生物探究编者按一个30倍测序深度的人类全基因组数据FASTQ文件大约是200GB，单台高端效劳器上对该数据进行核算剖析需求20小时以上。而在3月31日的第四届NGS立异开发者大会上，格致大数据在现场进行了展现，只需两个小时，便完结了从FASTQ到VCF的悉数处理流程。
图1：NGS立异开发者大会活动现场
曩昔几年二代测序（NGS）技能迅速开展，精准医疗也作为战略新兴产业被正式列入国家“十三五开展规划”。跟着最新一代NovaSeq测序仪的投入运用，自己全基因组的测序报价行将进入到百美元年代，随之而来的海量基因组数据的核算速度慢、剖析功率低下、存储艰难、本钱高级疑问变成了职业的严重应战。基因数据的核算与解读一向都是基因检查的重要环节，在数据激增的情况下，怎么更迅速，更精确的进行数据剖析和解读，以及低本钱的存储，将是基因检查范畴下一个出题。
据格致大数据总监黄柯博士介绍，Xiphias高功能生物信息核算一体机搭载了自立研制的基因数据处理芯片，大大进步基因数据处理速度，供给了从原始数据到陈述生成的全流程一键解决方案。处理30倍深度人类全基因组数据，一台Xiphias一体机只需求两个小时完结从FASTQ到VCF的悉数处理流程；5节点的Xiphias集群更能进一步进步功率，在数分钟内完结序列比对、半小时内完结悉数处理流程。而且一切剖析作业悉数在本地完结，无需进行数据的线上传输或线下邮递，最大极限确保用户数据的安全及隐私。
Xiphias 高功能生物信息核算一体机搭载了格致大数据自立研制的基因数据处理芯片，运用软硬件协同的方法极大地进步了基因数据处理功率。传统的生物信息学剖析运用，流程过程多，操作杂乱。对于这一疑问，Xiphias供给了从原始数据到陈述生成的全流程一键解决方案，满意基因检查公司及医院临床的运用需求。一起，Xiphias也为科研机构、测序基地、医疗机构供给方便快捷的本地化核算解决方案，确保数据的安全。
黄柯博士还表明他们将在本年下半年推出Xiphias2.0，Xiphias2.0会在Xiphias1.0的基础上完成更高的加快比，估计可到达 30~50 倍的数据处理加快比。在不久的将来，不断增加的基因数据剖析运用，将有望变成“立等可取”的实时效劳。&
图2：Xiphias生信核算渠道示意图
图5：Xiphias一体机功能示意图
图4：Xiphias紧缩功能示意图
*Server: Intel Xeon E5 20core CPU @ 2.3GHz + 256GB DDR4 + 1TB SSD
对于这个疑问，格致大数据的团队带来了他们的解决方案。日，第四届NGS立异开发者大会在杭州愿望小镇隆重开幕，南京格致基因生物科技有限公司旗下专心于基因大数据处理技能研制和解决方案供给的格致大数据携自立研制的Xiphias高功能生物信息核算渠道重磅露脸。
据了解，一个30倍测序深度的人类全基因组数据FASTQ文件大约是200GB，单台高端效劳器上对该数据进行核算剖析需求20小时以上。跟着精准医学及基因检查技能的遍及，一个三甲医院一天也许发生的样本数量也许到达上百个；这些测序数据的剖析核算不只耗时长达数日，而且数据传输的自身，不管是线上仍是线下，都存在着安全隐患并在传输过程中浪费了数天时刻。
黄柯博士介绍到，Xiphias生信核算一体机有着较传统软件近十倍的加快比，Xiphias集群更可到达数十倍的加快，能够迅速对基因数据进行比对、排序、紧缩及变异辨认等剖析，为基因数据核算的痛点、难点供给了高效易用的完好渠道。现在Xiphias已建立了完好的一体化数据剖析流程，相较传统软件具有更强的扩展性，更快的速度，更高的可靠性，更低的运用本钱，非常好的习惯将来海量基因数据对迅速剖析及数据安全的需求。
图3：Xiphias数据剖析流程
图6：Xiphias集群功能示意图
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中国科学院生物物理研究所全基因组测试服务（30X）采购项目成交公告
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公告概要：公告信息：采购项目名称略生略全基因组测试服务（30X）采购项目品目服务/科学研究和试验开发/医学的研究和试验开发服务/药学研究服务,服务/科学研究和试验开发/医学的研究和试验开发服务/基础医学研究服务,服务/科学研究和试验开发/医学的研究和试验开发服务/预防医学与卫生学研究服务,服务/科学研究和试验开发/医学的研究和试验开发服务/临床医学研究服务采购单位略生略行政区域X区公告时间2017年#月#日
