locus）在调控HOXA基因的激活中发挥了相反的作用。这一重要的研究发现发表在《细胞干细胞》（Cell stem cell）杂志上。
清华大学973项目首席科学家沈晓骅(Xiaohua Shen)是这篇论文的通讯作者。其主要研究方向是运用跨学科生物手段，包括小鼠遗传学，分子及细胞生物学和基因组及疍白组学等系统生物学技术，研究表观遗传学机理在干细胞分化，细胞功能和命运决定中的作用。
在这篇文章中研究人员借助于CRISPR/Cas9技术开展研究，证实了在ESC分化过程中lncRNA转录物Haunt和它的基因组位点在调控 HOXA基因簇中发挥了独立且相反的作用。他们证实在减少或是增加Haunt的表达，而不破坏Haunt基因座的情况下，可分别导致HOXA基因上调或下 调。与之相反，在Haunt基因座中进行大片段基因组删除可以抑制HOXA激活。他们发现Haunt基因座包含了HOXA激活的潜在增强子，而Haunt RNA发挥作用阻止了异常的HOXA表达。
这项研究工作为我们建立了一个lncRNA介导对HOXA基因簇转录调控的多面模型，揭示出一个lncRNA转录物和它的基因组位点之间相反的作用，并显示了快速的CRISPR/Cas9基因组编辑在解析lncRNA功能方面具有的强大能力。
Cell子刊：lncRNA在棕色脂肪代谢中的新作用
美国密歇根大学生命科学研究所Jian-die Lin研究员其主要研究方向包括营养和能量代谢中的转录共激活网络，生物昼夜代谢节律以及生理和疾病中的代谢重编程。近期其领导的研究团队发现了一个从前未知的lncRNA-Blnc1参与了棕色脂肪的分化过程，并与关键转录因子EBF2形成转录反馈回路。该成果2014年8月发表在国际顶级期刊Cell 子刊Molecular cell 上。 (影响因子15.28)。
原文出处：A Long Noncoding RNA Transcriptional Regulatory Circuit Drives
Thermogenic Adipocyte Differentiation. Mol Cell. 2014, Aug
7;55(3):372-82.
&Long non-coding RNA ROR decoys gene-specific histone methylation to promote tumorigenesis
上海交通大学医学院的研究人员带领的一项研究成果，刊登在国际著名学术期刊《Genome Biology》，题为&Long non-coding RNA ROR decoys gene-specific histone methylation to promote tumorigenesis&。这项研究表明，lncRNA ROR通过一种新的机制，作为一个阻断结合表面的诱饵致癌RNA（oncoRNA），阻止组蛋白修饰酶的招募，从而明确提出了促进肿瘤发生的一种组蛋白修饰新模式。上海交通大学医学院附属第九人民医院的范先群、张赫和葛盛芳分别为本文的共同通讯作者。
这项研究表明，lncRNA ROR通过抑制组蛋白G9A甲基转移酶并促进组蛋白H3K9甲基化的释放，占据并激活TESC启动子。抑制肿瘤中的ROR，可导致TESC表达的沉默，并且TESC启动子区中G9A介导的组蛋白H3K9甲基化得以恢复，这大大降低了肿瘤的生长和转移。没有ROR沉默，TESC敲除同样可显著减少肿瘤的进展。
&中国学者解析肝癌中的lncRNA
上海交通大学医学院附属瑞金医院的祝哲诚（Z Zhu）博士领导研究团队，对HCC进行了深入研究。他们在HCC中鉴定了一种长非编码RNA（lncRNA），上调它会促进肿瘤转移，导致预后情况差。这项研究发表在六月十五日的Oncogene杂志上。
近年来人们发现，lncRNA在癌症中起到了至关重要的调控作用。研究人员用芯片检测了在HCC和非肿瘤组织之间存在差异性表达的lncRNA，ZEB1-AS1就是其中之一。随后研究人员在体外和体内实验中分析了ZEB1-AS1对肿瘤发展的影响。
进一步研究表明，ZEB1-AS1会促进肿瘤生长和转移，在HCC中起到癌基因的作用。ZEB1-AS1基因位于ZEB1附近，正调控ZEB1的表达。抑制ZEB1可以部分抵消ZEB1-AS1诱导的上皮-间充质细胞转化（EMT）和癌转移。
PARTICLE, a Triplex-Forming Long ncRNA, Regulates Locus-Specific Methylation in Response to Low-Dose Irradiation
Dr. Valerie Brid O'Leary及其同事在四月十六日的Cell Reports杂志上发表文章揭开了这一谜团。研究人员发现，电离辐射会诱导MAT2A基因激活进而增加DNA的甲基化。甲基化是一种非常重要的表观遗传学修饰，能够在不改变DNA序列的情况下对基因表达进行调控。这种机制对人类发育和疾病发展有深远的影响。
研究显示，MAT2A负责提供甲基化反应所需的S-腺苷蛋氨酸。MAT2A基因内部存在一个非编码RNA基因PARTICLE，PARTICLE在伽玛辐射后不久就出现过表达。
