细胞基因组dna提取可以扩增3utr吗

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2016-08-23 05:16 标签： 单细胞全基因组扩增
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如何提取基因组中的3·UTR信息
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这个帖子发布于3年零72天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
打算找油菜的3·UTR数据信息，但网络上没找到关于其的数据库，就找到基因组序列，还有就是其gff格式文件，各位知不知道该用什么方法找出其3·UTR啊，或者有什么数据库是我没找到的。
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lliucherry edited on
下载genbank的refseq序列，其中有完整的mRNA序列，并标注CDS的起点和终点，即CDS起点以前的序列为5'UTR序列，CDS终点以后的序列为3'UTR序列
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jamieye 下载genbank的refseq序列，其中有完整的mRNA序列，并标注CDS的起点和终点，即CDS起点以前的序列为5'UTR序列，CDS终点以后的序列为3'UTR序列jamieye战友，谢谢回复！我知道你的意思，但是我不是只提取一两条3·UTR序列，而是整个基因组的，就是在基因组层面来提取序列。
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用bioperl可以下载NCBI中的任意物种基因组的genbank序列，但需要稳定的网络，如果仅仅是希望得到3'UTR序列，你可以到UTRdb，直接下载，就更快了。
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jamieye 用bioperl可以下载NCBI中的任意物种基因组的genbank序列，但需要稳定的网络，如果仅仅是希望得到3'UTR序列，你可以到UTRdb，直接下载，就更快了。UTRdb里面物种有限，我要找的油菜就没有。请问用bioperl怎么下载啊？
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安装bioperl以后
直接看Retrieving multiple sequences from a database一节
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看看，慢慢学，不急躁
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楼主 我想获得小菜蛾的mRNA3'UTR序列
请教你的这个问题是怎么解决的啊
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关于丁香园【图文】3.基因和基因组_百度文库
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3.基因和基因组
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你可能喜欢已经得到了DNA的全长,想得到CDNA的全长,可以用扩增DNA时的引物来扩CDNA吗
这个你就要看你设计的DNA引物是结合在哪个部位了.如果你的DNA引物是设计在非编码mRNA的区域的,那么根本就扩不出来.如果你的DNA引物也是根据mRNA设计的,那么还能用.一般随机引物反转录能得到的片段为1kb左右,olig dT的话片段要长一些,根据反转录酶和条件不同而不同.如果你要扩增的cDNA片段大于1kb,最好还是重新设计引物进行分段扩增.
我是这样做的：全基因组测序得到基因DNA全长，用同源克隆的方法，找到与目的基因同源性高的全DNA序列，然后设计引物扩增目的基因。引物应该就在编码区吧？我扩了一下，得到一条比DNA还要长的一条亮带，其余的都是弱弱的带，这样能切胶回收吗？
既然能找到其他物种的同源序列，就应该能找到这个物种的mRNA序列，可以比对同源mRNA与你的DNA，大概确定你要扩增的mRNA结构。正向引物设计在5‘UTR的同源序列中，反向引物设计在3’UTR的同源序列.
扩增全长需要mRNA质量很好，如不能保证mRNA质量，可以用随机引物反转录，分段扩增，每段扩增序列小于1000bp。
测序后，得到部分全长cDNA序列。再根据测序结果设计引物，做5‘和3’RACE，对mRNA质量的要求更高。
mRNA一般不会扩增出比DNA更长的条带，需检查引物特异性，或mRNA中有DNA污染。可以先切胶回收测序看看。应该还是扩增了DNA序列。
最右面三个是反转录的CDNA，左边第二个是RNA。其他同源序列是别人给的，不是在NCBI上找到的，所以找不到同源物种的CDNA序列。这样可以直接扩增么？谢谢你的回答。。。。
你可以先往下做着试试。说不定就出来了。
最好找到同源的mRNA序列，至少可以大概知道内含子和外显子。一般基因的3‘UTR是不含内含子的，如果你得到的序列是刚好整个基因的序列，反向引物就可以用基因的3'后半段设计，当然最好多设计几个。正向引物因为不知道那些序列是外显子，必须要多设计几个。反正引物也便宜。最好把别人给的序列BLAST下，肯定能找到些信息的。
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5-3，可以稳定高效的纯化得到口腔拭子样本的基因组DNA。■ 单个拭子样本得率达到0、纯度高本试剂盒提供一种简单稳定的方法。■ 提取的基因组DNA片段大.5 μg。保存条件，满足后续实验的要求。试剂盒采用可以特异性结合DNA的离心吸附柱和独特的缓冲液系统。产品特点■ 采用硅胶膜原理、快速从口腔拭子中提取基因组DNA。使用本试剂盒得到的DNA可提供基因检测或者组织分型足够用的DNA，简单，在90分钟内分离纯化得到基因组DNA
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【求助】3’UTR引物设计
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这个帖子发布于3年零50天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
问题已解决悬赏丁当:2
1： 我最近要做3'UTR的荧光报告基因，需要扩增它的全长，我查到了它的序列，但不知道怎样设计它的引物，是直接把它的序列放在Primer 5软件里进行设计，还是要把它的CDS序列也放进去？它的后面是一串A尾，好设计引物么
还有设计出的引物怎样比对
谢谢了2：3'UTR突变体怎样构建
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直接用3'UTR序列我们专业提供双荧光素酶载体构建及检测，在这方面有很丰富的经验，价格也很便宜，只需1500元一个，有需要可以与我联系，qq
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yanmeina 1： 我最近要做3'UTR的荧光报告基因，需要扩增它的全长，我查到了它的序列，但不知道怎样设计它的引物，是直接把它的序列放在Primer 5软件里进行设计，还是要把它的CDS序列也放进去？它的后面是一串A尾，好设计引物么
还有设计出的引物怎样比对
谢谢了2：3'UTR突变体怎样构建我们可以帮忙构建报告基因载体，价格实惠，联系QQ
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看看吧，方法介绍
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个人认为最好把5‘UTR-CDS-3’UTR的序列放在一起考虑会更全面。最好在CDS的不同位置多设计几条正向引物，反向引物用Oligo(dT)应该就可以了。
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请问最后你的3’UTR的引物是怎么设计的？是把它的序列放在Primer 5软件里进行设计，还是要把它的CDS序列也放进去？这也是我现在遇到的问题，请解惑。
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直接把3'UTR序列放进Primer软件里设计就好了
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