14:29略日期2017年#月#日成交日期2017年#月#日谈判小组、询价小组成员、磋商小组成员名单及单一来源采购人员名单潘小川、嵇扬、王友总成交金额￥112.95 万元（人民币）联系人及联系方式：项目联系人熊小平项目联系电话 ## 采购单位略生略采购单位地址X市X区大屯路15号采购单位联系方式高老师， ## 代理机构名称北略代理机构地址X市X区西直门北大街甲43号金运大厦B座802室（西直门文慧X南角）代理机构联系方式熊小平
徐赛 ## /811附件：附件1
　　北略生略的委托，略生略全基因组测试服务（30X）采购项目项目（项目编号：HSZT2017FC/372）组织采购，评标工作已经结束，成交结果如下：一、项目信息项目编号：HSZT2017FC/372项目名称：略生略全基因组测试服务（30X）采购项目项目联系人：熊小平联系方式： ## 二、采购单位信息采购单位名称：略生略采购单位地址：X市X区大屯路15号采购单位联系方式：高老师， ## 三、采购代理机构信息采购代理机构全称：北略采购代理机构地址：X市X区西直门北大街甲43号金运大厦B座802室（西直门文慧X南角）采购代理机构联系方式：熊小平
徐赛 ## /811四、成交信息招标文件编号：HSZT2017FC/372略日期：2017年#月#日成交日期：2017年#月#日总成交金额：112.95 万元（人民币）
成交供应商名称、地址及成交金额：成交供应商为明码(X)略，注册地址为中国(X)自由贸易试验区富特北路207号三层D04室，成交金额为人民币（大写）： * 佰 *
* 万 * 仟 * 佰元整（小写：￥ ## .00元）谈判小组、询价小组、磋商小组成员名单及单一来源采购人员名单：潘小川、嵇扬、王友五、项目用途、简要技术要略日期：项目用途：科研简要技术要求：用Covaris S220 Sonicator将DNA打断至 ## bp左右，采用略生产的TruSeq Nano DNA Sample Prep Kits建略文库构建，用Agilent 2100 Bioanal略文库质检3.2.2测序方法：采用Illumina Nova-seq6000测序平台，PE150测序策略合同期限：服务期2年六、成交标的名称、规格型号、数量、单价、服务要求：服务要求：本次采购的主要内容为：（1）依托代谢性疾病药物分层与生物标记物项目，对二甲双胍、西格列汀、罗格列酮等现有治疗药物以及研发新药971的敏感、耐药及毒副略全基因组测序；（2）依托奥生乐赛特临床个性化研究项目，对奥生乐赛特药物敏感、耐药及毒副略全基因组测序；（3）依托伴随西格列他钠Ⅲ期临床试验的糖尿病组学研究项目，对西格列他钠药物敏感、耐药及毒副略全基因组测序。服务期：2年。成交标的名称：测序数量300例（1）依托代谢性疾病药物分层与生物标记物项目，对二甲双胍、西格列汀、罗格列酮等现有治疗药物以及研发新药971的敏感、耐药及毒副略全基因组测序；（2）依托奥生乐赛特临床个性化研究项目，对奥生乐赛特药物敏感、耐药及毒副略全基因组测序；（3）依托伴随西格列他钠Ⅲ期临床试验的糖尿病组学研究项目，对西格列他钠药物敏感、耐药及毒副略全基因组测序。七、其它补充事宜本公告期限为1个工作日
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你是测序公司的吗?我如果想测一个大约1G的基因序列,大约需要多少钱?我看见你说的30X,这个需要向测序公这个30X需要向测序公司说明吗?我只测1G 需要要交30G的钱吗
30X代表的是30倍的覆盖率,肯定是要说明的,也就是1G的数据实际上是测了30G,所以需要付30G 的钱,具体费用还需要根据你的测序类型等来计算
我有更好的回答：
剩余:2000字
与《你是测序公司的吗?我如果想测一个大约1G的基因序列,大约需要多少钱?我看见你说的30X,这个需要向测序公》相关的作业问题
中国测序公司也就那么几家华大基因、上海生工、三博远志、这几家规格大一点,测序资格老一点.近几年测序的普及化还有一些刚起来的公司 中美泰和、北京天恩泽、北京奥莱博生物、北京博莱明、等等现在能做测序的小公司太多了 就是质量部太清楚我们实验室一般都是用比较大的和资格老一点的.