&PARTICLE, a Triplex-Forming Long ncRNA, Regulates Locus-Specific Methylation in Response to Low-Dose Irradiation. Cell Reports
&The Xist lncRNA interacts directly with SHARP to silence transcription through HDAC3
来自加州理工学院的研究人员发现了一类丰富的RNA基因&&长链非编码RNAs(lncRNAs)是如何调控一些关键基因的。通过研究一种叫做Xist的重要lncRNA，科学家们确定了这种RNA聚集一组蛋白质，最终阻止女性拥有一条额外的功能性X染色体的机制。在女性胚胎中多出一条功能性X染色体可以导致早期发育阶段死亡。这是研究人员首次揭示出lncRNA基因的详细作用机制。研究论文发表在4月27日的《自然》（Nature）杂志上。&
The Landscape of long noncoding RNA classification
长非编码RNA的研究越来越火热，但你是否注意到，lncRNA的命名和分类依然混乱。四月十日，美国St. Laurent Institute教授、华侨大学首位千人计划Philipp Kapranov教授，在Cell子刊《Trends in Genetics》发表题为&The Landscape of long noncoding RNA classification&的综述，探讨了lncRNA分类上的种种问题。
在这项研究中，研究人员回顾了现有的lncRNA分类、命名和术语。然后，研究人员描述了已经出现的概念性指南，可根据系统生物学大数据集的不断扩大和更综合运用，进行lncRNA的分类和功能注释。
APF lncRNA regulates autophagy and myocardial infarction by targeting miR-188-3p
来自青岛大学、中科院动物研究所的研究人员在新研究中鉴别出了一种叫做APF的长链非编码RNA（lncRNA），并证实它可以通过靶向miR-188-3p调控自噬和心肌梗死。研究论文发表在4月10日的《自然通讯》（Nature Communications）杂志上。
在这篇文章中研究人员报告称发现了一种他们称作为自噬促进因子（autophagy promoting factor，APF）的长链非编码RNA。他们证实APF通过靶向miR-188-3p和ATG7调控了自噬性细胞死亡。进一步的研究结果表 明，miR-188-3p可靶向ATG7抑制自噬和心肌梗死。APF lncRNA是通过调控miR-188-3p，由此影响ATG7的表达、自噬性细胞死亡和心肌梗死的。
新研究揭示出了由心脏中的APF、miR-188-3p和ATG7组成的一个新的自噬程序调控模式。由此为开发出针对心肌梗死和心力衰竭的新治疗策略提供了潜在的靶点和诊断工具。
Systematic Discovery of Xist RNA Binding Proteins
为了揭示非编码RNA-蛋白质复合体（RNP）的组成和动态，Howard Chang教授最近在ChIRP的基础上开发了质谱分析技术ChIRP-MS。这是一种RNA导向的蛋白质组学技术（RNA-directed proteomics），能够全面鉴定特定非编码RNA的结合蛋白。这一成果发表在四月二日的Cell杂志上。
非编码RNA（ncRNA）往往与蛋白质协作，生成复杂的结构，并参与细胞调控。 为了揭示非编码RNA-蛋白质复合体（RNP）的组成和动态，Howard Chang教授最近在ChIRP的基础上开发了质谱分析技术ChIRP-MS。这是一种RNA导向的蛋白质组学技术（RNA-directed proteomics），能够全面鉴定特定非编码RNA的结合蛋白。这一成果发表在四月二日的Cell杂志上。
The lncRNA DEANR1 Facilitates Human Endoderm Differentiation by Activating FOXA2 Expression
来自哈佛医学院、加州大学圣地亚哥分校的研究人员证实，一种叫做DEANR1的lncRNA通过激活FOXA2表达促进了人类内胚层分化。这一重要的研究发现发表在4月2日的《Cell Reports》杂志上。
内胚层的定向分化受到许多信号通路和转录因子的控制，但对于lncRNA是否在这一过程中发挥了作用却并不是很清楚。有意思的是，近期的一项研究报 告称在ESC向内胚层分化过程中，超过60%的表达lncRNAs显示出与相关蛋白质编码基因协同的基因表达改变。鉴于lncRNAs能够帮助调控基因表 达，作者们认为它们有可能在内胚层和胰腺细胞谱系定向分化中发挥了作用。
在这篇新文章中，研究人员利用纯化细胞群绘制了人类内胚层和胰腺细胞谱系的转录组图谱。通过分析数据集，他们鉴别出了显示分化阶段特异性表达模式的 数百个lncRNAs。在鉴别这些lncRNAs特征的第一步中，研究人员将焦点放在了一个内胚层特异性的lncRNA：DEANR1上，证实了 DEANR1在人类内胚层分化中起重要作用。
