【环球科学】【反素食吹】人是素食动物？ | 谣言粉碎机小组 | 果壳网 科技有意思
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我尊重素食者的权利但是别去宣传那罪该万死的伪科学！人是素食动物？时间: 11:39作者:王道还人的胃像猪肚而不像牛肚……
最近偶然接触某“生物科技”中心的宣传资料，发现其中的论点居然是：人是素食动物。撰稿人还举出了几个证据，例如人的胃酸，酸度比较接近牛羊，而与肉食哺乳动物差异较大云云。 这是错误的论证。 人是属于哺乳类、灵长类，更与大猿中的黑猩猩源自同一共祖。因此人的生物特性，与一般哺乳类，或一般灵长类，或某几种猿，各有相似之处。例如人、马、牛、羊、狮、虎、狼都是胎生，这是大家最熟悉的哺乳类特征。可是，在哺乳类中，只有一小群灵长类有彩色视觉，例如人、猕猴、猿——旧世界的猴与猿同出一源的证据。因此，以比较方法讨论人的生物本性，第一个要考虑的是进化系谱。随便举出一个生物性状（如食性），任意选取比较对象（如比较人、牛、羊、虎、豹的异同），几乎可以“证明”任何结论。 大猿中，黑猩猩的食性非常特殊，它们除了吃树叶、嫩枝、水果，还会摄取动物性蛋白，如白蚁。黑猩猩甚至会合作猎杀红疣猴（red colobus），而且在它们的社会生活中，肉是累积政治资本最重要的通货。这种食性是由祖先遗传的，还是自行进化出来的？ 这个问题的答案，是理解人类食性的一条线索。要是人与黑猩猩的共祖也吃肉，那么黑猩猩的食性很可能是遗传来的，于是我们便有理由推测人类的肉食习性也来自祖先。 但是人与黑猩猩的共祖大概在600万年前就灭绝了。关于它们的食性，我们没有多少证据可以推论，只好找黑猩猩的同胞物种巴诺布猿（bonobo）。 过去，学者以为巴诺布猿只不过是黑猩猩的亚种，因此日文汉字写成“倭黑猩猩”或“侏儒黑猩猩”。直到1929年，解剖学家才判断它们是独立的物种，才为它们另外取了个名字。但是，巴诺布猿的确与黑猩猩有极为密切的亲缘关系：根据DNA证据，这两种猿300万年前才分化。 可是巴诺布猿与黑猩猩的食性却不一样。巴诺布猿以嫩枝、树叶为主食，连水果都吃得不多。研究人员在田野中观察过一个例子：它们即使逮住了小猴子，也只把它们当玩偶玩耍。直到猴子给玩死了，它们也不会废物利用，大快朵颐，与黑猩猩完全不同。事实上，巴诺布猿能打猎、会打猎，但是很少打猎。学者推测，这是与巴诺布猿雄性之间缺乏合纵连横的需求有关。也就是说，食性不必然反映身体生理的潜力。 黑猩猩与巴诺布猿都会打猎，表示它们的身体都能消化、吸收动物性蛋白质，影响打猎动机的是社会条件，而不是生理与生态因素。这个发现提醒我们，饱受文明病之苦的现代人，解脱之道也许不是诉诸所谓的“身体天性”。人类学家研究西伯利亚养驯鹿维生的依文奇人，发现他们每天消耗的能量，几乎一半来自肉食，是美国人平均摄取量的2.5倍。可是依文奇人比美国人瘦20%，血液胆固醇浓度低30%。其中的关键在于，依文奇人每天的活动量较“文明人”大多了。 其实，人是不是“天性素食”，以常识更容易回答。大家都知道猪肚、牛肚长相不同，而人的胃像猪肚而不像牛肚。因为猪杂食，牛纯吃草。牛进化出复杂的胃，其中养了许多微生物，让植物纤维发酵、分解，因此对胃酸的依赖与猪不同。要是人的身体是为素食设计的，胃怎么会与牛肚相差那么大？（“从形态研究功能”是生物学最基本的方法，2 400年前亚里士多德就发明了。） “人天性素食”的说词反映的是高龄社会对健康问题的焦虑。19世纪末，即使美国人，平均寿命也不过40岁，而现在发达国家的平均寿命逼近80岁。在活到60岁已是常态的情况下，我们对于生命的期望都变了。过了50岁还想青春永驻似乎不再像追逐鬼火般的可笑、可怜。于是许多“专家”打出各种旗号贩卖抗衰老药方，“人天性素食”只是一套药方中的一个“论述”而已。 “银发族”创造了新商机。由于他们的政治、社经地位，针对老化的生物医学研究也获得了大量资助。可是生物医学能不能创造奇迹，抚慰高龄社会老化身体中的心灵，本身就是个问题。大众对生物医学赋予重任，出自错觉。因为现代生物医学最大的成就是控制住了传统的传染病。而传统传染病的特征是：病原单一、症状单一、疗法单一。老化身体的健康问题，却以多因、多变、个别差异大为特征。生物医学家面临的困难，大概以气象预测做类比最为传神。 难怪有人返璞归真，以“预防医学”为由头，力主“人是素食动物”。既然诉求的听众都上了年纪，这可是立于不败之地的论述。转载声明：本文来自环球科学（），转载请注明出处。
