哈尔滨医科大学医学微生物学网络课程
文 / 贾炳权、沈敬华
螺旋体（Spirochaete）是一类细长、柔软、呈螺旋状弯曲、运动活泼的原核细胞型微生物。在生物学的位置是介于细菌与原虫之间。它具有与细菌相似的细胞壁，内含脂多糖和胞壁酸；有核质；以二分裂形式繁殖；对抗生素敏感。与原虫相似之处是胞壁与胞膜间有轴丝结构，借助它的收缩与弯曲能自由活泼的运动。分类学归属于细菌的范畴。
螺旋体广泛存在动物体内和自然界，其种类较多，有致病的与非致病的两类。根据螺旋的数目、大小与规则程度、两螺旋间的距离分两个科，即螺旋体科和钩端螺旋体科共有七个属，其中对人和动物有致病性的有三个属。
1．钩端螺旋体属（Leptospira）：螺旋数目较多且更细密而规则，菌体一端或两端弯曲呈钩状，其中部分能引起动物和人的钩端螺旋体病。
2．密螺旋体属（Treponema）；有8～14个细蜜而规则的螺旋，两端较尖，对人致病的有梅毒螺旋体，雅司螺旋体等。
3．疏螺旋体属（Borrelia）：有5～10个稀疏而不规则呈波状的螺旋，对人有致病性的有：伯氏疏螺旋体、回归热疏螺旋体及奋森疏螺旋体。
钩端螺旋体属
钩端螺旋体简称钩体，钩端螺旋体属种类较多，包括问号状钩端螺旋体和双曲钩端螺旋体。前者有致病性（寄生性），后者无致病性（腐生性）。致病性的钩体能引起人畜共患的钩端螺旋体病，简称钩体病。本病是自然疫源性疾病，历史久，分布广，世界各地均有发生，我国绝大多数地区有不同程度的流行，严重地危害人民的健康，为重点防治的传染病之一。
一、生物学性状
形态结构与染色
体呈圆柱形但纤细，大小约0.1～0.2?m×6～12?m。螺旋细密而规则，菌体一端或两端弯曲呈钩状，整个菌体呈C、S形状（图29-1）。钩体的最外层为外膜，其内为螺旋状的肽聚糖层和胞膜包绕的细胞质，在外膜与肽聚糖层之间有两根轴丝（内浆鞭毛），各由一端伸至菌体的中央。常用Fontana银染色法，将其染成棕褐色。
钩端螺旋体形态
Fontana镀银染色，X1000
需氧或微需氧，常用柯氏培养基（Korthof’s medium）（含10%兔血清或牛血清、磷酸盐缓冲液蛋白胨，pH7.4）培养，最适温度为28℃～30℃，接种3～4天后开始生长，1～2周后液体培养基呈半透明云雾状生长；在固体培养基中，可形成透明、不规则的细小菌落。
对理化因素的抵抗力较其他致病性螺旋体强。在水或湿土中可存活数月，该特性在钩体病的传播上有重要意义。对热敏感，56℃10分钟死亡。对多种化学消毒剂敏感，如石碳酸、来苏儿、漂白粉及盐酸在短时间内均能杀死钩体。对青霉素、金霉素敏感。
抗原构造与分类
致病性钩体有表面抗原（P抗原）和内部抗原（S抗原）两种。P抗原存在螺旋体的表面，为蛋白质多糖的复合物，具有型特异性，为钩体分型的依据。S抗原存在于螺旋体的内部，是类脂多糖的复合物，具有属的特异性，是钩体分群的依据。目前世界上问号状钩端螺旋体已发现25个血清群和200多个血清型。我国至少有约19个血清群、74个血清型。
二、致病性与免疫性
致病性钩体有较强的侵袭力，能通过健康或破损的皮肤及粘膜侵入机体，也可由污染水与食品经口感染。
1．溶血素（streptolysin）
不耐热，对氧稳定，能被硫酸沉淀。有类似磷脂酶的作用，破坏红细胞膜而溶血。注入小羊体内，可出现贫血、出血、坏死及血尿、肝肿大与黄胆等症状与体征。
2．细胞毒因子（cytotoxicity factor，CTF）
在钩体患者和钩体感染动物的血浆中存在，当注入小鼠脑内，1～2小时后出现肌肉痉挛、呼吸困难、最后致死。
3．内毒素样物质（endotoxin-like substance，ELS）是某些钩体产生的脂多糖类物质，但其性质不同于一般细菌的内毒素。其毒性作用与内毒素相似，只是活性较低。可使动物发热，出现炎症与坏死。
