SMG9 SMG9, nonsense mediated mRNA decay factor [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI
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SMG9provided by
SMG9, nonsense mediated mRNA decay factorprovided by
Primary source
See related
protein coding
RefSeq status
E M C C V E M E E P H C H Homo
Also known as
HBMS; C19orf61; F17127_1
This gene encodes a regulatory subunit of the SMG1 complex, which plays a critical role in nonsense-mediated mRNA decay (NMD). Binding of the encoded protein to the SMG1 complex kinase scaffold protein results in the inhibition of its kinase activity. Mutations in this gene cause a multiple congenital anomaly syndrome in human patients, characterized by brain malformation, congenital heart disease and other features. [provided by RefSeq, Jul 2016]
Expression
Broad expression in testis (RPKM 13.7), lymph node (RPKM 6.7) and 24 other tissues
See SMG9 in
Annotation release
GRCh38.p7 ()
NC_ (754990, complement)
previous assembly
GRCh37.p13 ()
NC_ (259142, complement)
Chromosome 19 - NC_
Genomic Sequence:
NC_ Chromosome 19 Reference GRCh38.p7 Primary Assembly
NG_ RefSeqGene
NC_ Chromosome 19 Alternate CHM1_1.1
NC_ Chromosome 19 Reference GRCh37.p13 Primary Assembly
Go to nucleotide:
Illumina bodyMap2 transcriptome
RNA sequencing of total RNA from 20 human tissues
Tissue-specific circular RNA induction during human fetal development
HPA RNA-seq normal tissues
Project title: HPA RNA-seq normal tissues
Description: RNA-seq was performed of tissue samples from 95 human individuals representing 27 different tissues in order to determine tissue-specificity of all protein-coding genes
BioProject:
Publication:
Related articles in PubMed
GeneRIFs: Gene References Into Functions
Title: Mutations in SMG9, Encoding an Essential Component of Nonsense-Mediated Decay Machinery, Cause a Multiple Congenital Anomaly Syndrome in Humans and Mice.
Title: Role of a tyrosine phosphorylation of SMG-9 in binding of SMG-9 to IQGAP and the NMD complex.
not available
STS-R15751 (e-PCR)
STS-F09576 (e-PCR)
MARC_ (e-PCR)
RH46988 (e-PCR)
Inferred from Physical Interaction
Evidence Code
Inferred from Sequence or Structural Similarity
Inferred from Sequence or Structural Similarity
Inferred from Sequence or Structural Similarity
Inferred from Mutant Phenotype
Traceable Author Statement
Evidence Code
Traceable Author Statement
Inferred from Direct Assay
Preferred Names
protein SMG9
protein smg-9 homolog
These reference sequences exist independently of genome builds.
These reference sequences are curated independently of the genome
annotation cycle, so their versions may not match the RefSeq versions in the current
genome build. Identify version mismatches by comparing the version of the RefSeq in
this section to the one reported in
NG_ RefSeqGene
mRNA and Protein(s)
protein SMG9
Status: REVIEWED
Source sequence(s)
Consensus CDS
UniProtKB/Swiss-Prot
UniProtKB/TrEMBL
The following sections contain reference sequences that belong to a
specific genome build.
Reference GRCh38.p7 Primary Assembly
NC_ Reference GRCh38.p7 Primary Assembly
754990 complement
mRNA and Protein(s)
protein SMG9 isoform X1
protein SMG9 isoform X1
protein SMG9 isoform X1
protein SMG9 isoform X1
protein SMG9 isoform X1
protein SMG9 isoform X2
Alternate CHM1_1.1
NC_ Alternate CHM1_1.1
261246 complement
Protein Accession
GenPept Link
UniProtKB Link
The following
resources are supplied by external providers. These providers are responsible for maintaining the links.
Novus Biologicals
CREB Target Gene Database
Domain Mapping of Disease Mutations
Eukaryotic Promoter Database
GenScript latest version of gene cDNA ORF Clone
GeneNetwork
Genevisible
HuRef Browser
Human eFP Browser
Ingenuity Pathways Analysis
Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
Nuclear Receptor Signaling Atlas (NURSA)
OrthoDB: The Hierarchical Catalog of Orthologs
PANTHER Classification System
PhosphoSitePlus
Protein Ontology Consortium
SeekQuence Research Antibodies
The Weizmann Institute of Science GeneCards and MalaCards databases
iHOP - Information Hyperlinked over Proteins
iRefWeb - iRefIndex release 9.0 - Consolidated Interactome
Addgene Non-profit plasmid repository
ExactAntigen/Labome
GeneCopoeia Inc.
LifeSpan BioSciences, Inc.
NITE Biological Resource Center
PlasmID Repository at Harvard Medical School
antibodies-online
GeneWeaver
Supplemental Content
Order cDNA clone
BioAssays related to the gene by protein target or RNAi target
Summarized PubChem Data on the gene, showing the active data by default
PubChem BioAssays done on the Gene target
BioAssays that contain the gene as the target of a RNAi reagent
BioProjects related to a gene
BioSystems
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Link to related EST entry
Full text in PubMedCentral identified from shared sequence links
Overlapping genes and two nearest non-overlapping genes on either side
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Gene links to PubMed derived from omim_pubmed_cited links
Citations in PubMed identified from shared sequence and PMC links.
Link to Protein RefSeqs
Link to Nucleotide RefSeq RNAs
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