&lncRNA调节干细胞分化
加州大学旧金山分校的研究团队发现，大脑干细胞中的非编码RNA Pnky有重要的临床意义，操纵它可以大大增加神经干细胞生产的神经元。这项研究发表在三月十九日的Cell Stem Cell杂志上。
Pnky是一种新发现的lncRNA，只存在于大脑中。领导这项研究的Daniel A. Lim博士指出，Pnky不仅可以用于再生医学，还有助于治疗阿尔茨海默症、帕金森症、创伤性脑损伤、癌症等多种疾病。这篇文章的第一作者是Lim 实验室的Alex Ramos博士和Rebecca Andersen。
Pnky存在于小鼠和人类大脑的神经干细胞中。研究人员发现，从干细胞中敲除Pnky会使神经元产量增加三到四倍。
The Long Noncoding RNA Pnky Regulates Neuronal Differentiation of Embryonic and Postnatal Neural Stem Cells
Long Non-Coding RNAs Control Hematopoietic Stem Cell Function
&近期，来自贝勒医学院的一个研究小组，确定了富集在小鼠造血干细胞（HSCs）中的159个未注释lncRNA（LncHSCs），其中两个lncRNA的敲除可影响HSC的自我更新和分化。相关研究结果发表在Cell旗下子刊《Cell Stem Cell》。
在这项研究中，研究人员通过深度测序描述了纯化造血干细胞的转录组，并鉴定了323个未加注释的lncRNAs。通过在已分化的细胞谱系中比较它们的表达，发现有159个lncRNAs富集在造血干细胞中，其中一些可能是HSC特异性的（lnchscs）。这些lncRNA基因与蛋白编码基因具有相同的表观遗传特征，包括通过DNA甲基化调控表达，敲除掉两个lncHSCs&&lncHSC-1和lncHSC-2，对HSC自我更新和谱系决定具有不同的影响。
该研究小组精确找出了其中一个候选lncRNA的基因组结合位点，并发现了关键造血转录因子结合位点的富集，特别是E2A。总而言之，这些结果表明，lncRNAs对调节造血干细胞起着重要的作用，从而为控制HSC功能的遗传通路提供了更多的层面。
A Cytoplasmic NF-kB Interacting Long Noncoding RNA Blocks IkB Phosphorylation and Suppresses Breast Cancer Metastasis. Cancer Cell, 0&381.
&近期，宋尔卫教授课题组利用Arraystar Human LncRNA芯片发现了能抑制乳腺癌肿瘤转移的新lncRNA分子&&NKILA。NKILA能够与经典的NF-&B信号通路相互作用，通过结合NF- &B/I&B抑制了IKK诱导的I&B磷酸化，使得NF-&B信号通路失活，从而抑制乳腺癌肿瘤转移。该研究成果刊登在国际顶级期刊Cancer Cell（影响因子23.893）
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Dynamic Changes in lncRNA Expression during Reprogramming
全面挖掘iPS技术的临床潜力，需要详细了解重编程各个阶段发生的细胞事件。为此，加州理工学院的研究团队在细胞重编程过程中进行了单细胞转录组分析，揭示了lncRNA表达在不同阶段发生的动态改变。这项研究发表在本期的Cell Stem Cell杂志上，领导这项研究的是加州理工学院的Barbara J. Wold。
&加州理工学院的研究团队用iPS技术将成纤维细胞转化为多能干细胞，并通过单细胞RNA测序在重编程的不同阶段分析了一万六千多个基因的表达谱，其中包括437个lncRNA。他们对这些转录组数据进行分析，发现重编程早期发生了Ras信号传导通路和数百种lncRNA的激活。功能缺失研究显示，lncRNA激活能够抑制种系特异性基因，还能调控代谢基因的表达。
利用Arraystar LncRNA芯片揭示TSA抗癌机制
本研究揭示了lncRNA在TSA诱导的肝癌细胞细胞凋亡中的重要调控功能。在TSA诱导的肝癌细胞株中，长链非编码uc002mbe.2表达水平显著降低。体内外实验表明，uc002mbe.2表达降低与TSA诱导的细胞凋亡相关。该研究确定了一个新的肿瘤抑制lncRNA，对了解lncRNA参与组蛋白乙酰化酶抑制剂诱导的细胞凋亡具有重要的科学意义，为新型抗癌治疗方法的提供了新的药物靶点。
原文出处：Induction of the liver cancer-down-regulated long noncoding
RNA uc002mbe.2 mediates trichostatin-induced apoptosis of liver cancer
cells. Biochem Pharmacol.):1761-9.