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求批这篇文章。。 我感觉还挺不错的，但是观点是倾向于赞成素食的，所以保险起见求批。。Ryde博士描述在食物不虞溃乏的期间，大多数生物仅以很少的几种食物为食。 例如狮子以斑马和野兽的肉为食。鸣鸟以蠕虫、蛴螬及浆果为食，牛，羊和马以各种草类为食，猩猩则主要以各类蔬果为食。 仅仅在食物溃乏的时代他们才会超越这样的食物范围。 然而人为了生长，.活动和繁衍后代天生该吃什么？ Boyd和Konner (1985)认为“从大约二千四百万到五百万年以前人们主要以水果为食。自四百五十万年以前我们的祖先开始摄食越来越多的肉。与其它灵长目相比，现代人大约由于知道使用工具切割和粉碎食物并进一步学会控制火的关系，食物的范围相对大的多。烹煮生肉以使其可口且易消化几乎无处不然，这显示学会用火之前的人们没有吃很多的肉食。烹煮使蛋白质变性，熔化脂肪，而且分解纤维组织。食肉动物吞下肉块，它们尖锐的牙齿象剪刀一样切开肉体以使其可以在胃中被消化。食草动物则用其较平的臼齿粉碎纤维质的植物细胞壁，它们口中的唾液淀粉酶(amylase)同时开始进行消化碳水化合物的过程。这种酶存在于牛、猪、兔和人类口中，但食肉动物却没有。与较高的灵长目的生物的比较人类牙齿的设计属杂食，但更类似于主要以水果和植物为食的灵长类牙齿。食肉动物的颌上下活动而食草动物和人的颌可以上下活动以撕扯也可以水平活动以粉碎，这显示我们更象食草动物。食肉动物肠的长度大约是躯干长度的三倍，在食草动物中它是十五倍，而在人类中它是十倍，再一次显示我们更接近食草动物。有研究显示大猩猩，黑猩猩和人类之间的DNA区别在百分之一以下，比不同种的马之间的差别还要少。大猩猩，黑猩猩和人类的消化道几乎是完全相同的。Ryde博士有一次谈及一个有趣的事例，他拿了一份大猩猩的消化道图样去请教一位消化道外科专家，问他这是属于男人还是属於女人。专家回答说“很难讲！”。当被告知图样既不是男人也不是女人时，他大为惊讶。这些高等灵长目，大猩猩和黑猩猩，被认为是食草动物和偶尔的食肉动物。他们主要以水果蔬菜为食，但如果就在眼前或者猩猩们十分饥饿也吃蛋、昆虫、蜥蜴和其它小动物。1978年Hamilton和Busse的研究显示：在二十一种灵长目动物中间肉食程度与体重成反相关，即灵长目动物越小，吃肉比例越高。灵长目动物中最小的体重约六十五克而其食物中百分之七十为动物，最大的大猩猩体重为一百二十六千克而其食物中百分之一到百分之二为动物，稍小一些的人猿(orangutan)体重约五十八千克而其食物中动物的比例也是如此。人类在此尺度上介于大猩猩和人猿之间，因而也暗示其食物中有百分之一到百分之二来自动物。在 Briben 和 Cherfas 1982年的报告中，Walker 一直在用电子显微镜研究化石和现存物种的牙齿上的细微磨痕。他已证明粗壮南猿(四百万年前的人类祖先)的牙齿磨痕表明其主食为水果。
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与黑猩猩一样，倭黑猩猩同属最接近的物种之一。因动物皆不善游泳，可能导致了150万—200万年前分居于刚果河南北的倭黑猩猩与黑猩猩的演化差异。德国解剖学家Ernst Schwarz曾分析研究博物馆的当时人们觉得属于青年黑猩猩的颅骨，这使他被誉为倭黑猩猩的发现者。并于1929年将其这一发现公布于世。在1933年，解剖学家Harold Coolidge提供了对倭黑猩猩更详尽的叙述，并将之提升至独立物种的地位。该种的独特之处在于较长的双腿、分区的头发、母系文化，以及性行为在社会中的独特意义。倭黑猩猩的社会是“只有性爱没有战争”，它们频繁的交配被认为是巩固了它们的社会联结，消除了冲突。
特征/倭黑猩猩
倭黑猩猩倭黑猩猩体长：雄性73-83厘米，雌性70-76厘米；体重：雄性40-45千克，雌性30千克；身体被毛较短，黑色，通常臀部有1白斑，面部灰褐色，手和脚灰色并覆以稀疏黑毛；幼猩猩的鼻、耳、手和脚均为肉色；耳朵特大，向两旁突出，眼窝深凹，眉脊很高、头顶毛发向后；手长24厘米；犬齿发达，齿式与人类同；无尾。不具臀胼胝，前肢长可过膝，而于脸部少毛。
动物会像人类一样表现得极为友好和忠诚，此外，它们也会在需要的时候发号施令，倭黑猩猩就是一个很好的例子。根据《灵长类》杂志刊登的最近一项研究发现，成年倭黑猩猩会用摇头这种方式否定小倭黑猩猩的一些确定行为。观察到这种行为在研究史上还是第一次。
看到小倭黑猩猩拿韭葱来玩而不是吃，母亲便会把韭葱拿走，如果小家伙又去拿韭葱，母亲便会朝它摇头，似乎在对它的这种行为说“不”。在此前进行的观察中，研究人员只在倭黑猩猩玩闹时观察到摇头这种行为。研究人员表示倭黑猩猩的摇头是人类用摇头表示否定的原始源头。
栖息地/倭黑猩猩
分布主要分布于中非民主共和国的潮湿雨林中，刚果河南部以及其支流的北部发现约10,000只倭黑猩猩。由于两者栖息地正逐渐丧失以及猎寻兽肉(bushmeat)之活动，它们已濒临绝种。这也是现代灵长目大灭绝之普遍趋势。 &
