如何通过Ks值和中性突变率来计算物种分化的分化时间

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2017-02-20 03:14 标签： ks值
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怎样计算旁系同源基因的基因复制时间（产生时间）？
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这个帖子发布于4年零149天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
请教一个问题：怎么确定（或计算）一个旁系同源基因（或对）的duplication time？就是什么时候发生的基因复制产生了旁系同源基因？目前对于duplication time能精确到什么程度？物种？年代？用什么方法？生物信息学？还是有什么数据库？
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可以利用计算Ks值来计算，Ks是指synonymous substitution rates，假设基因A和B的的Ks值为0.16，假定该物种的mutation rate为8*10 E-9，那么其分化年代大概就是0.16/2/(8*10 E-9)=10 E7 也就是10百万年(10 MY)。
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zaiai 可以利用计算Ks值来计算，Ks是指synonymous substitution rates，假设基因A和B的的Ks值为0.16，假定该物种的mutation rate为8*10 E-9，那么其分化年代大概就是0.16/2/(8*10 E-9)=10 E7 也就是10百万年(10 MY)。“假定该物种的mutation rate为8*10 E-9”这个可假设吗？我的意思是：（1）该物种（还是该基因）的突变速率是恒定的吗？（2）可以计算获得吗？how？谢谢~~~
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这个突变速率在较大的时间尺度上可以认为是恒定的，你可以通过查找相关文献获得这个数据，If we assume the mutation rate (/base pair/year) in human, mouse, rice, Drosophila, and Arabidopsis is 0.56 ×10-9 (), 2.2×10-9 (), 6.5×10-9 (), 5.8×10-10 (; ) and 3.5×10-9 (; ),当然，假如你有数据的话，也可以自己计算；怎么计算不是三言两语的事情了，请自行查阅文献。
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zaiai 这个突变速率在较大的时间尺度上可以认为是恒定的，你可以通过查找相关文献获得这个数据，If we assume the mutation rate (/base pair/year) in human, mouse, rice, Drosophila, and Arabidopsis is 0.56 ×10-9 (), 2.2×10-9 (), 6.5×10-9 (), 5.8×10-10 (; ) and 3.5×10-9 (; ),当然，假如你有数据的话，也可以自己计算；怎么计算不是三言两语的事情了，请自行查阅文献。你好！你说的是“一个基因”的突变速率在较大的时间尺度上可以认为是恒定的吧？而不是这个“物种（内所有基因）”吧？然后就需要获取该物种基因组所有基因的“mutation rates”是吧？
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zaiai 这个突变速率在较大的时间尺度上可以认为是恒定的，你可以通过查找相关文献获得这个数据，If we assume the mutation rate (/base pair/year) in human, mouse, rice, Drosophila, and Arabidopsis is 0.56 ×10-9 (), 2.2×10-9 (), 6.5×10-9 (), 5.8×10-10 (; ) and 3.5×10-9 (; ),当然，假如你有数据的话，也可以自己计算；怎么计算不是三言两语的事情了，请自行查阅文献。你好！ 我找到你这句话的书了，但在书中找不到这句话和先关研究内容，能告诉我在哪一节哪一页吗？
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我给你的回复里面，列了很多文献啊。你要查找为什么突变速率大概可以认为是恒定的，可以参考杨子恒先生的 “Computational Molecular Evolution”， 相关讨论大概是60年代-70年代最多。
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有关进化学：中性突变就是随机基因突变吗?中性突变就是随机基因突变吗?只是中性突变不会影响物种生存和繁殖
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基因突变是进化的动力,这一点是经典达尔文进化理论和中性进化理论的共识.但是,对于突变所导致的结果,两者是有差异的,这种差异与相关理论所产生的历史阶段有关.达尔文进化理论传建于19世纪,但是的生物学家,准确地讲应该叫博物学家,是通过野外观察生物表型来研究和总结出达尔文进化论.通过观察发现,每一个生物表型的改变（可遗传）要么适应环境,种群得以延续和增长；要么被环境淘汰.当生物学进展到“双螺旋”时代,科学家木村通过检测不同物种的血红蛋白序列,发现序列的突变在不同物种间的差异与物种间地质年代差异之间有“线性关系”,最终得出了“中性进化”理论.也就是说,基因序列突变的累计最终导致物种的进化.从哲学角度来说,是“量变引起”质变.因此,基因序列的突变对物种的进化的贡献不在是两分关系,而是增加了一个"中性"的概念,也就是对物种的进化的贡献可以忽略（不考虑蝴蝶效应）.因此,随机突变与中性突变并不是一个概念,随机突变包含的内容更广（包括适应性突变等）,但两者又不是包含与被包含关系.关于第二问,需要指出的是目前的中性进化理论是基于蛋白质序列分析获得的.它的假设是蛋白质是基因功能的载体,对于物种的进化起到决定性作用.在这个假设前提下,中性突变不会影响物种种群的进化（繁殖）.另外,繁殖和生存最好分开,因为很多的基因导致疾病（影响生存）可能是在性成熟期后,这些基因通常不会影响繁殖,也就对进化的影响不是很大.目前很多导致人类的疾病的基因都可归属这个范畴.
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