Int J Biochem & Cell Biol发表应用Arraystar LncRNA芯片研究囊性纤维化的文章
爱尔兰皇家外科学院 (RCSI, Royal College of Surgeons in Ireland)的Catherine M. Greene博士长期从事肺部先天免疫调控机制的研究。该课题组利用Arraystar Human LncRNA芯片研究发现lncRNAs/mRNAs在囊性纤维化支气管上皮组织中异常表达。结合生物信息学分析分析和分子生物学验证，揭示了lncRNA在囊性纤维化过程中的作用。该研究成果刊登在国际期刊Int J Biochem & Cell Biol（影响因子4.24）。
The lncRNA Neat1 is required for corpus luteum formation and the establishment of pregnancy in a subpopulation of mice
最近，日本理化研究所（RIKEN）RNA生物学实验室的Shinichi Nakagawa及其同事发现，一个特别的长非编码RNA（lncRNA），在某些情况下可能对于生育是至关重要的。相关研究结果最近发表在发育生物学国际著名期刊《Development》。
北大敖英芳教授发表Arraystar LncRNA芯片研究骨关节炎的文章北京大学第三医院的敖英芳教授主要致力于运动创伤、关节与韧带损伤的修复与重建、关节镜微创外科临床治疗与研究。北京大学基础医学院的周春燕教授主要研究方向为干细胞定向诱导分化的分子机制及相关的应用基础研究。近期，两个实验室合作利用Arraystar Human LncRNA 芯片研究发现了一种显著调控骨关节炎的长链非编码RNA&lncRNA-CIR，能够促进细胞外基质降解，导致骨关节炎。该研究成果刊登在国际期刊Arthritis & Rheumatism（影响因子7.866）。作者首先应用美国Arraystar Human LncRNA芯片检测骨关节炎和正常软骨中lncRNA的表达变化。对差异最显著的多个lncRNAs进行RT-PCR验证，其中，lncRNA-CIR表达丰度高，并且相对于正常软骨，骨关节炎软骨中lncRNA-CIR表达水平显著升高；CNC分析（共表达分析）显示lncRNA-CIR与多个分子具有共表达关系，根据上述数据确定lncRNA-CIR作为目标分子。Long noncoding RNA related to cartilage injury promotes chondrocyte extracellular matrix degradation in osteoarthritis. Arthritis Rheumatism. 2013.
-BIOLOGY OF REPRODUCTION：Arraystar LncRNA芯片研究雄性生殖文章美国内华达大学和上海交通大学医学院的研究者合作，利用Arraystar Mouse LncRNA芯片研究雄性种系发育过程中6个关键时间点的lncRNAs和mRNA表达变化。通过对这些lncRNA的序列分析和功能研究，发现在雄性生殖细胞发育过程中，lncRNA表达受到动态调控，lncRNA可以通过遗传和表观遗传两种机制，在转录和转录后两个水平调控基因表达。该研究成果刊登在国际期刊BIOLOGY OF REPRODUCTION（影响因子4.027）。Expression Profiling Reveals Developmentally Regulated lncRNA Repertoire in the Mouse Male Germline. BIOLOGY OF REPRODUCTION.):107, 1&12.-德国汉诺威医学院分子与转化治疗策略研究所的Thomas Thum博士课题组，主要从事心血管疾病和移植医学中基于非编码RNA治疗策略的研究。近期，其实验室利用Arraystar Human LncRNA 芯片研究发现了一种新的血浆lncRNA-LIPCAR，在早期心肌梗死（心梗）后左室重塑病人、晚期心梗后左室重塑病人、病情更严重的慢性心脏衰竭（心衰）病人中表达量逐步增高；以及生存期短的心衰病人较生存期长的病人，其LIPCAR的表达也显著增高。这些研究为心脏重塑预后及心衰病人的存活期预测提供了新的潜在生物标记物。该研究成果刊登在国际权威期刊Circulation Research（影响因子11.089）。为了系统检测心梗后左室重塑病人中lncRNA的表达变化，作者首先应用美国Arraystar Human LncRNA芯片检测了早期心梗后左室重塑病人和未重塑病人血浆中的lncRNA表达变化。借助于聚类分析和分子生物学手段，确认了血浆lncRNA-LIPCAR 在早期心梗后左室重塑病人中低表达，晚期时高表达。作者进一步研究血浆lncRNA-LIPCAR在心衰病人中的表达水平，发现病情更严重的慢性心衰病人较晚期心梗后左室重塑病人，其LIPCAR的表达更高；生存期低于3年的心衰病人较生存期高于3年的病人，其LIPCAR表达量更高。Circulating Long Noncoding RNA, LIPCAR, Predicts Survival in Patients With Heart Failure. Circulation Research. ):1569-75.