习性/倭黑猩猩
倭黑猩猩住在丛林里，和黑猩猩一样，过著社会性的生活，他们许多方面与黑猩猩相似，但是比起黑猩猩，他们较为爱好和平，且他们的性生活较黑猩猩活跃频繁。
倭黑猩猩与黑猩猩血缘关系最近，但与黑猩猩不同的是，倭黑猩猩群体并非由雄性统治，克雷表示这可能由雌性之间关系密切所致。雌性倭黑猩猩将叫声作为一种战略工具，巩固它们的社会关系，进而提高它们在群体中的地位。克雷说：“对于群体中地位较低的雌性来说，与占据统治地位的同性亲昵并通过叫声进行宣传可能有助于巩固和提高它们在群体中的地位，同时也为了让群体中的阿尔法雌性重视它们的存在。”
倭黑猩猩几乎所有的时间都花在树上，在树上营很简单的巢，在树枝上觅食水果，也能用略弯曲的下肢在地面行走。有一定的活动范围，面积26～78平方千米，觅食区域往往是它们集中的地点。群与群间有往来。长久保持母子关系，分群后还常回群探母。有午休习性。能辨别不同颜色和发出32种不同意义的叫声。能使用简单工具，是已知仅次于人类的最聪慧的动物。其行为和社会行为都更近似于人类，在人类学研究上具有重大意义。&
杜克大学研究人员发现，人类近亲倭黑猩猩有与其同类分享的爱好。分享曾被认为是人类独有的特征，其他人类独有的还包括使用语言、战争记忆协作繁殖。但倭黑猩猩的奇特之处是，它们更爱与陌生猩猩而不是熟悉的同类分享食物，此举旨在扩大社会网络，类似我们在社交网络上的行为。食性主要以水果为食，辅食树叶，有时则食用小型脊椎以及无脊椎动物。倭黑猩猩倭黑猩猩吃猎物从腹部开始，首先吃肠子。这种程序能让一头被猎获的羚羊存活更长的时间。对这个被臆想为平和的动物来说，倭黑猩猩可能残忍到令人吃惊的程度。据长期观察园里的倭黑猩猩的比利时家史蒂文斯说，他曾目睹过5头雌倭黑猩猩攻击一头雄性，咬它的脚趾，并真的将之吞咽下去。
相关研究/倭黑猩猩
自从研究人员于2005年开始对黑猩猩进行测序以来，人们已经知道自身与黑猩猩共享了99%的DNA，从而使其成为与人类最近的“亲戚”。然而实际上有两种灵长类动物与人类的关系最密切——倭黑猩猩（Pan&paniscus）和黑猩猩（Pan&troglodytes）。这曾促使科学家推测是否人类、黑猩猩和倭黑猩猩的祖先看起来和动起来更像一只倭黑猩猩、黑猩猩，或其他生物，以及自从人类的祖先与倭黑猩猩及黑猩猩的共同祖先在700万年前至400万年前的非洲分离以来，这3个物种如何变得如此不同。
在生物分类上，灵长目包括人类在内的4个属，其中红毛猩猩属在约1400万年前独立进化，大猩猩属在约1000万年前独立进化。
由马普学会领导的这项国际合作研究选择莱比锡动物园的一只名为Ulindi的倭黑猩猩作为测序对象，这部分缘于它是一只雌性（黑猩猩基因组来自一只雄性）。Ulindi的全基因组分析结果发表在最新出版的《自然》杂志上，揭示了倭黑猩猩和黑猩猩共享了99.6%的DNA。这证明了这两种非洲类人猿依然彼此在遗传构成上相当接近，尽管它们的祖先于100万年前开始在非洲分开进化，这或许缘于刚果河的形成将其祖先种群一分为二所致。如今，倭黑猩猩只栖息在刚果民主共和国境内，并且没有迹象表明倭黑猩猩（倭黑猩猩和黑猩猩相似，但习性有所不同）它们在与黑猩猩分开之后再次与后者发生了杂交，这可能因为刚果河作为一道天然屏障阻碍了两个种群的混合。
倭黑猩猩虽然和黑猩猩的“亲缘”关系非常接近，但它们的生活习性却大不相同。比如黑猩猩群体是由雄性领导，彼此间侵略性较强，经常互相争斗，而倭黑猩猩群体通常是由雌性领导，它们不怎么爱打斗。研究人员希望能通过对比它们的基因组，找出是哪些基因导致了这种区别。
研究人员同时发现，倭黑猩猩与人类共享了约98.7%的DNA——这一百分比与人类同黑猩猩的共享率是一致的。
当马普学会的科学家将倭黑猩猩基因组直接与黑猩猩和人类基因组进行比较后，他们发现有少量基因组——约1.6%——是人类与倭黑猩猩而非黑猩猩所共有的。同时也有相同数量的DNA是人类与黑猩猩而非倭黑猩猩所共有的。这些差别表明，形成人类、黑猩猩和倭黑猩猩的原始类人猿种群相当庞大且基因多样化——大约有27000只繁殖个体。一旦人类的祖先在400多万年前与倭黑猩猩和黑猩猩的祖先分离后，倭黑猩猩和黑猩猩的祖先便保持着这样的多样性直至它们的种群在100万年前彻底分裂为两个种群。
