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你可能喜欢分子可视化软件之我见
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|个人分类:|系统分类:|关键词:可视化 VMD PYMOL 分子结构
做了几年的分子模拟，自学了一些分子可视化软件，不能说各个精通，但是比较之后有一点自己的认识。在网上逛的时候，特别是分子模拟论坛上很多初学者很纠结改学那个。其实任何一个想掌握的很精通都是不容易的，但是当你对每个软件有了一些认识以后，每个软件都差不多，不过就是达到一个目的所付出的工作量不同罢了。我把自己使用过的可视化软件简单介绍一下，希望对准备入手学习的童鞋一个参考。我主要考虑现在大家讨论比较多的pymol，vmd，chimera，rasmal和Jmol。我用的比较多的是pymol和vmd，我想经常使用可视化软件的人的选择都差不多。rosetta分子模拟博客上的一个对常用的可视化软件的投票，全世界的科学家最常使用的前三名软件是：PyMOL (37%)，VMD (19%)，Chimera (12%)。可见世界范围来讲，pymol确实是最受欢迎的，一个是因为它能非常容易的做出很炫的蛋白质图片，二个是它是python based。如果你对python比较熟悉，使用pymol会是你的不二选择，在pymol wiki中还有众多的由世界上的科学家们贡献的scripts，也大大方便了做图。相对于pymol, vmd最大的优势就是简单和灵活。如果你没有任何分子建模的经验，建议从vmd入手，至少可视化的操作和友好的界面不会打击你建模的耐心。想vmd中导入轨迹和显示不同的结构也是相当的方便，但是相对于pymol，vmd的一个致命伤是输出。虽然vmd的主页上有很多超炫的图，但是想要做到那样的图光靠技术就不行了，还必需要有点艺术细胞了。哈哈，还好vmd可以用provay渲染输出，可以弥补一下vmd的缺陷。如果你学过tcl，可能用vmd会更舒服一些，至少很多强大的可视化目标都可以在vmd的tcl console中实现。vmd里面也可以装一下轨迹分析的插件，特别是跟NAMD的衔接，使得很多童鞋会更倾向于VMD。再说说chimera，必须说明我用的不多。每次想到要快速而简单的加氢原子和优化模型的时候，我马上想到的就是chimera了，比起gromacs中的EM要快速了很多。chimera里面有实现预定好的图片模式，所以有时只需拖拖点点就可以得到一个不错的视觉效果。我周围做的分子对接和药物设计的人使用的较多。最后是rasmal和Jmol了。rasmal刚开始学模拟的时候用过，这个软件的优点就是简单，功能相对简单，操作也简单。我多用来快速观察分子的构想，比vmd和pymol可以节省大概20秒的等待时间，哈哈。Jmol多用在网络上显示分子模型的结构，想必大家都用过，RCSB PDB数据库就有View in Jmol的选项。最近在做一个关于无机物矿石的模拟，网上的一些矿石的数据库里面的结构都是用Jmol来显示的，所以也有用过。这个就技术上讲要容易许多。说了这么多，不是想告诉你应该用哪个，不应该用哪个。关键看自己的课题和目的，一般初学建议VMD，报告和文章用图用PYMOL，基本上就满足需要了。但是想把二个都学的很精通，就不是那么容易了。网上牛人巨多，希望大家能相互学习！！中科院数据处理与统计
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发现最近越来越多的外国网站被墙了，对于翻墙来说倒是小菜一碟，但是我们要科学上网，翻墙只是为了获取更多的新知识，一定不要通过翻墙去做一些非法事情，所以今天把用过所有的翻墙浏览器以及各种翻墙相关软件全部给大家分享出来，完美解决Google、Facebook、Youtube及Twitter等上网的翻墙问题！下面都是经过备案的翻墙软件，相对其它翻墙的软件很安全，可以放心使用。（推荐阅读：）
首推一款长期稳定可用的翻墙加速器，用了很多翻墙相关软件，目前这一个从稳定上、速度上、安全上及兼容上，整体体验最好的一种翻墙方法，所以可以放心使用。
电脑翻墙下载：
安卓翻墙下载：
苹果翻墙注册：
只所以推荐这个，是因为公司使用有半年多，测试速度很快，完全可以秒开，现在分享给有需要的人，PC电脑翻墙、安卓手机翻墙、苹果手机翻墙速度都很好，以上是下载地址，刚注册可以免费使用一段时间。