-&中山大学生命科学学院陈月琴教授主要从事发育和疾病非编码RNA调控的研究。近期，其研究团队应用Arraystar Human LncRNA芯片发现儿童急性淋巴细胞白血病MLL基因重排亚型独特的lncRNA表达谱特征，找到疾病通路相关的lncRNA分子，并证明疾病中表观遗传学改变对lncRNA的表达的影响。该成果发表在2014年1月Human Molecular Genetics (影响因子7.692) 上。&A distinct set of long non-coding RNAs in childhood MLL-rearranged acute lymphoblastic leukemia: biology and epigenetic target. Human Molecular Genetics. 2014 Jun 15;23(12):3278-88.&&&-lncRNA通过表观遗传抑制重编程的发生体细胞重编程为干细胞是一个非常复杂的过程，其中必需克服众多障碍，才能到达终点，成为真正的干细胞。长链非编码RNA作为这一过程中的促进因素已经被报道，但是作为障碍物的角色却未曾被发现，中国科学院广州生物医药与健康研究院西班牙裔研究员米格尔&埃斯特班(Miguel A. Esteban )实验室的科研人员首次发现并阐明了其如何阻碍这一逆转过程的机理。研究发现体细胞重编程过程中，可以诱导lincRNA-p21的表达，通过lincRNA-p21维持抑制性的表观遗传修饰来阻碍相关多能性基因的表达，从而阻碍这一过程的发生。该成果已于12月17日在国际性期刊Cell Research 上在线发表。The p53-induced lincRNA-p21 derails somatic cell reprogramming by sustaining H3K9me3 and CpG methylation at pluripotency gene promoters.-PNAS：lncRNA可作为白血病预后标志物最近，美国俄亥俄州立大学综合癌症中心- Arthur G. James肿瘤医院和Richard J. Solove研究所（OSUCCC - James）研究人员带领的一项新研究，描述了一种新的标志物，可能帮助医生为许多急性髓细胞白血病（AML）老年患者选择毒性最小、最有效的治疗方法。AML好发于老年人，中位发病，年龄为65～70岁，35%新诊断的AML患者年龄&75岁，三年的生存率为5%到15%。研究人员研究了称为长非编码RNAs（lncRNAs）的分子的模式，这类RNA分子长度超过200个核苷酸单位，参与基因的调节。研究人员在60岁及以上患有细胞遗传学正常（CN）AML的老年患者中，检测了lncRNAs的丰度或表达。相关研究结果发表在最近的《PNAS》杂志。Expression and prognostic impact of lncRNAs in acute myeloid leukemia-Cell子刊最新发表应用Arraystar LncRNA芯片研究宿主抗病毒反应的文章中科院微生物研究所/福建农林大学的陈吉龙研究员长期从事流感病毒致病机理、抗病毒免疫学、病毒感染诱导肿瘤发生机理、肿瘤免疫学等领域的研究。近期，其实验室利用Arraystar Human LncRNA 芯片研究发现了一种新的调控宿主抗病毒反应的长链非编码RNA&&NRAV，通过抑制干扰素刺激基因转录从而调控抗病毒反应，在抗病毒天然免疫反应中发挥重要调控功能。该研究成果刊登在国际顶级期刊Cell子刊Cell, Host & Microbe（影响因子12.194）。NRAV, a Long Noncoding RNA, Modulates Antiviral Responses through Suppression of Interferon-Stimulated Gene Transcription. Cell Host & Microbe, ): 616-626.-德克萨斯大学MD Anderson癌症中心的杨柳青（Liuqing Yang, 音译）课题组长期致力于乳腺癌研究，应用美国Arraystar公司的LncRNA芯片，发现lncRNA-BCAR4特异表达，并参与Hedgehog信号通路，相关研究发现lncRNAs在侵袭性乳腺癌进展中发挥了调控作用，给肿瘤生长转移开了遗传绿灯。这一研究结果（lncRNA Directs Cooperative Epigenetic Regulation Downstream of Chemokine Signals，IF=33.116）发表在最新一期的《Cell》杂志上。杨博士课题组发现lncRNA-BCAR4在乳腺癌病人组织中表达显著上升，并随着肿瘤转移，上升趋势明显。在小鼠、人类组织和细胞系的相关研究中，杨博士课题组发现BCAR4是GLI2控制的基因激活的必要条件。这是研究人员首次了解乳腺癌中lncRNAs与hedgehog这一经典信号转导通路的联系。这一发现进一步证明lncRNAs是癌症形成和发展中一类新型作用因子。 -《相约2015NSFC》之疾病相关lncRNA研究策略-2014国家自然科学基金：lncRNA研究项目
