试述protparam tool的分析结果主要包括哪些内容

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2017-03-01 03:13 标签： paramprot
ExPASy - ProtParam tool
ProtParam tool
ProtParam ( / ) is a tool which allows
the computation of various physical and chemical parameters
for a given protein stored
a user entered
protein sequence. The computed parameters include the molecular weight, theoretical pI,
amino acid composition, atomic composition, extinction coefficient, estimated half-life, instability
index, aliphatic index and grand average of hydropathicity (GRAVY) ().
Please note that you may only fill out one of the following
fields at a time.
Enter a Swiss-Prot/TrEMBL accession number (AC) (for example P05130) or a
sequence identifier (ID) (for example KPC1_DROME):
Or you can paste your own amino acid sequence (in one-letter code)
in the box below:您所在位置： &
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菊分支NCED酶分子特征及进化分析.pdf 12页
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1------------------------------ 278
报 20 15 ，29 ( 2)
: 0278 ～ 0289
of Nuclear Agricultural
Sciences 文章编号 : ( 20 15) 02 -0278-12
菊分支 NCED 酶分子特征及进化分析
韦艳萍1 ，2
3 100 12 ; 2
2 10095 ; 3
浙 江省农 业 科学 院蔬菜研究 所
浙 江 杭州
南 京农 业 大学
上 海 华 维 节 水 灌 溉 有限 公司
环 氧 类 胡 萝 卜 素 双 加 氧 酶
基 因 家 族 进 化 特 性
本 文 利 用 生 物 信 息 学 方
对 菊分 支类群 已完成 测序 的植 物
基于全基因 组进行
基因家族 鉴定
并 对 其 蛋 白 序 列 特 征
保 守基 序
次 级 结 构 以及 系统 发 育 关 系进 行 分 析
结 果 表 明
505 ～ 652 aa
酶是 由小基因家族编码 的酶
蛋白质氨基 酸 大 小在
56. 23 ～ 7 1. 42
kDa ， SlNCED6
其余 各蛋白的 等 电点均表 现 为酸性
保 守基序 分析发 现 各 成 员
个保 守基序
蛋白结 构 分析 显 示
一 级 结 构氨基 酸序 列
正在加载中，请稍后...& 宁夏回族人群CYP2D6＊10基因多态性及功能分析
宁夏回族人群CYP2D6＊10基因多态性及功能分析
摘 要：目的探讨基因突变对人CYP2D6蛋白结构与功能的影响。方法采用等位基因特异扩增（ASA-PCR）及DNA测序技术分析宁夏回族人群CYP2D6＊10（C188T）基因多态性,以生物信息学方法对突变造成的
【题　名】宁夏回族人群CYP2D6＊10基因多态性及功能分析
【作　者】李居怡 王健 高鹏 杜娟 李宗吉
【机　构】宁夏医科大学基础医学院 银川750004 宁夏自治区人民医院
【刊　名】《江苏医药》2010年 第6期 640-642页　共3页
【关键词】CYP2D6＊10 生物信息学 回族
【文　摘】目的探讨基因突变对人CYP2D6蛋白结构与功能的影响。方法采用等位基因特异扩增（ASA-PCR）及DNA测序技术分析宁夏回族人群CYP2D6＊10（C188T）基因多态性,以生物信息学方法对突变造成的肝药酶活性的下降做出合理的解释。结果蛋白质基本性质分析工具（ProtParam）分析显示,在溶液中CYP2D6＊10突变型蛋白的不稳定指数高于野生型,都高于阈值40;二级结构预测软件（DNAStar/Protean）分析显示,突变型蛋白的二级结构在第33位多了一个转角（Gamier-RobsonTurn）;功能位点预测程序（MotifScan）对蛋白功能位点进行预测,结果显示CYP2D6＊10野生型蛋白有2个P450酶激活位点,而突变型没有;信号肽预测程序（SignalP）分析显示,神经网络模型（NN）C-score计算结果为突变型蛋白没有信号肽,而野生型有。结论基因突变可引起CYP2D6蛋白结构与功能的改变;应用生物信息学方法对CYP2D6基因突变致使的酶活性的下降做出一些可能的解释是可行的。
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CYP2D6＊10,生物信息学,回族
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