染色体高通量测序分析染色体检查结果seq[GRCh37] (1-22)*2,(xn)*1

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2018-08-27 02:34 标签： 染色体高通量测序分析

版权声明：本文为博主原创文章，未经博主允许不得转载。 /qq_/article/details/

carcinoma》的流程，学会利用NCBI和EBI数据库下载数据，熟悉Linux下的基本操作，并使用R语言画图，用Python或者shell写脚本进行基本的数据处理，通过FastQC、Bowtie、Macs、samtools、ROSE等软件进行数据处理，并对预测结果进行分析讨论。

2）进入EBI，获取ascp下载地址

3）使用aspera下载并解压

-o . 将结果输出到当前目录

-t 5 表示开5个线程运行

（要分别对四个fastq文件执行四次）

4.2 下载人类参考基因组

文献说序列比对到了人类参考基因组GRCh37/hg19上

bowtie官网上面有人类参考基因组hg19已经建好索引的文件

至刘小乐实验室网站下载

解压后，切换到文件夹目录，执行

直接点击打开igv.jar或者对bat文件以管理员身份运行

首先，载入hg19基因组；接着载入两个normalised后的bw文件即可

Chip-Seq数据下载并解压结果

图表 11人类参考基因组HG19索引

Peaks.xls从左至右依次是：峰所在的染色体名称，峰的起始位置，峰的结束为止，峰的长度，峰的高度，贴上的reads标签个数，pvalue(表示置信度)，峰的富集程度，FDR假阳性率(越小则峰越好)

calling。第一次以实验组（Treatment）为实验组，对照组为对照组，第二次颠倒，以实验组为对照组，对照组为实验组。这个相当于颠倒过后计算出来的文件

Peaks.bed文件相当于Peaks.xls的简化版，从左至右依次是：峰所在的染色体名称，峰的起始位置，峰的结束为止，峰的MACS名称，pvalue(表示置信度)

summits.bed是峰顶文件，从左至右依次是：峰所在的染色体名称，峰顶的位置，峰的MACS名称，峰的高度

MACS_wiggle文件夹下面分为control文件夹和treat文件夹，里面分别存了control组和treat组每隔50bp，贴上的reads数目。第一列为染色体上的位置；第二列为从第一列对应的位置开始，延伸50bp，总共贴上的标签(reads)个数。

model.r文件可以使用R运行，绘制双峰模型的图片PDF

6.1 数据预处理结果

Samtools将sam文件转化为bam文件，并且排序，再建立索引

Content出现警告更可能是由于测序方法本身存在的固有误差。

由图表 10 Mapping整体结果可以看出，四个fastq文件Mapping整体覆盖率都在90%以上，从另一方面说明数据质量很好

由IGV可视化图可以看出，峰的高度和位置基本和文献相同。

再用R程序根据ROSE程序结果，绘制和文献相同的图片，与文献的图片进行比较，可以看出来，基因的分布是相似的，就是具体位置和文献不是很一样。

在MACS结果中，有些很窄的峰高度明显比文献要低，这可能是因为bowtie时候，设置的参数使得多条reads比对上仅输出一次，使得峰高度减小。

在ROSE结果中，MIR205HG没有标注出来，而文献中有此基因，经过检查，在相似位置ROSE程序有找到MIR205基因，这可能是基因注释文件和文献不同导致的。

背景与目的听力下降即耳聋,是临床最常见的感觉缺陷性疾病之一,也是影响人类生活质量和导致终生残疾的最主要问题之一。目前世界范围内有2.78亿人患有不同程度的听力下降,我国耳聋患者近3000万人,居各类残疾之首。每1000名新生儿中就有1~3人患有听力下降,且有相同数量的儿童在生长发育过程中发展为耳聋。如此庞大的耳聋群体,严重影响患者的认知、交流能力,给个人、家庭、社会造成巨大负担。耳聋的致病因素很多,大致可分为环境因素与遗传因素两大类。耳聋患者中有60%以上为遗传因素所致的先天性感音神经性聋,而余下40%可能为环境因素所致。根据患者是否伴有耳外组织器官的发育异常或功能障碍分为综合征型耳聋(syndromic