&eLife：lncRNA终究还是能编码(蛋白，多肽)？西班牙IMIM（Hospital del Mar Medical Research Institute）和加泰罗尼亚理工大学（UPC）的研究团队最近在eLife杂志上发表研究指出，长非编码RNA在新蛋白演化中起到了重要的作用，它们在细胞中有着不为人知的重要功能。 Long non-coding RNAs as a source of new peptides由于lncRNA似乎没有承担什么生物学功能，它们曾被认为是一种&进化噪声&。现在西班牙的研究人员通过新测序技术向人们展示，许多这样的转录本也有机会翻译成为蛋白。这一发现旋即引起了激烈的争论。&我们在六个物种中（人类、小鼠、鱼、果蝇、酵母和一种植物）验证了这一结果，许多lncRNA与核糖体关联，似乎随时准备翻译成为蛋白。这说明，lncRNA可以成为新蛋白合成的资源，&Mar Alb&教授解释到。这项研究显示，大多数lncRNA是种系特异性的，很少有lncRNA存在于两个以上的物种中。由此可见，这些lncRNA很可能是最近才演化出来的。事实上，lncRNA分子表现出许多与&年轻&基因相似的特性。（延伸阅读：如何揭开长非编码RNA的神秘面纱）&新功能性蛋白的出现，是一个反复尝试的过程。因此细胞需要生成大量的转录本，这些转录本不一定都能通过时间的检验。lncRNA与这样的转录本很相符。对近亲物种进行研究，将有助于我们进一步理解新基因的形成机制，鉴定那些可能有功能的转录本。lncRNA表达模式改变与特定疾病的关联，也是一个很有吸引力的研究方向，&Mar Alb&总结到。-被TGF-&活化的lncRNA-ATB促进肝癌的侵袭-转移级联反应最新一期国际顶级学术期刊《Cancer Cell》杂志以论著形式发表了第二军医大学医学遗传学教研室的研究人员在肝癌转移方面的研究论文，报道了该课题组发现一种表达于人肝癌细胞中的长链非编码RNA（lncRNA），通过直接结合其他RNA分子，调控肿瘤微环境，促进肝癌的早期侵袭及晚期定植。第二军医大学医学遗传学教研室的袁继行博士和孙树汉教授分别是本文的第一作者和通讯作者。原文出处：Yuan JH, Yang F, Wang F, Ma JZ, Guo YJ, Tao QF, et al. A long noncoding RNA activated by TGF-beta promotes the invasion-metastasis cascade in hepatocellular carcinoma. Cancer Cell ):-81.
-Nature子刊：研究lncRNA功能的新方法2011年，斯坦福大学的Howard Chang教授开发了ChIRP技术，该技术可以在全基因组范围内鉴定RNA与染色质的互作，被不同领域的研究者们广泛采用。最近，Chang和同事对ChIRP进行了改造，发布了称为dChIRP（domain-specific ChIRP）的新技术。据介绍，该技术可以在天然环境下剖析lncRNA不同结构域的功能。Chang和同事对ChIRP进行了改造，发布了称为dChIRP（domain-specific ChIRP）的新技术。据介绍，该技术可以在天然环境下剖析lncRNA不同结构域的功能。相关论文发表在近期的Nature Biotechnology杂志上。Revealing long noncoding RNA architecture and functions using domain-specific chromatin isolation by RNA purification
-中科院动物所《PLOS》解析线粒体动态相关lncRNA日，中科院动物研究所在国际权威杂志《PLOS Genetics》（2014年影响因子为8.167）发表一项最新研究成果&MDRL lncRNA Regulates the Processing of miR-484 Primary Transcript by Targeting miR-361&，该研究报道了一个长链非编码RNA，命名为线粒体动态相关的lncRNA（mitochondrial dynamic related lncRNA，MDRL）MDRL影响细胞核中miR-484初级转录物的加工，通过靶向miR-361和miR-484调节线粒体网络。MDRL lncRNA Regulates the Processing of miR-484 Primary Transcript by Targeting miR-361
-Cell子刊挑战传统认知，发现编码lncRNA来自凯斯西储大学医学院的科学家们获得了不同寻常的双重研究发现。首先，他们鉴别出了数以千计的新型长链非编码核糖核酸(lncRNA)转录本。其次，他们了解到其中的一些lncRNAs挑战了关于lncRNA转录本的一些传统认知，证实在细胞中它们实际上引导了蛋白质合成。两项突破详细地报道在6月12日的《Cell Reports》杂志上。 Translation of Small Open Reading Frames within Unannotated RNA Transcripts in Saccharomyces cerevisiae-Science、EMBO重要发现：编码蛋白质的lncRNAs（蛋白，多肽）　不久之前，研究人员还认为RNA分为两类：生成蛋白质的编码RNAs和发挥结构作用的非编码RNAs。发现小分子RNAs开启了全新的研究领域。然而现在研究人员兜了个圈又回到了原地，推测一些长链非编码RNAs可能生成了具有生物功能的小蛋白。 不久之前，研究人员还认为RNA分为两类：生成蛋白质的编码RNAs和发挥结构作用的非编码RNAs。发现小分子RNAs开启了全新的研究领域。然而现在研究人员兜了个圈又回到了原地，推测一些长链非编码RNAs可能生成了具有生物功能的小蛋白（延伸阅读：Nature重要论文：阐析生物学&暗物质&）。近期发表在《EMBO Journal》杂志上的一项研究描述了，研究人员利用核糖体作图（ribosome profiling）鉴别出了有可能生成小蛋白肽的几百种长链非编码RNAs。Identification of small ORFs in vertebrates using ribosome footprinting and evolutionary conservation. The EMBO Journal, April 2014 DOI: 10.1002/embj.Toddler: An Embryonic Signal That Promotes Cell Movement via Apelin Receptors. Science,