此外，螺旋体在宿主体内产生某些酶，如脂酶、脱氢酶等，也与其致病性有关。
钩端螺旋体病为人畜共患的传染病，广泛的在野生动物和家畜中流行。目前已从80余种动物体内检出，其中以鼠类与猪为主要传染源和储存宿主，其带菌率高且排菌期长。动物感染后，大多为隐性或慢性感染，钩体在其肾小管中长期生长繁殖，并不断随尿排出体外，进而污染周围的水源与土壤，人接触这些污染物而感染。孕妇感染钩体后，也可经胎盘感染胎儿引起流产。偶有吸血昆虫的叮咬而感染者。
当钩体经皮肤黏膜侵入人体后，在局部迅速繁殖，并入血引起菌血症或败血症，继而扩散至肝、肾、肺、脑及肌肉等组织器官，出现全身中毒症状：高热、乏力、头痛、全身酸痛、结膜充血、腓肠肌剧痛，淋巴结肿大等症状。由于感染钩体型别、毒力和数目的差异，机体免疫症状的不同，临床表现轻重相差甚大。临床常见的有黄疸出血型、流感伤寒型、肺出血型、脑膜脑炎型、肾功能衰竭型等。
隐性感染或病后可获得对同型钩体较持久的免疫力，以体液免疫为主。病后1～2周血清中出现的特异性抗体，具有凝集溶解钩体及调理吞噬作用，迅速清除血液中的钩体。对肾脏内的钩体作用不大，故尿中排出钩体达数周、数月甚至数年之久。此外，对异型钩体的感染仅有部分免疫或无免疫力，故有再感染可能性。细胞免疫的作用似乎不大。产生的抗体也能引起免疫病理损伤。
三、微生物学检查法
病原体的检测
标本的采集，在发病一周内取血液，第二周取尿，有脑膜刺激症状取脑脊液，其检出率较高。
1．直接镜检
将标本用差速离心集菌后作暗视野镜检或用Fontana镀银染色镜检，也可用直接免疫荧光法或免疫酶染色法检查。
2．分离培养与鉴定
将标本接种在Korthof培养基中，28℃培养2～4周，如有生长则培养基变混浊，再用暗视野显微镜检查钩体的存在，如有钩体再用血清学方法鉴定其群型。
3．动物接种
是分离钩体的敏感方法，尤其适用于有杂菌污染的标本。方法是将标本接种于幼龄和地鼠腹腔。接种3～5天后，用暗视野查腹腔液；可取心血检查并作分离培养。动物死后解剖，可见肺部和皮下有出血斑、肝、脾等脏器中有大量钩端螺旋体存在。
4．检测核酸方法
用同位素或生物素标记DNA探针进行核酸杂交及PCR方法均可检测标本中钩端螺旋体的核酸进行诊断，其特异性、敏感性均优于培养法，且得出的结果快速。此外限制性内切酶指纹图谱也可用于钩端螺旋体的菌株鉴定和分型。
血清学诊断
钩体病应用血清学诊断较为重要，也可作为流行病学调查方法。取发病初期、晚期病人的双份血清，一般在发病初和第3～4周各采集一次。
1．显微镜凝集试验（microscopy agglutination test，MAT）
亦称凝溶试验用活的标准株或活的当地常见菌株作为抗原，与病人的血清在37℃ 作用2小时，而后用暗视野显微镜检查。若待检血清中有同型抗体的存在，则可见钩体被凝集成团，形如小蜘蛛样。血清凝集效价在1:400以上或双份血清效价增长4倍以上者有辅助诊断的价值。本试验的特异性和敏感性均较高。
2．补体结合试验
按常规方法做本试验，血清效价在1:20以上有诊断意义。本试验敏感性高，阳性结果出现早，可作为早期诊断的指标之一。该试验所用抗原具有属的特异性，阳性结果提示为钩体的感染，不能分型。
3．间接凝集试验
将钩体的属特异性抗原吸附在载体颗粒（绵羊红细胞、乳胶颗粒）上，然后与病人的血清做玻片凝集试验，若待检血清中有相应抗体存在，则出现肉眼可见的凝集现象。该法快速而简便，但特异性与敏感性较MAT差。
4．酶联免疫吸附试验（ELISA）
用于检测钩体病人血清中特异性抗体，具有快速、敏感的特性。
四、防治原则
钩体病的预防措施主要搞好灭鼠工作，加强带菌家畜的管理；注意保护水源，避免与疫水或疫土接触；对易感人群接种多价全细胞死疫苗，但必须含有当地流行的血清型，该疫苗接种量大、次数多及副反应较大。我国研制的钩体外膜亚单位疫苗（1代及 2代），效果较好，正在试用。