在这3个物种中，这些DNA之间的小差异的功能尚未搞清，马普学会的科学家从中找到了线索，认为其中一些可能与涉及免疫响应调控、肿瘤抑制，以及社会诱因感知的基因有关。此外，对倭黑猩猩基因组的研究也有助于了解人类自身。 倭黑猩猩有能力通过有关镜中辨识的自我意识测验（the mirror-recognition test for self-awareness）。它们主要以发声器官相互沟通，虽然人类尚未详知其发声原理；不过，人类确实能了解其脸部，以及一些自然手势，譬如说，邀请等。认知实验倭黑猩猩的性行为美国爱荷华州得梅因市大猿信托研究机构的科学家们研究发现，的“近亲”倭黑猩猩竟能够理解人类的。它们可以通过一种特殊的图形表来和科学家进行“谈话”交流。大猿信托研究机构比尔·菲尔兹称，科学家为大猿设计了一种具有350种图形的符号表，它们只需要在屏幕上任意挑选一个代表自己想法的图形就行了。他们研究的一只叫做坎兹的26岁倭黑猩猩会和进行交流。当向坎兹朗读了一系列的，对它进行考验，而坎兹则通过手指，毫无错误地在屏幕图形表上选出了一个个正确的答案。当说“鸡蛋”时，坎兹将手按在了“鸡蛋”的图形上；当说：“M和M”，坎兹又将手连按了两次M。接着，坎兹将手指在代表“惊讶”的图形符号上按了一下，而它脸上的神情仿佛在对说：“你很惊讶吧？”当问到是否想喝一杯，没想到坎兹拼命地上下点头。
繁殖方式/倭黑猩猩
倭黑猩猩是高度混交的，它们比其它灵长类动物更加频繁地忙于交配，从异性恋到同性恋都有。它们频繁的交配被认为是巩固了其的联结，消除了大多冲突。没有具体的繁殖季节，一年四季都可交配。雌性肿胀的臀部昭示可以接受交配，孕期8～9个月，每胎1仔；约1～2年，雌性每5到6年才生1只小倭黑猩猩，倭黑猩猩性成熟期约12年。寿命约40年
亚种分化/倭黑猩猩
单一物种，无亚种分化。
双性动物/倭黑猩猩
倭黑猩猩在公众印象里，倭黑猩猩呈现出一种怪诞的图景，这很大程度上是因为它爱好和平和混交的名声，最近把这个物种描绘为“持续不断地”在交配。 “倭黑猩猩保护促进会”的萨丽·考克斯把倭黑猩猩描绘为“双性动物”，它们进行各种不同的性活动，以消除冲突，维护社会的安宁和平。“倭黑猩猩沉浸在和平、友爱融融之中”，考克斯说。它们或许是发现了的第一猿。同性恋行为人类对大约500种动物的行为有详细记录，表明这些动物的性取向是先天性的，作为与进化关系最密切的动物，非洲倭黑猩猩在追求性满足方面一点也没有羞辱之心，几乎所有这些爱好和平的动物都是双性恋，它们解决冲突时经常遵循“要做爱，不要战争”的原则。它们进行性行为的频率很高，交配时会无所顾忌地发出叫声，而且同性性经常发生。大概三分之二的同性性行为发生在雌性倭黑猩猩之间。
现状及保护/倭黑猩猩
倭黑猩猩在刚果河的低洼中部的刚果河流域有一个不连续的分布范围。估计其潜在的范围约50万平方公里。在其整个历史分布区，倭黑猩猩小种群发生基因流的障碍。由于倭黑猩猩的扩散模式，有效种群大小的雄性比雌性小。群体遗传学分析表明，倭黑猩猩种群有一个稳定的人口史。通过各种非政府组织，对包括刚果盆地南部的部分，开赛河以南地区的调查，1980年时还有10万只，而至2012年已经只剩下不到1万只。
曾经约10,000只倭黑猩猩只在刚果河南部以及其支流的开赛河北部被发现，在中非刚果民主共和国的潮湿雨林中。由于两者栖息地正逐渐丧失，以及在内战中猎寻兽肉（bushmeat）的活动，使它们已濒临绝种。至多也只余留数千只倭黑猩猩。
20世纪70年代，研究倭黑猩猩栖息地的尝试起步。但由于地理和政治原因，这些努力总是时断时续。濒临灭绝的野生倭黑猩猩（估计数量在只之间）只，生存于刚果（金）境内浓密的不能进入的热带雨林中。列入《世界自然保护联盟》（IUCN）2008年濒危物种红色名录&ver&3.1——濒危（EN）
相关事件/倭黑猩猩
美国“天才”倭黑猩猩日，一只会数千个英文词语并且懂得用符号与人沟通的倭黑猩猩潘班尼莎（Panbanisha），在美国一个动物保育区内去世。美当局正对该保育区的女主管展开调查，以确定是否有人疏忽照顾。艾奥瓦州第蒙市大猩猩信托基金会主席施韦勒称，潘班尼莎可能是因为感染引发多种并发症，工作人员曾尝试对它实施急救，但没能挽回它的。26岁的潘班尼莎是雌性倭黑猩猩，自2005年起便在该保育区居住。它和弟弟坎齐(Kanzi)一样，懂得用符号与人类沟通，也明白负责照顾它的家所说的数千个英文词语。不过，它还是不懂得说人类语言。&
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作者：生物谷
来源：Nature
关键词：猩猩,基因组
科学家们刚刚完成了红毛猩猩的基因组测序，红毛猩猩成为继人类和黑猩猩之后第三个基因组成功测序的猿类。
科学家们惊奇的发现，红毛猩猩的DNA改变程度如此之小，远远小于人类和黑猩猩的DNA变化。红毛猩猩起源于约1200万至1600万年前，而人类和黑猩猩则起源于约500万至600万年前，所以红毛猩猩进化的时间更久。但是对这三种猿的基因组对比中发现，人类和黑猩猩得到或缺失的基因却为红毛猩猩的二倍多。
