smallrna 从前不知道永远是什么接头是什么怎么办

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2017-02-27 03:14 标签： 我不知道爱是什么
small RNA-Seq生物信息分析 -> 解决方案
smallRNA-Seq生物信息分析
基于高通量测序平台的microRNA测序技术突破了目前研究技术手段上的局限性，使研究人员能够直接对样本中指定的所有microRNA分子进行高通量测序，在无需任何序列信息的前提下研究microRNA的表达谱并在此基础上发现和鉴定新的microRNA分子，并提供了更加灵活和深入的研究分析方法。
SmallRNA预测不仅可以测得数据库中记载的miRNA的表达量，还可以通过颈环结构预测全新的miRNA，以完备miRNA的注释信息。同时分析时还可将非miRNA的序列比对到基因组上并统计它们的位置信息，以此总结不同样本中SmallRNA类型以及它们在基因组上的分布规律，为后续研究提供思路。
1. 标准信息分析
&& a)&&数据产出统计，对原始测序数据去接头，去低质量，去污染
&& b)& 18~30 nt small RNA&的长度分布
&&&c)& 样品间的公共序列和特异序列的分析
&& d)& Small RNA&在选定的参考基因组上的分布（只能选定一个参考基因组）
&& e)& Small RNA&与rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA的比对信息
&& f)&& Small RNA&与重复序列的比对信息（需提供选定参考基因组对应的重复序列注释信息）
&& g)& Small RNA&与&exon/intron&的比对信息(需提供选定参考基因组对应的基因注释信息)
&& h)& Small RNA&与&miRBase&中指定范围的已知的&miRNA&的比对
&& i)&& 按照优先级将&small RNA&进行分类注释
&& j)&& 利用Mireap&对没有注释的small RNA&进行预测，预测新的&miRNA，绘制新的miRNA&的二级结构图
&& k)&&已知miRNA&的表达量统计
&& l)&& 已知miRNA&的家族分析（需要提供参考物种拉丁文名称）
2. 高级信息分析
&& a)& 样品间miRNA&差异分析（2个或2个以上样品）和聚类分析（3个或3个以上样品）
&& b)& MiRNA&靶基因预测（需要提供基因编码序列）
&& c)& MiRNA靶基因GO注释和KEGG通路分析
&& d)& MiRNA&的碱基编辑分析（已知miRNA）
根据客户需求，协商确定分析内容
Small RNA测序结果分析
对于得到的实验数据，我们提供专业的数据分析服务，分析包括如下分析项目：
一、基因组定位
1.Reads数目统计及频率分布图，将Reads比对到参考基因、基因组。
2.Reads在所有已知的参考基因中的位置分布情况。
3.不同长度的所有已知的miRNA基因被Reads覆盖的情况。
二、基本分析
1、测序结果分类
将分为microRNA, piRNA, tRNA, snRNA, rRNA, snoRNA 等，最后绘制饼图分布。
2、计算已知 microRNA 的表达量
&对于处理-对照实验设计采用Audic Claverie test筛选两个样本间的差异表达microRNA。
3、MicroRNA的家族、基因座分类
有一些MicroRNA在基因组中成簇（cluster）分布。这些microRNA同步转录。由于转录后成熟过程的调节各异，因此成簇的microRNA成熟体的表达量略有不同。通过对成簇microRNA的分析，可以在cluster的水平考察microRNA的差异表达情况。
4、预测新的 microRNA 基因
我们根据solexa测序得到的未知序列信息，结合基因组提供的序列上下文信息，使用miRDeep预测solexa测序得到的未知序列中可能存在的novel microRNA。
5、进化分析
跨物种比较microRNA 序列的保守性及种子序列的保守性。对于一个物种预测出来的新的microRNA,结果示例(对号表示序列完全一致，灰度升高表示保守性依次降低)。
6、 microRNA 基因簇分析
将新预测的microRNA 在基因组上定位，并寻找可能同时转录的microRNA。
&三、探索性分析
1、microRNA 编辑
microRNA 可能发生部分位置碱基的编辑，导致种子序列改变，从而导致靶基因发生改变。如：5th T-&G。位于seed序列的中间，将直接导致靶基因发生变化。
2、Viral microRNAs
solexa 结果由于测出的序列较多，带有病毒来源的microRNA，可能与病毒感染或共生有关。
3、natural antisense miRNAs
microRNA 是stem-loop 结构。其反义链也是stem-loop 结构。同样也能形成microRNA，这是一类新的microRNA。
而在solexa测序结果中也能测到anti-sense的序列。因此生物体能存在自然反义microRNA,这是一种全新的microRNA种类。
4、Endogenous siRNA
由假基因或基因组重复序列生成。
5、Si-tRNA等
其他种类small-RNA 也正在慢慢的出现。我们也有一些新的证据表明还存在一些其他的small RNA。因此欢迎一起合作和开发。如：tRNA由三叶草型二级结构变为发卡环结构，结果也可以生成microRNA：
6、SNP 分析
包括前体及成熟体中SNP 的寻找，对靶基因影响等。限于人、小鼠等有SNP 数据的生物。如： human miR-146a*的G/C SNP
由于单独的microRNA solexa数据略显单薄，我们同时也提供microRNA solexa与表达谱solexa结合分析、microRNA solexa与蛋白质谱结合分析、microRNA solexa与专业文本挖掘的结合分析、microRNA solexa与microRNA靶基因和转录因子三组分网络的构建与分析等服务。

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