治疗首选青霉素，也可用庆大霉素、金霉素及强力霉素。
密螺旋体属
密螺旋体属（Treponema）螺旋体包括致病性和非致病性两大类。对人致病的螺旋体包括苍白密螺旋体（T. pallidum）和品他密螺旋体（T. carateum）。苍白密螺旋体又分为苍白亚种（subsp. pallidum）地方亚种（subsp. endemicum）和极细亚种（subsp. Pertenue）3个亚种。苍白亚种亦称梅毒螺旋体，引起人类梅毒，后两亚种分别引起非性传播梅毒（污染餐具传播）和雅司病（皮肤损伤受染），品他密螺旋体引起人类品他病。
一、生物学性状
形态结构与染色
梅毒螺旋体形体细长且两端尖直，螺旋致密而规则，运动活泼。大小约6～15um×0.1～0.2um。菌体表面有荚膜样物质，其化学组成为脂多糖。电镜观察其结构有细胞壁和细胞膜，细胞膜内为含有细胞质和核质的原生质圆柱体。圆柱体表面绕有3～4根轴丝，也称内鞭毛（endoflagella），与运动有关.外膜蛋白中47?103及轴丝37?103抗原具有高度免疫原性，在免疫学诊断及预防中可能起到重要作用。梅毒螺旋体基因为环状DNA，长约103 kb，有1041个ORF，半数以上ORF具有生物学功能。普通染色不易着色，常采用Fontana镀银染色法将其染成棕褐色，菌体变粗在光镜下易于查见（图29-2）。新鲜病变标本可直接在暗视野显微镜下，观察其形态与运动方式。
梅毒螺旋体形态
Fontana镀银染色，X1000
梅毒螺旋体在无生命的培养基不能生长繁殖。1981年Fieldsteel等采用棉尾兔单层上皮细胞在微氧环境下培养成功，但只能维持数代。一般接种在实验动物如兔的睾丸或来保存菌种。
梅毒螺旋体抵抗力极弱，对冷、热及干燥均特别敏感。血液中的螺旋体4℃放置3天后可死亡，故血库冷藏的血液3天以上无传染梅毒的危险。加热50℃时5分钟死亡。离体后干燥1～2小时死亡。对常用化学消毒剂敏感，1%～2%石炭酸内数分钟死亡。对青霉素、四环素、红霉素及砷制剂敏感。
二、致病性与免疫性
目前尚未证实梅毒螺旋体具有内毒素和产生外毒素。但有较强的侵袭力，其外膜蛋白可黏附到宿主细胞表面；菌体表面的粘多糖等可阻止补体的激活，干扰其杀菌作用；有毒株尚能以宿主细胞的纤维粘连蛋白覆盖于其表面，抵抗吞噬细胞的吞噬作用；产生的透明质酸酶能分解组织，细胞基质内和血管基底膜的透明质酸，利于其扩散并造成组织损伤，出现坏死，溃疡等梅毒特征性病理改变；此外还与梅毒螺旋体诱导机体产生免疫病理损伤有关。
自然情况下，梅毒螺旋体只感染人，故人是梅毒的唯一传染源。由于感染方式的不同，分先天梅毒与后天梅毒，前者从母体通过胎盘传染胎儿，后者又称获得性梅毒，95%经性接触而感染，故梅毒为性传播疾病的一种。
先天梅毒又称胎传梅毒，能出现流产，早产或死胎；可导致先天畸形出生后被称为梅毒儿，呈现锯齿形牙、间质性角膜炎、神经性耳聋等多种表现。
后天梅毒分为三期，表现反复隐伏和再发的特点。
第一期梅毒：梅毒螺旋体侵入机体的皮肤粘膜3周后，在侵入局部出现无痛性、直径约1cm的硬结及溃疡，称硬性下疳。多见的部位是外生殖器，在溃疡的渗出物中含有大量的梅毒螺旋体，此时传染性极强。一般4～8周后，下疳常自然愈合。进入血液中的螺旋体潜伏期在体内，约经2～3个月的无症状潜伏期后进入第二期。
第二期梅毒：全身皮肤黏膜出现梅毒疹，周身淋巴结肿大，有时累及骨关节、眼及其它器官。在梅毒疹内和淋巴结中有大量螺旋体存在，传染性极强。不经治疗一般在1～3个月后症状自然消退而痊愈，但常发生复发性二期梅毒。少数病例呈潜伏期状态，约经2～4年的时间，又可被激活进入第三期。