洛克和他的同事对六个苏门答腊猩猩和五个婆罗洲猩猩进行了测序，先前的研究估计他们在100万年前进化成为不同的物种。但是根据这篇1月26日的Nature文章报道，他们仅在40万年前才进化为不同的物种。华盛顿大学结构遗传学家Devin Locke说，先前的研究是建立在小部分基因组的数据之上的，当拥有全部的红毛猩猩基因组数据的时候，这一切的分析变得更加的容易。
26日发表在Genome Research的另外一篇相关研究显示，通过对人类、黑猩猩和红毛猩猩三种基因组的对比发现，人类基因组更类似于红毛猩猩的基因组，而不是黑猩猩的基因组。这反映了人类和黑猩猩从同一个祖先进化而来，两个物种拥有相同的红毛猩猩DNA，但是，经过成千上万年，人类和黑猩猩分别进化，在这个过程中，黑猩猩因为某些原因失去了猩猩的DNA，人类则保留了这个DNA.
在这些对比中，更多的惊喜将会被发现。此外，对大猩猩和巴诺布猿的基因组测序计划正在顺利进行中。（）
生物谷推荐原文出处：
Nature&& doi:10.1038/nature09687
Comparative and demographic analysis of orang-utan genomes
Devin P. Locke,LaDeana W. Hillier,Wesley C. Warren,Kim C. Worley,Lynne V. Nazareth,Donna M. Muzny,Shiaw-Pyng Yang,Zhengyuan Wang,Asif T. Chinwalla,Pat Minx,Makedonka Mitreva,Lisa Cook,Kim D. Delehaunty,Catrina Fronick,Heather Schmidt,Lucinda A. Fulton,Robert S. Fulton,Joanne O. Nelson,Vincent Magrini,Craig Pohl,Tina A. Graves,Chris Markovic,Andy Cree,Huyen H. Dinh,Jennifer Hume,Christie L. Kovar,Gerald R. Fowler,Gerton Lunter,Stephen Meader,Andreas Heger,Chris P. Ponting,Tomas Marques-Bonet,Can Alkan,Lin Chen,Ze Cheng,Jeffrey M. Kidd,Evan E. Eichler,Simon White,Stephen Searle,Albert J. Vilella,Yuan Chen,Paul Flicek,Jian Ma,Brian Raney,Bernard Suh,Richard Burhans,Javier Herrero,David Haussler,Rui Faria,Olga Fernando,Fleur Darré,Domènec Farré,Elodie Gazave,Meritxell Oliva,Arcadi Navarro,Roberta Roberto,Oronzo Capozzi,Nicoletta Archidiacono,Giuliano Della Valle,Stefania Purgato,Mariano Rocchi,Miriam K. Konkel,Jerilyn A. Walker,Brygg Ullmer,Mark A. Batzer,Arian F. A. Smit,Robert Hubley,Claudio Casola,Daniel R. Schrider,Matthew W. Hahn,Victor Quesada,Xose S. Puente,Gonzalo R. Ordo?ez,Carlos López-Otín,Tomas Vinar,Brona Brejova,Aakrosh Ratan,Robert S. Harris,Webb Miller,Carolin Kosiol,Heather A. Lawson,Vikas Taliwal,André L. Martins,Adam Siepel,Arindam RoyChoudhury,Xin Ma,Jeremiah Degenhardt,Carlos D. Bustamante,Ryan N. Gutenkunst,Thomas Mailund,Julien Y. Dutheil,Asger Hobolth,Mikkel H. Schierup,Oliver A. Ryder,Yuko Yoshinaga,Pieter J. de Jong,George M. Weinstock,Jeffrey Rogers,Elaine R. Mardis,Richard A. Gibbs& Richard K. Wilson