一、翻墙相关软件推荐
最近很多不合规的免费翻墙方法和资质不够的翻墙相关软件都已经被叫停，可以继续使用的已经不多，而且可以长期稳定使用的也就这几个啦，所以请翻墙者珍惜，尤其像我们这类做外贸生意的。
二、翻墙浏览器插件
插件平台：百度浏览器、QQ浏览器、谷歌Chrome、猎豹浏览器、360浏览器等webkit核心的浏览器。对于翻墙浏览器插件，在上面已经介绍了2款，可以直接去注册使用。
三、修改hosts文件 翻墙
主要是通过hosts文件，可以直接访问网站ip，跳过DNS成功访问国外网站。（具体修改方法：）
对于这种方法，会有无法完全访问国外网站，比如YouTube可以访问但无法看视频，并且具有一定时效性，如果网络不好也会非常的卡，如果单纯研究技术可以尝试。
四、Myentunnel+火狐浏览器设置代理
如果我们有一台自己的服务器，我们就可以利用Myentunnel代理自己的服务器，在火狐浏览器安装插件就可以利用自己的服务器代理上网了。
准备工具：下载Myentunnel软件、安装火狐浏览器、服务器的账号端口
a.在火狐浏览器中添加附件组件（搜索翻墙，如下图所示插件）
b.打开Myentunnel按照提示登录自己的服务器
c.在火狐浏览器中启用安装的翻墙插件，选择全局或自动模式，OK，代理成功。
五、翻墙浏览器（只适用于未被墙的国外网站加速，被墙网站还是无法访问）
使用过百度浏览器的朋友一定知道百度浏览器有海外网站加速的功能，访问国外网站可以自动加速哦。
注意：百度浏览器只有百度浏览器6.5标准版才会自动启动海外高速通道，其他版本的百度浏览器是没有这个效果的，但是注意被墙网站还是无法访问哦，无法访问的网站还是推荐使用VPN翻墙，百度加速器海外加速功能只适用于未被墙的国外网站加速！
百度浏览器6.5标准版：/s/1kU95iej
开心一刻：翻墙这点事：现在和小时候的区别
1.小时候翻墙靠的是硬件，现在翻墙靠的是软件; 2.和小时候相比，现在的翻墙更麻烦，更累; 3.小时候翻的是快乐，现在翻的是寂寞; 4.小时候翻墙是体力活，现在翻墙是脑力活; 5.小时候一翻就过去了，现在翻的很慢; 6.小时候翻过去发现世界很精彩，现在翻过去发现世界很无奈; 7.小时候翻过去是各种快乐，现在翻过去是各种纠结; 8.小时候翻的是高度，如今翻的是速度; 9.小时候翻墙大部分是集体活动，现在翻墙基本是单兵作战; 10.小时候翻墙用木头制作梯子，现在翻墙用代码制作梯子; 11.小时候翻墙一种姿势就翻出去了，现在翻墙得经常变换姿势; 12.小时候翻墙理亏心虚，现在翻墙心安理得; 13.小时候翻墙是为了了解墙外的世界，现在翻墙是为了了解墙内的世界; 14.小时候以为翻翻就完事，现在才发现要&活到老，翻到老&。@刘兴亮
翻墙上网属于违法行为吗?
翻墙上国外的网站属于违法行为吗?只是个人看不传播而且一般都是只看youtube的属于违法行为吗?
孟翔律师：
刑法上对翻墙没有明文规定，也即不会触犯刑事法律。但是如果你利用翻墙上外国网站从事违法犯罪活动，则可能触犯刑法的，有可能负刑事责任
王利平律师：
翻墙属于是违法行为的，不是犯罪行为的
朱艳辉律师：
如果你利用翻墙上外国网站从事违法犯罪活动，则可能触犯刑法的，有可能负刑事责任
翻墙法律咨询来自：/ask/question_3674794.html
，Windows Azure紧急提示: 关于自查整改&翻墙&行为的通知
尊敬的客户，根据电信法律法规的规定，以及工信部与国家相关网络监管部门的要求，任何公司或个人不能为非法&翻墙& 代理网站提供托管服务，或者非法挂载任何可以连通国外网络的VPN服务。近期，监管部门已发现有几家Windows Azure客户违反相关&规定，要求我们立即关闭其部署。
我们随时会收到来自监管部门的通知，要求关闭此类网站或部署。为避免不必要的风险与损失，我们建议您立即进行自查整改。如您有涉及以上违法违规行为，请立即停止，否则将承担违规行为所造成的一切后果。
williamlong微评：根据我的理解，翻墙有合法&翻墙&和非法&翻墙& 之分，人民日报的编辑们访问Facebook和Twitter就是合法&翻墙&，普通网民访问Facebook和Twitter就算非法&翻墙& 。
作者：williamlong 来源：/blog/archives/2490.html