(6172): 1248636 DOI: 10.1126/science.1248636-Genes&Development封面：lncRNA的确有功能日前，宾夕法尼亚大学的Ed Morrisey教授领导研究团队，在肺部鉴定了数百种lncRNA。研究显示，许多这样的lncRNA能够影响基因的表达，并由此调控肺部的正常发育。这一发现作为封面文章刊登在本期的Genes and Development杂志上， 研究人员在小鼠胚胎和成年小鼠的肺部鉴定了363个lncRNA，这些lncRNA往往位于转录因子附近。&这项研究将lncRNA与转录因子关联在一起，&Morrisey说。&这种关联对于小鼠的肺部发育至关重要。其中至少有一种lncRNA能够对人类的肺功能产生重大影响。&这种lncRNA被称为NANCI，能够对转录因子Nkx2.1进行调控。Nkx2.1是小鼠和人类肺部发育的重要分子指标，决定着肺部的正确成熟。Long noncoding RNAs are spatially correlated with transcription factors and regulate lung development
-Science：lncRNA究竟是大咖还是小角色？Lengthy RNAs earn respect as cellular players-　MicroRNA是最广为人知的一种非编码RNA，这种微小的分子控制着众多基因的启动和关闭，是基因表达的重要管理者。日前，巴塞罗那大学Manel Esteller教授领导的研究团队发现，还有一种重要的非编码RNA监管着microRNA的活性。这项研究发表在Cell旗下的Molecular Cell杂志上，为人们展现了一个新型的ncRNA-ncRNA互作网络。 研究人员发现，长非编码RNA Uc.283+A控制着Pri-miRNA的加工，Pri-miRNA是microRNA基因的初级转录产物。这种lncRNA也被称为超保守RNA（ultra-conserved RNA），因为它的序列在进化中高度保守，从鸡到人没有出现任何变化。Regulation of pri-miRNA Processing by a Long Noncoding RNA Transcribed from an Ultraconserved Region-Salk研究所的科学家们发现，一种长非编码RNA（lncRNA）是癌症发展过程中的一个关键基因开关。这项研究于四月二十九日发表在eLife杂志上，为相关癌症的治疗提供了一条新的途径研究人员将这种lncRNA命名为PACER（p50-associated COX-2 extragenic RNA），他们发现PACER控制着COX-2基因的开或关，而这个基因过度活跃与炎症、癌症都密切相关。p50-Associated COX2 Extragenic RNA (PACER) activates COX-2 gene expression by occluding repressive NF-&B complexes-来自中科院上海生命科学研究院、第二军医大学的研究人员在新研究中证实，人类结直肠癌特异性的CCAT1-L lncRNA调控了MYC基因位点的远程染色质相互作用。这一研究发现在线发表在3月25日的《细胞研究》（Cell Research）杂志上。在这篇文章中研究人员证实，在人类结直肠癌中MYC基因上游515 kb位点特异性地转录生成了一种长链非编码RNA：CCAT1-L。这一lncRNA在MYC的转录调控中起作用，促进了远程染色质环形成。研究人员发现，这一CCAT1-L基因座定位在一个强有力的超级增强子中，空间上接近MYC。抑制CCAT1-L可以下调MYC启动子与增强子之间的远程相互作用。此外，CCAT1-L还与CTCF相互作用，在这些染色质环区域调控了染色质的构象。Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin interactions at the MYC locus-从互作揭开lncRNA的秘密（上）近年来，长非编码RNA（lncRNA）得到了研究界的广泛关注。如今，人们已经鉴定了大量lncRNA，但大多数lncRNA的功能还未明确。为了解决这一问题，研究者们开始对lncRNA的互作蛋白进行研究，并为此开发出了越来越多的分析工具。-Long Noncoding RNAs Usher In a New Era in the Biology of Enhancers　　在9月12日的《细胞》（Cell）杂志上，Ulf Andersson &Orom和Ramin Shiekhattar以&Long Noncoding RNAs Usher In a New Era in the Biology of Enhancers&为题，综述了在了解LncRNAs表达作用，以及这些RNAs通过结合蛋白质因子及调节染色质结构参与增强子功能等方面取得的一些最新的进展。/newsf/.htm-Long noncoding RNAs associated with liver regeneration 1 accelerates hepatocyte proliferation during liver regeneration by activating Wnt/&-Catenin signaling　　来自第二军医大学的研究人员在新研究中证实，在肝再生过程中一种称之为lncRNA-LALR1（Long noncoding RNAs associated with liver regeneration 1）的长链非编码RNA通过激活Wnt/&-Catenin信号促进了肝细胞增殖。相关论文在线发表在7月1日的国际著名肝脏疾病杂志Hepatology（最新影响因子11.665）上。 -lncRNA：一个全新的世界