基因测序技术快速发展,经历了三次重大变革,正在向高精度、长读长、低成本、便携式方向发展。1977年,美国生物化学家W.Gilbert发明的化学降解法和英国生物化学家F.Sanger提出的双脱氧链终止测序法标志着第一代测序技术的开端。2005年以后,出现了以Roche公司的454技术、Illumina公司的Solexa技术和ABI公司的Solid技术为代表的第二代测序技术,基于边合成/连接边测序的核心思想,与第一代测序技术相比增加了通量,标志着正式进入高通量测序时代。2008年以来,以美国HelicosBio Sciences公司的真正单分子测序技术(t SMS)、美国PacificBiosciences公司的单分子实时测序技术(SMRT)和英国OxfordNanopore Technologies公司的纳米孔单分子技术为代表的第三代测序技术应运而生,省略了PCR扩增环节,且测序读长长,有效解决了第二代测序技术读长短和系统偏向性的...  (本文共7页)

Franch.)是菊科大丁草属的多年复生草本植物,因古人用其叶背面的绒毛作为助燃材料,故又名“火草”。火石花主要产地在云南省和四川省南部,越南北部也有分布。火石花叶片背面覆有白色毡毛纤维,这层白色毡毛可以撕下捻线,带有一定的韧性,是我国西南少数民族手工制作火草服饰的原料。火草衣轻便耐磨,兼具保暖性和透气性,至今,火草纺织技艺已有500多年的历史,现已被列为云南省和四川省非物质文化遗产。采用Illumina

伴随着第二代测序技术的升级,人全基因组测序已经成为遗传分析领域、医疗健康领域和群体进化领域的重要研究方法。目前人全基因组测序主要是在Illumina的HiSeq X Ten平台上进行,但随着国产二代测序技术的逐步发展,华大基因公司成功推出了BGISEQ-500测序仪,凭借其每G低至40元的测序服务,会有更多人全基因组测序研究会在BGISEQ-500测序平台上进行。本研究采用瓶中基因组联盟(Genome in a Bottle)提供的DNA标准品NA12878重复构建文库并分别进行BGISEQ-500测序以评估建库的稳定性;采用相同文库在不同的BGISEQ-500测序仪器上进行测序以评估测序的稳定性;比较标准品NA12878在BGISEQ-500测序平台的测序数据和HiSeq X Ten测序平台的测序数据,具体比较内容为选取约30X覆盖度的测序数据进行测序质量、SNP和InDel的比较分析;基于低覆盖深度的人全基因组重测序研究需求...  (本文共66页)  |

我在1955年完成胰岛素顺序研究工作后,几乎有几年没有取得什么大的成就。我想,在许多人的研究生涯中都会出现类似的情况,它使人沮丧,有时甚至会使理想破灭。我发现,这时最好的矫正方法就是始终向前看。当一个实验完全失败时,最好不要花太多时间去烦悯,而应该继续设计并开始筹备下一个实验。这样,你总是充满信心,富有朝气,不久就会忘记烦恼了。但这种态度有个缺点,就是使写这类文章变得很困难,因为若你总是想着将来,就会忘掉过去发生的事情。 胰岛素工作接近尾声时,人们常问我下一步准备做什么。我的回答通常是:知道结构仅是开始,下一步要发现它的含义及功能。我总是不善于预测未来,特别是我自己的研究计划。虽然我曾尝试着做些计划中的工作,但我的兴趣却开始转向其它方面,这可能是因为顺序分析的弃好已经抓住了我的心。 在这叙收年,有几件事值得一提,虽没有可发表的结果,但它们对以后我在核酸方面的研究工作有很大影响.第一件事是1954年,克里斯·安芬森(C ....  (本文共7页)

目的:肺癌已成为全球癌症死亡的首要原因,全球每年新发病例150万,严重威胁人类健康。其中,非小细胞肺癌占肺癌的80%-85%。然而,多数患者确诊时已处于肺癌晚期,失去了手术治疗的机会。随着精准医疗的提出,肿瘤个体化治疗,即靶向用药在肿瘤治疗中起到相当重要的作用。为了给临床医生在肺癌靶向治疗过程中提供建议,本研究拟建立了基于Ion Torrent PGM平台肺癌用药基因检测的方法。方法:结合COSMIC、NCBI、Ensemble数据库、肿瘤个体化治疗检测技术指南、查阅相关文献,选取基因EGFR的18、19、20、21号外显子,BRAF基因的11、15号外显子,KRAS基因的2、3、4号外显子作为肺癌用药基因检测研究的目的区域。首先针对9条目的序列进行特异引物,即首尾扩增引物的设计,引物设计合成后进行验证。其次,根据Life的Fusion

我要回帖

更多关于 染色体高通量测序分析 的文章

 

随机推荐