第三期梅毒：又称晚期梅毒。发生于感染后2年，亦可长达10～15年后，病变不仅出现皮肤黏膜溃疡性坏死病灶，并可侵犯内脏器官或组织，出现慢性肉芽肿的病变，重症患者引起心血管及中枢神经系统的病变，出现梅毒瘤、动脉瘤、脊髓瘤等。肝、脾及骨骼常被累及。该期病灶中不易查到螺旋体，故传染性小，但由于侵害多种脏器破坏性大，可危及生命。
梅毒螺旋感染的免疫是以细胞免疫为主，一般认为当体内持续有螺旋体存在时，对再感染有免疫力即传染免疫，一旦螺旋体被杀灭，其免疫力亦随之消失。而且梅毒螺旋体感染可导致机体出现免疫抑制现象。
梅毒患者的血清中出现两类抗体：
1．特异性制动抗体
在厌氧的条件下和有补体存在时，能抑制活动的梅毒螺旋体运动，并能将其杀死或溶解，但不完全决定梅毒螺旋体感染后的免疫力。
是IgM与IgA混合型，能与生物组织中的类脂抗原（如牛心肌）发生非特异性结合反应，对机体无保护作用，仅供血清学诊断用。未经治疗的梅毒患者，其血清中的反应素可长期存在。
机体内的巨噬细胞和中性粒细胞可吞噬螺旋体，但不一定能杀死，只有当特异性抗体形成后，并在补体协同下，才能使吞噬细胞加强并具杀伤作用。
三、微生物学检查法
检查螺旋体
取梅毒硬性下疳的渗出液、梅毒疹的渗出物或局部淋巴结的抽取液。直接在暗视野显微镜下检查或直接染色镜检。亦可将标本与荧光标记的梅毒螺旋体抗体结合后，在荧光显微镜下观察，或用ELISA法检查。
血清学试验
感染梅毒螺旋体后，除产生特异性抗体外，还产生一种称为反应素（reagin）的抗体。因此，梅毒血清学试验有非螺旋体抗原试验和螺旋体抗原试验两种。
1．非螺旋体抗原试验
用正常牛心肌的心脂质（cardiolipin）作为抗原，测定患者血清中的反应素（抗脂质抗体），即曾用过的康氏反应和华氏反应。目前国际上通用VDRL试验（veneral disease research laboratory）和改良的RPR试验（rapid plasma reagin）。前者在玻片上进行，后者在专用的纸卡的反应圈（内经18mm）内进行。可定性与半定量，由于敏感性高而特异性差，适用于梅毒患者的初筛。国内常用RPR试验和不加热血清反应素试验（unheated serum reagin test，USR）初筛，第一期梅毒阳性率70%，二期梅毒可达到100%，三期梅毒阳性率低。上述实验所用抗原为非特异的，某些疾病（回归热、结核、麻风、类风湿性关节炎、红斑狼疮等），也可测出相应抗体而出现生物性假阳性反应。因此，在结果分析和判断时，须结合临床资料。
2．螺旋体抗原试验
采用Nichols株梅毒螺旋体作为抗原，测定病人血清中特异性抗体，特异性较强，可辅助诊断梅毒，常用的方法有：
（1）FTA-ABS试验（fluorescent treponemal antibody absorption）：是一种间接荧光抗体检测法。用非致病螺旋体Reiter提取物将病人血清37℃吸收30分钟，再加荧光素标记的羊抗人丙种球蛋白抗体，荧光显微镜下观察，阳性者可见发荧光的梅毒螺旋体。该法特异性与敏感性均较高，可用于梅毒的特异性诊断。其缺点是操作较麻烦。
（2）梅毒螺旋体血凝试验（TPHA）：为间接血凝试验，其特异性和敏感性均较高，也作特异性诊断用。
（3）梅毒螺旋体制动试验（TPI）：本法用来检测病人血清中是否存在抑制螺旋体活动的特异性抗体，可鉴别非螺旋体抗原试验的假阳性结果。但该试验目前已很少使用。
检测梅毒螺旋体的DNA的特异性片段，其敏感性与特异性均优于血清学试验。
先天梅毒的实验室诊断，应取脐血检测。当脐血梅毒螺旋体抗体效价明显高于母体时，应疑为婴儿感染，若效价恒定上升者，则提示新生儿感染了梅毒。
四、防治原则
梅毒是一种性传播的疾病，预防的根本措施是加强性卫生的宣传教育和严格社会管理。对病人应早期确诊并彻底治疗。