SNHIXNHIXEHISINICEANCEHIGOHI四个字母比较难啊
天行键 君子当自强不息
把i'm sure 换成 i believe 再问： 你的建议不错，能不能再优化一下 再答： i believe, i can, absolutely i can. 其实这个还真是不好想
按照LZ说如果中间都比对上了那么测出的序列应该就是你需要的了在测序开头的前几十个碱基是不可信的,同时一次测序最多能到800bp,所以从800bp左右开始出来的碱基也是不可信的了（如果测的质量不好有的时候从700甚至是600开始就出现不可信的碱基了）同时如果你想测到上游或下游引物那么只单单的测一个方向反应是没法测出的,因
南方 华大基因 英俊测序中部 上海生工北部 北京三博远志 博迈德生物这些都是比较有知名度的
一般情况下我们都是看峰图 前五十有可能有酒精峰不可信 过了800BP一般也不可信 如果是PCR可能更短一点700左右 如果实在觉得有问题建议你学学怎么看原始峰图 内个是无法造假的 实在嫌麻烦就两家公司同时测序比对问题就不大了 只要不造假一般测序准确率是在百分之99以上的才对
北京三博远志16srdna测序/鉴定说明：1、 样品形式可以是新鲜菌液、斜面培养基、平面培养基或者提取好的DNA.2、 如果样品为基因组DNA,DNA浓度>20ng/ul,体积大于20ul.3、 鉴定结果一般可以鉴定到种.个别菌种由于微生物数据库相关数据缺乏,只能鉴定到属.如遇这种情况,正常收费.4、 菌种不纯会导致测
测序一般一个反应在700bp左右,也就是说一个引物可以支持700bp长度的片段的测序工作,你自己设计的一对引物就是正反两方向测,大概在1400bp.但是,一般测序公司测4kb的片段还是很容易的,因为只要拿到了第一个700bp,就可以在这个基础上再设计引物,进行下一段的测序工作.可是,我想说的是,是扩不出任何片段还是扩不
北京主要测序公司如下：天根生化、奥科、华大基因、三博远志、博迈德、清华、这些价格可以接受且质量说的过去.英俊比较好但是价格比较高.可以结合实际经费进行选择.当然也有一些其他小的公司.小的公司一般服务好.大的公司质量好但是由于样品量大处理起来有一定困难个别细节可能主要不到造成服务欠佳.注：反向测序取消如果是通用引物一般为
都可以的,你给测序公司的测序订单上可以填清楚样品类型,可以是菌液,质粒,DNA片段等等.
实习报告还是实验报告?图贴不上来,序列就是按图读出来的.
北京诺赛,北京三博远志；上海基康,生工等····上百度一搜就出来了 很多的.
原因在于测序时经历了PCR反应及测序反应（测序反应本身也是PCR反应）二次聚合酶的打滑现象.原因不明的复杂结构,测序结果就出现突然信号减弱或消失.出现这些现象的原因由DNA模板本身立体结构所造成的.当DNA碱基中含GC含量高的时候,从某一位置开始聚合酶的聚合反应便无法进行下去.这样的情况,建议可以尝试换用反向引物进行测
中国测序公司也就那么几家华大基因、上海生工、三博远志、这几家规格大一点,测序资格老一点.近几年测序的普及化还有一些刚起来的公司 中美泰和、北京天恩泽、北京奥莱博生物、北京博莱明、等等现在能做测序的小公司太多了 就是质量部太清楚我们实验室一般都是用比较大的和资格老一点的.
