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转录组测序研究分胁迫水稻对褐飞虱Nilaparvata lugens (Stål)基因表达的影响.pdf 84页
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转录组测序研究分胁迫水稻对褐飞虱Nilaparvata lugens (Stål)基因表达的影响.pdf
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TranscriptomeandExpressionProfiling
StudiesontheBrownPlanthopper
Nilaparvatalugens(St?l)inResponseto
WaterStressRice
ADissertationSubmittedto
ChinaJiliangUniversity
Inpartialfulfillmentoftherequirement
Forthedegreeof
MasterofScience
ChinaJiliangUniversity
September,2014
中图分类号 Q968
学校代码 10356
硕士学位论文
MASTERDISSERTATION
转录组测序研究水分胁迫水稻对褐飞虱
Nilaparvatalugens(St?l)基因表达的影响
TranscriptomeandExpressionProfiling
StudiesontheBrownPlanthopper
Nilaparvatalugens(St?l)inResponseto
WaterStressRice
中国计量学院
学科专业 生物化学与分子生物学 研究方向 外来生物入侵与控制
二〇一四年九月
本研究承蒙
国家科技部重点基础研究计划(973)
(项目编号：)
浙江省重点科技创新团队项目
(项目编号：)资助
ThePresentResearchWasSupporte bythe
NationalBasicResearchan DevelopmentProgram
ofChina(973Program)
Scientifican TechnologicalInnov
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“基因组与转录组高通量测序应用最新技术与数据分析”高级实操班培训
各有关单位:随着新一代高通量测序技术的快速发展，在准确度大大提高的前提下, 进一步降低测序成本。由此不断产生出巨量的分子生物学数据，这些数据有着数量巨大、关系复杂的特点，以至于不利用计算机根本无法实现数据的存储和分析。随着生物信息学作为新兴学科迅速蓬勃发展，正在改变人们研究生物医学的传统方式，高通量测序技术以及数据分析技术已成为探索生物学底层机制和研究人类复杂疾病诊断、治疗及预后的重要工具，广泛应用于生命科学各个领域，是21世纪生命科学与生物技术的重要战略前沿和主要突破口。为进一步推动我国生物信息学特别是基因组学的发展，提高从业人员的技术水平，更好地促进专家学者们在研究中的分享和交流，应广大行业工作者的要求，中国生物工程学会和中国科学院微生物研究所网络信息中心联合举办“生物信息学暨基因组与转录组高通量测序应用最新技术与数据分析”高级培训班，并由北京中科润开生物科技有限公司具体承办，具体事宜通知如下：
一、培训目标及特点：本培训以第三代测序、第四代测序技术的应用与数据分析、基因组、转录组为主题，精心设计了具有前沿性、实用性和针对性强的理论课程和上机实操课程。培训邀请的主讲人均是有理论和实际研究经验的人员，学员通过与专家直接交流能够分享到这些顶尖学术机构的研究经验和实验设计思路。学员通过集中专题学习后能够扩展思路，在研究技术方面领悟更多。二、培训对象：大中专院校生物信息、生物计算、生命科学、医学、化学、农学、计算机科学、数学类专业的课程负责人、一线教师、教研室骨干人员、教学管理人员；科研单位从事生物、生命科学、微生物研究的相关人员；生物、医药、化学及相关企业的领导与技术骨干。三、时间地点：
2017年5月19日——5月23日
贵州医科大学
（时间安排：第1天报到，授课4天）四、培训内容1、全局比对
Clustalw,Muscle,Hmmer2、局部比对
Sim4,Genewise3、序列比对算法分析
1、新一代测序技术原理和数据处理介绍2、基因组拼接与组装基因组de novo组装方法重复序列分析技术3、 RNA分析
tRNA,rRNA,microRNA,snoRNARNA干扰，SiRNA预测技术
4、基因预测
原核：Glimmer，真核：Genescan,
5、 基因功能注释及常用的数据库介绍基因组学研究概述 1、structural genomics: 结构基因组学2、functional genomics: 功能基因组学3、Drug discovery: 药物研发4、Personalized medicine：个性化、精细医疗 DNA测序技术-转录组分析的进化1、第一代测序技术：Sanger测序原理2、第二代测序技术：Illumina，454, Ion