治疗多用青霉素，但要剂量足、疗程够并定期检查病人血清中抗体的动态变化。治疗3个月至1年后血清抗体转阴为治愈，否则要继续治疗。
疏螺旋体属
疏螺旋体属亦称包柔螺旋体属。其中部分对人、哺乳动物或禽类有致病性。对人致病的主要有伯氏疏螺旋体、回归热疏螺旋体和奋森螺旋体。
一、伯氏螺旋体
伯氏疏螺旋体（Borrelia burgdorfer）是1982年Borgdorfer自硬蜱（ixodes）体内分离出，并由 Barbour从患者分离培养证实，为莱姆病的病原体。莱姆病是1977年在美国康涅狄格州莱姆镇（Lyme，Connecticut）首次发现，故称莱姆病（Lyme disease）。世界上许多国家有莱姆病流行，我国已有十多个省区有该病病例发生。
生物学性状
1．形态与染色
螺旋稀疏而两端稍尖。在暗视野显微镜下，运动活泼，有扭曲、翻转及抖动等多种形式。革兰染色阴性，但不易着色。Giemsa染色法染色呈淡紫色，也可用Wright染色法染色。
2．培养特性
营养要求较高，常用BSK培养基（Barbour Stoenner-Kelly medium），该培养基含有长链饱和与不饱和脂肪酸、氨基酸、牛血清白蛋白及热灭活兔血清等丰富的营养物质。微需氧，5%～10% CO2促进生长。最适的生长温度为32℃～34℃，pH7.5。生长缓慢，分裂繁殖一代需12～18小时。一般培养2～3周，长出细小而边缘整齐的小菌落。
采用DNA同源性分析发现，引起莱姆病的疏螺旋体属至少有三个基因种：①伯氏疏螺旋体，主要分布在美国与欧洲；②伽氏疏螺旋体（B. garinii），欧洲和日本为主；③埃氏疏螺旋体(B. afelii)，亦主要从欧洲和日本分离出。应用SDS-PAGE电泳分析伯氏疏螺旋体国际代表株B31的蛋白图谱，美国分离株与其相似，都有外膜蛋白ospA，而欧洲株极少有ospA，我国分离的大部分菌株的蛋白图谱更接近欧洲株。有学者应用单克隆抗体，对莱姆病的病原体外膜蛋白ospA的不同表位进行血清型分类，认为可分成4种。另有学者以其外膜蛋白ospC来分型，至少将Lyme病分离株分成13个ospC血清型。
鉴于莱姆病病原体存在异质性，其分类尚未取得统一，现一般以伯氏疏螺旋体作为莱姆病病原体的统称。
致病性与免疫性
莱姆病是一种自然疫原性传染病。储存宿主主要是野生和驯养的哺乳动物，尤以鼠类和鹿更为重要。主要传播媒介是硬蜱，也可能有其他吸血昆虫作为媒介。
1．致病物质
黏附素可粘附到人的多种组织细胞（皮肤、成纤维细胞）等，并侵入宿主细胞质中生存，构成其侵袭力。该属螺旋体胞壁中有LPS组成，具有内毒素的作用。
2．所致疾病
引起莱姆病。人被感染伯氏疏螺旋体的蜱叮咬后，螺旋体由蜱的唾液、肠返流物等侵入皮肤并在局部繁殖。经3～30天的潜伏期，在叮咬部位出现一个或数个慢性游走性红斑（erythema chronicum migrans，ECM），也可通过血液或淋巴扩散至全身许多器官。早期出现乏力、头痛、发热、肌肉及关节炎等症状。不经治疗的病人，约80%可发展为晚期，主要表现为慢性关节炎、神经系统与皮肤异常、心内膜炎等。轻症者可为亚临床感染或仅累及一个系统，重者可出现多脏器损害。损伤的系统组织均可呈暂时性、再发和慢性特点。本病在不同地区可表现不同的临床特征。
人和动物感染伯氏螺旋体后，可产生特异性抗体，该抗体有促进吞噬细胞的吞噬作用。由于伯氏螺旋体的抗原性比较稳定，故体液免疫在清除体内该螺旋体时起主要的作用。此外，伯氏螺旋体侵入机体后，能激发巨噬细胞产生IL-1、IL-6和TNF等细胞因子，有助于宿主的免疫防御作用，也可促进炎症介质的释放，造成组织的损伤。
微生物学检查
1．病原体的检查与分离
（1）组织学染色：取患者皮肤、滑膜及淋巴结组织切片，用Fontana镀银染色检查伯氏螺旋体，方法简便快速，但检出率低。