&翻墙&是网络术语，即在网上进入了本应限制国内人浏览的国外的网站或网页，法律上目前没有这方面的限制。就公民个体来说，法无禁止即可为，因此，翻墙谈不上违法。但如果通过翻墙发布传播了违反宪法和法律、行政法规的内容，就涉嫌违法甚至犯罪。
提醒：科学上网学习知识才是目的，上面所分享和分析的目前可以用的翻墙软件、翻墙vpn、翻墙浏览器，都是长期安全、稳定、极速的，所以请认真对待和使用这些翻墙方法，由于翻墙后的网络不受网络监控和限制，所以请勿使用翻墙支付和操作财务，防止账号被盗。
上面的几款翻墙软件经过使用测试，是目前比较稳定、安全的，相信已经可以满足每一个有翻墙需求的人，重点是要多测试试用，找到适合自己的翻墙软件才是最好的。
翻墙的软件，因为收费所以操作是最简单的，几乎下载软件后点击连接，就可以打开国外任何网站了，如果既想免费，又想稳定，那得自己找翻墙VPN了，但下面的翻墙设置方法还是对我们很有用的，可供翻墙参考。
关于电脑、苹果手机、安装手机的VPN设计方法
Windows&7VPN的设置方法
拿到上面的免费VPN后，你肯定不知道如何设置让你的电脑进行翻墙，那么下面我们来说说windows7的设置方法，当然Windows8和Windows10设置雷同，往下面看还有苹果电脑的设置方法，本博客同样也有手机翻墙的设置方法。
1、打开Windows&7系统控制面板（默认控制面板是以&分类&显示的，可点右上角以&图标&方式显示），选择&网络和共享中心&，点击&创建新的连接或网络&。
2、选择&连接到工作区&。
3、选择&使用我的Internet连接&。
4、填写VPN线路地址和连接名称，其它一般不用设置。（就是上面免费获取的地址）
5、填写VPN用户名和密码，然后点击&连接&即可。（上面免费获取）
6、到此，连接设置就完成了。以后如果需要使用的话，双击创建的这个连接就可以了。
7、VPN创建后默认是&自动&连接方式，默认是自动连接成功翻墙，如果你有两个网络需要连接，也可以点击右键断开手动连接。
苹果电脑Mac&OS翻墙设置方法
1、任务栏苹果图标里点击&系统偏好设置&。
2、在设置选项里点击&网络&。
3、点击线路列表下面的&+&号键添加一个网络连接，下图所示：
4、设置添加网络类型：接口选中VPN，VPN类型可以选择&PPTP&或&IPSec上的L2TP&，服务器名称可以随意填写一个，然后点击&创建&。
5、设置VPN网络连接参数（PPTP），分别如下：配置选择&默认&，服务器地址填写VPN线路地址，&点击获取服务器IP地址&帐号名称填写VPN帐号名，加密选择默认的&自动&（根据服务商线路设置而定，一般选择自动即可），点击&鉴定设置&里输入VPN帐号密码。
6、设置VPN网络连接参数（L2TP），分别如下：配置选择&默认&，服务器地址填写VPN线路地址，帐号名称填写VPN帐号名，点击&鉴定设置&，在弹出窗口中输入VPN帐号密码和L2TP共享密钥
7、在上面设置界面右下角点击&高级&按钮，弹出高级选项设置，勾选&通过VPN发送所有流量&选项，不然连接上是不起作用的哦。
8、完成以上设置后，点击连接即可使用，如下图这样就连接成功了。
对于翻墙，国内是不支持的，但对于我们做外贸的又不得不使用一些国外网站（比如：Google），所以才会使用一些翻墙软件、翻墙VPN、翻墙浏览器插件，自然也就了解哪些比较稳定好用，这里只做参考和学习，不要进行金钱转账和违规传播信息等不安全操作。
关于翻墙问题，网友评论：
1、问：你是为了上哪些网站而翻墙的?评：normansu&翻墙就是为了推广自己的产品到国外&;管书&Google搜索，用的人都知道。&;赵雷&工人物语ol 欧洲版0.0&;海南古天乐&YouTube看视频&;匿名用户&主要是中文维基百科，我是学翻译的，百科基础这一块，光靠百度，呵呵&&其他就是用google搜搜一些英文句型看看老外到底怎么用的&。
2、问：从不会翻墙到养成翻墙的习惯会对一个人产生多大的改变?评：露人&大概以后不走门了吧&; alienchans&四肢健壮许多 门都懒得走了&;迷途小书童&直接后果是百度只拿来看小说&。
3、问：国内不翻墙可以用的国外网盘有哪些?要稳定不会被墙的。评：dwx123&netload貌似能用&;赵遇見&dropbox可以用的，同步的感受也不错&;Lux Feri&即使现在能用，将来你也不知道什么时候就不能用了。在国内永远放弃吧，硬盘最靠谱&;高依依&没有&。
作者：翻墙，来自：翻墙方法
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