沈阳的话 本地的测序公司我不清楚我就知道国内几家较好的测序公司北方的 北京三博远志测序公司中部的 上海生工测序公司南部的 深圳华大基因测序公司这几家分布在中国的上中下,测序能力都很不错您要是在沈阳的话 我建议您用北京的您可以通过代理或者直接找他们测序估计代理收费贵一点点
找生工吧,你们的都送生工武汉测序部,时间上比较快
不太清楚排名的问题,因为一代测序现在已经非常成熟,质量都很可靠.但如果你要找测序公司,国内的选择很多,takara、上海生工、天耕,而华大则是做基因组的54被浏览3,444分享邀请回答ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/-------------------------------------------------------------------------------------------------个人意见：全基因组。DNA变异种类太多。下面讨论集中在SNP上展开。时间不多，简单答一下。概念上先要明确一点，GWAS对SNP的要求，并不是一定要求致病位点(causal site)在待检测SNP集合中，但必须包含该位点邻近的SNP。基因组在遗传上是由一个一个的haplotype blocks(数k到数百kb)构成的，在这些block内，这些互相有较高LD的SNP在做GWAS检测时，是可以相互替代的。所以做的比较好的GWAS文章里，一个causal site往往相邻近的SNP位点都会被检出GWAS显著。这是一个辅助判断结果是否可信的一个依据。能够检出非同义SNP只是让结果解读找到一个捷径。但如果只选择外显子SNP作为待检测SNP，我相信很难覆盖所有的haplotype blocks。问题归根结底会转化为到底目前为止发现的GWAS 显著SNP，到底有多少是外显子上的？这个问题很好回答，现成的答案：直接去下载
数据，其记录了目前发表的高分GWAS研究中SNP结果的注释，其中有一列CONTEXT，详细注释了SNP在GeneModel中的位置。可以自行Excel统计一下，有多少显著的SNP，是在外显子上的。========================================================以上这个问题算是解答完了，但实际上还可以再深入一些：究竟需不需要全基因组重测序？以下是个人看法：
如果研究的物种没有注释良好的参考基因组，那么全基因组测序是值得的，可以在此基础上提供基因组草图以及在比较基因组上讨论一些有意思的话题。
但如果对象是人，有足够优秀的参考基因组，那么用全基因组重测序做GWAS就是个值得商榷的话题了：
人的haplotype blocks最短是数kb，考虑基因组全长的话，那么SNP芯片百万级别的位点足够覆盖全基因组，达到做GWAS的要求了，这里再重申一遍：GWAS对SNP的要求，并不是一定要求致病位点(causal site)在待检测SNP集合中，但必须包含该位点邻近的SNP。许多测序公司会刻意强调全基因组可以提供数量多得多的SNP位点，但真正做GWAS时，为了控制假阳性，往往需要做一步LD prunning，挑取具有代表性的Tag SNP，也就是说，测序多出来的SNP：然并卵。
使用芯片去做GWAS，可以省下一半以上的经费，这些经费完全足够用来：找罗氏|安捷伦定制致病位点的靶向捕获kit，对这些位点进行深度测序挑取典型病例做：a) 高通量RNA定量 b) 甲基化测序 c) 中等通量目标pathway的蛋白定量
同样的经费，做全基因组重测序只能做DNA水平，而换一种思路则可以在多个角度上探讨机理。所以，做科研的话，可以好好考虑下，什么是最重要的。143 条评论分享收藏感谢收起0添加评论分享收藏感谢收起写回答1 个回答被折叠（）您好， []|
30天测序100位百岁老人 揭开长寿基因秘密
[导读]一场揭开长命百岁背后基因线索的竞赛将在明年开始，参赛团队将在30天时间内角逐千万奖金的基因组学X奖竞赛。
腾讯科技讯（过客/编译）基因企业家乔纳森-罗斯伯格博士正在尝试对长命百岁的相关基因进行鉴定发起挑战。他的团队或者其他的参赛者将被给予30天的时间来计算出100位百岁老人的完整基因代码，而且每个基因组的耗费不得超过1000美元。30天测序100位百岁老人，揭开长寿基因秘密这项赛事将在2013年9月开始。基因组学X奖竞赛的规则规定，参赛团队在明年5月份之前均可报名参赛。罗斯伯格博士的团队来自加利福尼亚的生命科技公司，是首次正式参加这项赛事。能够以1000美元甚至更低的代价排序完整的人类基因组被认为是科学史上的一个里程碑。这次比赛被视作是DNA测序技术变得越来越便宜的一个临界点，这项技术将因廉价而广泛应用于医学领域，帮助医生根据病人的基因构造进行争端和用药。百位百岁老人为这项比赛捐献了他们的DNA。科学家们相信长寿的人们或许在他们的基因中拥有某些罕见的变化，这就会让他们免受晚年生活的一些常见疾病，比如说心脏病或者癌症。然而科学家需要许多DNA序列样本来更精确的从人类基因的30亿基因组中找到一些基因字母的变化。乔纳森-罗斯伯格博士是一位遗传学家也是企业家，他说100位百岁老人的DNA是寻找青春之泉的一个良好开端。他告诉BBC记者道：“一百个人的基因会给你一个线索。一千个人的基因会让你有点相信，一万个人的基因就会让你承认这些基因是与癌症和心脏病有关。”克莱格-凡特博士是这项赛事的发起人，也是比赛的主要参赛者之一，他在2003年的比赛中第一个完成人类基因测序。他告诉BBC记者到：“我无法描述这项技术的进步和耗费的减少是多么的让我激动。如果他们能够在两小时内用一个台小设备完成一个人的基因测序，真的是非常惊人的。我们已经经历了一个漫长的过程。”X奖竞赛为实现现代挑战的解决方案颁发奖项，范围包括从太空到人类基因。从X奖竞赛获得的任何数据都将被分享给这一领域的其他科学家们，以此来帮助科学家探索老龄化问题。
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