（2）分离培养：取皮肤、血液、尿液等标本，加入BSK培养基进行培养，培养4周后，若为阳性者，再用特异性标本血清进行鉴定。
（3）PCR检测：可采用PCR技术检测标本内伯氏螺旋体的特异性DNA，进行莱姆病的诊断，该法快速而敏感性高。
2．特异性抗体检测
常用ELISA和间接免疫荧光法。IgM的特异性抗体多在ECM发生后2～4周形成，6～8周达高峰，一般4～6个月恢复正常。在持续性感染患者，IgM保持高水平。特异性IgG抗体出现较迟，通常在发病6～8周出现，4～6个月达高峰，并持续至病程的晚期。当ELISA阳性时，需用蛋白印迹分析其特异性。
以预防为主，疫区人员加强个人防护，避免硬蜱的叮咬。化学灭活全细胞疫苗于1992年获准在美国家犬中使用。人用的亚单位疫苗（ospA.B）在研制中。早期莱姆病可口服四环素、强力霉素、羟氨苄青霉素及红霉素等。
二、回归热螺旋体
回归热螺旋体（Borrelia recurrentis）是引起回归热（recurrent fever）的病原体。该螺旋体的螺旋不规则，形似烫卷的头发丝。回归热是以周期性发作为特征的急性传染病，其传播媒介为节肢动物。据回归热传播媒介的不同，可分为两类。以虱为传播媒介的是虱传回归热，或称流行性回归热，其病原体为回归热螺旋体，是国内流行的主要类型。另一类是以蜱为传播媒介的称蜱传回归热，又称地方性回归热，其病原体多至15种，例如杜通螺旋体（B. duttonii）、赫姆斯螺旋体(B. hermsii)等，此型在国内少见。
回归热疏螺旋体形态
银染色，X2000
当回归热螺旋体侵入机体后，经3～7天的潜伏期，在血液中大量出现，患者突然出现高热、头痛、肌肉及关节疼、肝脾肿大。持续一周后发热骤退，血中螺旋体消失，间隔1周左右，又出现高热，血中又出现螺旋体，如此发作与缓解反复出现（3～9次），故称回归热。
回归热的实验室诊断主要是检查螺旋体。在发热期间取外周血1～2滴在暗视野显微镜下观察，或直接涂片行Giemsa或Wright染色，在光学显微镜下观察。必要时可做小白鼠试验，取患者血液腹腔接种小白鼠后再查鼠血中的螺旋体。
预防以灭虱为主。治疗选用金霉素或强力霉素。
三、奋森螺旋体
奋森螺旋体（Borrelia Vincent）的形态与回归热螺旋体类似，革兰阴性，培养为厌氧性。正常情况下，与梭性梭杆菌(Fusobecterium fusiforme)共寄居在人的口腔、齿龈及咽部，一般不致病。当口腔组织损伤、维生素缺乏或机体营养不良及免疫功能低下时，则两种菌大量繁殖，协同引起奋森咽峡炎、牙龈炎、溃疡性口腔炎及口峡坏疽等。
微生物学检查可取局部病变材料，直接涂片，革兰染色镜检，可观察到螺旋体和梭杆菌并存，均呈革兰阴性。也可取新鲜材料直接用暗视野显微镜观察。
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3秒自动关闭窗口微生物学[1]是高等院校生物类专业必开的一门重要基础课或专业基础课，也是现代高新的理论与技术基础。、工程、及发酵工程就是在与技术基础上形成和发展起来的；《微生物学》也是高等农林院校生物类专业发展及农林业现代化的重要基石之一。随着生物技术广泛应用，微生物学对现代与未来人类的 生产活动及生活必将产生巨大影响。
自古以来，人类在日常生活和生产实践中，已经觉察到的生命活动及其所发生的作用。利用微生物进行酿酒的历史，可以追溯到4 000多年前的龙山文化时期。2600年前发明了制酱技术[2]。殷商时代的中刻有“酒”字。北魏的《》（533～544）中，列有谷物制曲、、制酱、造醋和腌菜等方法。