Torrent原理3、第三代测序技术：PacBio, Hellicos原理4、第四代测序技术:
NanoPore原理5、其他技术Hybridization based methods (NabSys)Experimental
procedure for transcriptomic analysisIntroductionNumber of duplicationsSequencing coverageTranscriptomic analysis using NGS (RNA-Seq)Transcriptomic analysis using PacBio (Iso-Seq)IsoSeq Experimental designData analysis
（part 1）：data pre-processing evaluation of data quality 数据分析Data format，fasta，fastq，quality value，gff3 Data cleanupQuality filter, trimmer, clipper Data analysis （part 2）：reference
free analyses（无参转录组分析）Gene discovery Trinity de novo transcriptome assembly Analysis of Differential Expressed Gene （DEGs）Abundance estimation using RSEMDifferential expression analysis using EdgeRExplore the results (cummerbund)MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate (FDR)hierarchical two-way clustering, pairwise
sample-distance, gene expression profiles. 使用R语言进行生物信息学相关的分析使用R语言相关的包对转录组等组学的高通量测序数据进行差异表达、富集分析等。生物信息学专业图KEGG、GO等的绘制方法与运用R语言进行实现基因组可视化软件circos的使用 使用circos绘制基因组圈图生物信息学专业常用工具及绘图方法应用生物信息常用的工具进行专业绘图及格式转换；学BioEdit、WeGO等常用生物学专业软件的图表及格式转换五、主讲专家：主讲专家来自中科院等科研机构的高级专家，拥有丰富的科研及工程技术经验，长期从事生物信息领域项目研究，具有资深的技术底蕴和专业背景。六、颁发证书：
学员经培训考试合格后可以获得：
由中国生物工程学会颁发的《生物信息工程师》水平认证培训证书
注：请学员带两寸彩照2张（背面注明姓名）、身份证复印件一张 七、报名办法及费用：
每人￥4500元（含报名费、培训费、资料费、考试费、证书费），住宿可统一安排，费用自理。请各有关部门统一组织本地区行政、企事业单位报名参加培训，各单位也可直接报名参加，报名回执表请传真至会务处。 八、联系方式：
联系电话：010-
报名邮箱：
监督电话：010-2
中国生物工程学会会
北京中科润开生物科技有限公司
二零一七年四月二十日
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&&请教，转录组测序与基因组测序结果分析
请教，转录组测序与基因组测序结果分析
实验室测了一种真菌的转录组跟基因组。通过转录组的差异表达，老板给了我一个基因克隆，已经克隆到了。
现在老板叫我把这个基因跟基因组测序结果结合分析一下它的基因结构（好像就是想从基因组数据中得到这个基因的全长），请教大神该如何下手？详细一点，谢谢！
PS：我把转录组测出来的序列本地blast了基因组一下，比出了结果，完全一致。是不是说明没有内含子？
看是不是ORF我不太会，可以详细说一下嘛？我试过ORF Finder，不过结果看不太懂，
http://web.expasy.org/translate/& &把你的基因输到这个网站里，看看有没有起始密码（M）和终止密码（stop）,
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基因转录组的测定及分析
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转录组测序的作用,全基因组未测序的木本植物做转录组测序在功能基因研究上有什么作用?
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测序都是先把序列打成小片段再进行拼接的,拼接过程是需要知道基因组或者EST序列信息的,否则就只能用近源物种的基因组来进行比对了.功能基因的研究也只是利用生物信息学软件来进行一个功能性的预测.感觉这些东西总结起来就三个字：不靠谱.但生物就是这样,只能是各种假设各种猜想
如果将基因组拿去全测序，有参考后，做转录组测序的话，效果要好一点，对吧
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