‘Orang-utan’ is derived from a Malay term meaning ‘man of the forest’ and aptly describes the southeast Asian great apes native to Sumatra and Borneo. The orang-utan species, Pongo abelii (Sumatran) and Pongo pygmaeus (Bornean), are the most phylogenetically distant great apes from humans, thereby providing an informative perspective on hominid evolution. Here we present a Sumatran orang-utan draft genome assembly and short read sequence data from five Sumatran and five Bornean orang-utan genomes. Our analyses reveal that, compared to other primates, the orang-utan genome has many unique features. Structural evolution of the orang-utan genome has proceeded much more slowly than other great apes, evidenced by fewer rearrangements, less segmental duplication, a lower rate of gene family turnover and surprisingly quiescent Alu repeats, which have played a major role in restructuring other primate genomes. We also describe a primate polymorphic neocentromere, found in both Pongo species, emphasizing the gradual evolution of orang-utan genome structure. Orang-utans have extremely low energy usage for a eutherian mammal1, far lower than their hominid relatives. Adding their genome to the repertoire of sequenced primates illuminates new signals of positive selection in several pathways including glycolipid metabolism. From the population perspective, both Pongo specie however, Sumatran individuals possess greater diversity than their Bornean counterparts, and more species-specific variation. Our estimate of Bornean/Sumatran speciation time, 400,000?years ago, is more recent than most previous studies and underscores the complexity of the orang-utan speciation process. Despite a smaller modern census population size, the Sumatran effective population size (Ne) expanded exponentially relative to the ancestral Ne after the split, while Bornean Ne declined over the same period. Overall, the resources and analyses presented here offer new opportunities in evolutionary genomics, insights into hominid biology, and an extensive database of variation for conservation efforts.