中文的材料。-Cell子刊：lncRNA参与胚胎发育调控在胚胎发育过程中，多能干细胞会分化形成许多不同的组织和器官。迄今为止，人们只知道这些过程受到组织特异性转录因子的调控。现在，柏林马普分子遗传学研究所的科学家们与麻省理工MIT、Broad研究所合作，发现非编码长RNA也参与了上述过程，文章发表在Cell旗下的Developmental Cell杂志上。 The Tissue-Specific lncRNA Fendrr Is an Essential Regulator of Heart and Body Wall Development in the Mouse.-北京大学最新学术论文介绍LncRNADisease来自北京大学的研究人员在世界上首次创建并发布了长非编码RNA疾病数据库（lncRNA and disease database, LncRNADisease），这一数据库收录了160多种和长非编码RNA有关的疾病，并集成了一个生物信息学工具用以预测新的人类长非编码RNA和疾病的关系。这一研究成果公布在Nucleic Acids Research杂志上。 LncRNADisease: a database for long-non-coding RNA-associated diseases-首个大型的癌症lncRNA表达谱分析　来自斯坦福大学医学院等机构的研究人员首次绘制了多个癌症的lncRNA表达谱，并鉴定出多个在不同癌症类型中差异表达的区域，它们有望成为重要的癌症标志物。该研究成果发表于8月28日的《Genome Biology》上。 Transcriptional profiling of lncRNAs and novel transcribed regions across a diverse panel of archived human cancersGenome Biology
doi: 10.1186/gb--r75-&（蛋白，多肽）近日，北京大学分子医学研究所李川昀课题组与何爱彬研究员合作，在国际著名遗传学杂志《PLOS Genetics》发表一项重要研究成果，这项研究提出了灵长类动物进化过程中祖先lncRNA产生功能性新生蛋白的一种机制。研究人员提出了灵长类动物进化过程中祖先lncRNA产生功能性新生蛋白的机制，通过利用已存在的基因组背景，这可能有助于形成人类特异性的新遗传结构(genetic novelties)。
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长链非编码RNA(lncRNA) 转自:.cn/s/blog_909dabkz.html
长链非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度超过200nt的RNA分子,它们并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控.转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平. lncRNA起初被 ...
转http://yixf.name//%E8%BD%ACencode30%E7%AF%87%E8%AE%BA%E6%96%87%E5%85%A8%E6%91%98%E8%A6%81-%E8%81%9A%E7%84%A6%E4%BA%BA%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%BB%84%E5%8A%9F%E8%83%BD%E7%A0% ...
在写代码的时候,发现Method可以调用子类的对象,但子类即使是改写了的Method,方法名一样,去调用父类的对象也会报错,虽然这是很符合多态的现象,也符合java的动态绑定规范,但还是想弄懂java是如何实现的,就学习了下Method的源代码.
Method的invoke方法
1.先检查 AccessibleObject的override属性是否为t ...
语音识别(SR)技术(或称&语音科技&)成为当今科技研究的最大&热点&(或&聚焦点&)是有客观原因的.为什么? 在国内搞科研,往往喜欢&赶潮流&,不问具备什么客观条件,喜欢&蛮干&.我们干事情要搞清楚周边的环境,看看情况再上路,不能& ...
我们在做asp.net的程序时,在根目录下肯定会有一个web.config的文件, 有点开发经验的可能都知道,它是配置程序的全局信息的地方, 当然了,也可以在这里做更多的事情,下面我们来研究一下 ,如何在一个配置文件里设置多种编码方式, 在项目第一次生成时,项目都会生成一个 web.config文件, web.config文件是一个xml文件,刚生成的web ...
当前的连接数: mysql& show status like '%Threads_connected%'; +-------------------+-------+ | Variable_name | Value | +-------------------+-------+ | Threads_connected | 27 | +-------- ...
1. 问题背景描述 在工作中需要在没有项目源码的情况下直接使用robotium测试目标android平台launcher,平台的版本基于当前最新的android 4.4.2.之前在验证可行性的时候使用本人同样使用android4.4.2的测试手机htc incredable s针对一个只有apk的notepad应用做过同样的验证,在测试手机上运行完全没有问题 ...
OSSIM的Session存储问题研究 1.多Web服务共享SESSION数据 最初我们在开发OSSIM时,为了让用户登录多个集成工具的Web界面,比如在OSSIM下有四个应用都是B/S架构: https://1.2.3.4/nagios https/1.2.3.4/ocs https://1.2.3.4/ntop https://1.2.3.4/openv ...