在留下来的石刻上，记有酿酒的操作过程。中国在时期，就已经利用有机物质的作用，进行积肥。公元1世纪的《》提出要以熟粪肥田以及瓜与小豆间作的制度。2世纪的《神衣本草经》中，有白僵蚕治病的记载。6世纪的《左传》中，有用麦曲治腹泻病的记载。在10世纪的《》中，有关于种痘方法的记载。1796年，英国人E．发明了，为的发展奠定了。
17世纪，荷兰人用自制的简单（可放大160～260倍）观察牙垢、雨水、井水和植物浸液
后，发现其中有许多运动着的“微小动物”，并用文字和图画科学地记载了人类最早看见的“微小动物”——的不同形态（球状、杆状和螺旋状等）。过了不久，意大利家P．A也用简单的显微镜观察了的形态。1838年，德国家C．G．埃伦贝格在《是真正的有机体》一书中，把纲分为22科，其中包括3个细菌的科（他将细菌看作动物），并且创用bacteria（细菌）一词。1854年，德国植物学家F．J．科思发现杆状细菌的芽孢，他将细菌归属于，确定了此后百年间细菌的分类地位。
微生物学的研究从19世纪60年代开始进入阶段。科学家L．对微生物生理学的研究为现
代微生物学奠定了基础，化学家出身的巴斯德涉足微生物是为了治疗“酒病”和“蚕病”。他论证酒和醋的酿造以及一些物质的腐败都是由一定种类的微生物引起的发酵过程，并不是发酵或腐败产生微生物，著名的曲颈瓶实验无可辩驳的证实了这一点[2]；他认为发酵是微生物在没有的环境中的呼吸作用，而酒的变质则是有害微生物生长的结果；他进一步证明不同微生物种类各有独特的代谢机能，各自需要不同的生活条件并引起不同的作用；他提出了防止酒变质的加热灭菌法，后来被人称为，使用这一方法可使新生产的葡萄酒和长期保存。科赫对新兴的作出了巨大贡献。科赫首先论证是炭疽病的，接着又发现结核病和的病原细菌，并提倡采用消毒和杀菌方法防止这些疾病的传播；他的学生们也陆续发现白喉、、破伤风、鼠疫等的病原细菌，导致了当时和以后数十年间人们对细菌给予高度的重视；他首创细菌的染色方法，采用了以作凝固培养细菌和分离单菌落而获得的操作过程；他规定了鉴定病原细菌的方法和步骤，提出著名的。1860年，外科医生J．应用药物杀菌，并创立了无菌的操作方法。1901年，著名家和动物学家И．И．发现白细胞吞噬细菌的作用，对免疫学的发展做出了贡献。
出生的法国微C．H．维诺基于1887年发现，1890年发现，他论
证了土壤中硫化作用和硝化作用的微生物学过程以及这些细菌的化能营养特性。他最先发现嫌气性的自生，并运用无机培养基、以及富集培养等原理和方法，研究土壤细菌各个生理类群的生命活动，揭示土壤微生物参与土壤物质转化的各种作用，为的发展奠定了基石。
1892年，俄国家Д．И．发现烟草花叶病原体是比细菌还小的、能通过细菌过滤器的、不能窥测的生物，称为过滤性。年，F．W．特沃特和F．H．de埃雷尔观察上出现噬菌斑以及培养液中的溶菌现象，发现了细菌病毒——。病毒的发现使人们对生物的概念从形态扩大到了非细胞形态。
在这一阶段中，微生物操作技术和的创立是微生物学发展的特有标志。
20世纪以来，生物化学和向微生物学渗透，再加上电子显微镜的发明和原子的应用，推动了微生物学向生物化学阶段的发展。1897年德国学者E．发现菌的无细胞提取液能与酵母一样具有发酵糖液产生的作用，从而认识了的酶促过程，将微生物生命活动与结合起来。G．诺伊贝格等人对酵母菌生理的研究和对酒精发酵中间产物的分析，A．J．伊沃对微生物代谢的研究以及他所开拓的的研究方向，其他许多人以为材料所进行的一系列基本生理和的研究，都阐明了的代谢规律和控制其代谢的基本原理，并且在控制微生物代谢的基础上扩大利用微生物，发展，推动了生物化学的发展。从20世纪30年代起，人们利用微生物进行乙醇、、丁醇、甘油、各种、氨基酸、、等的工业化生产。