Genome Res. doi: 10.1101/gr.
Incomplete lineage sorting patterns among human, chimpanzee and orangutan suggest recent orangutan speciation and widespread selection
Asger Hobolth1, Julien Y. Dutheil1, John Hawks2, Mikkel H. Schierup1,3 and Thomas Mailund1
We search the complete orangutan genome for regions where humans are more closely related to orangutans than to chimpanzees due to incomplete lineage sorting (ILS) in the ancestor of human and chimpanzees. The search uses our recently developed coalescent HMM framework. We find ILS present in ~1% of the genome, and that the ancestral species of human and chimpanzees never experienced a severe population bottleneck. The existence of ILS is validated with simulations, site pattern analysis, and analysis of rare genomic events. The existence of ILS allows us to disentangle the time of isolation of humans and orangutans (the speciation time) from the genetic divergence time, and we find speciation to be as recent as 9-13 mya (contingent on the calibration point). The analyses provide further support for a recent speciation of human and chimpanzee at ~4 mya and a diverse ancestor of human and chimpanzee with an effective population size of ~50,000 individuals. Posterior decoding infers ILS for each nucleotide in the genome and we use this to deduce patterns of selection in the ancestral species. We demonstrate the effect of background selection in the common ancestor of humans and chimpanzees. In agreement with predictions from population genetics, ILS found to be reduced in exons and gene dense regions when we control for confounding factors such as GC content and recombination rate. Finally, we find the broad scale recombination rate to be conserved through the complete ape phylogeny.
(责任编辑：yan.mao)
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