1929年，A．发现点能抑制的生长，揭示了微生物间的拮抗关系并发现了。1949年，S．A在他多年研究土壤微生物所积累资料的基础上，发现了。此后陆续发现的新越来越多。这些抗生素除医用外，也应用于防治动植物的病害和食品保藏。
1941年，G．W．和E．L．用和紫外线照射链孢霉，使其产生，获得营养缺陷
型。他们对营养缺陷型的研究不仅可以进一步了解的作用和本质，而且为打下了基础。1944年，O．T．第一次证实了引起形成荚膜遗传性状转化的物质是脱氧核糖（DNA）。1953年，J．D．和F．H．C．提出了DNA分子的结构模型和核酸半保留复制学说。H．富兰克尔-康拉特等通过重组试验，证明核糖核酸（RNA）是遗传信息的，为奠定基础起了重要作用。其后，又相继发现转运核糖核酸（tRNA）的作用机制、基因三联密码的论说、病毒的细微结构和感染增殖过程、机制等微生物学中的重要理论，展示了微生物学广阔的应用前景。1957年，A．等成功地进行了DNA的体外组合和操纵。原核微生物的研究不断获得进展，已用基因转移的大肠杆菌发酵生产，也已开始用细菌生产。现代微生物学的研究将继续向分子水平深入，向生产的深度和广度发展。分支
微生物学经历了一个多世纪的发展，已分化出大量的分支，据不完全统计（1990年），已达181门之多。根据其性质可以简单归纳为下面6类：
⑴按研究微生物的基本为目的来分总学科称普通微生物学（General Microbiology），分科如微，微生物生理学，，和分子微生物学等。
⑵按研究的微生物对象分如细菌学，（菌物学），，学，生物学和生物学等。
⑶按微生物所处的分如土壤微生物学，微生态学，学，环境微生物学，和宇宙微生物学。
⑷按微生物应用领域来分总学科称应用微生物学（Applied Microbiology)，分科如工业微生物学，，医学微生物学，药用微生物学，诊断微生物学，抗生素学，等。
⑸按学科间的交叉、融合分如化学微生物学，分析微生物学，微生物，微生物，微生物，微生物地球化学和微生物信息学等。
⑹按实验方法、如实验微生物学，微生物研究方法等。
微生物的含义：非分类学上名词，来自法语“Microbe”一词。是形体微小、单细胞或个体结构简单的多细
胞、甚至无细胞结构的的通称。
种类：微生物类群十分庞杂，包括：
无细胞结构的病毒、类病毒、等，
属于原核生物的细菌、、、等，
属于真核生物的酵母菌和霉菌，单细胞藻类、等。
Animalia：不具细胞壁，可运动，不进行。
植物界Plantae：具有细胞壁，不运动，可进行光合作用。
三界：Protista：（E.H.Haeckel,1866年提出）
原核生物界Monera：细菌、放线菌等
原生生物界Protista：藻类、原生动物、粘菌等
Fungi：酵母、霉菌
动物界Animalia：
植物界Plantae：
是以细胞结构分化的等级以及和光合、吸收、摄食这三种主要营养方式有关的为基础的。六界：加上病毒界。
Woese用寡核苷酸序列编目分析法对60多株细菌的16SrRNA序列进行比较后，惊奇地发现：产细菌完全
没有作为细菌特征的那些序列，于是提出了生命的第三种形式--(archaebacteria）。随后他又对包括某些真核生物在内的大量菌株进行了16SrRNA(18SrRNA)序列的分析比较，又发现极端和极端嗜酸嗜热菌也和产甲烷细菌一样，具有既不同其他细菌也不同于其核生物的序列特征，而它们之间则具有许多共同的序列特征。于是提出将生物分成为三界（Kingdom）（后来改称三个域）：、(Eubacteria）和(Eukaryotes）。1990年，他为了避免把古细菌也看作是细菌的一类，他又把三界（域）改称为：Bacteria（细菌）、Archaea(）和Eukarya（真核生物），并构建了三界（域）生物的。
1．体积小、比表面积大
微生物的大小以μm计，但比表面积（表面积/体积）大，必然有一个巨大的营养吸收，代谢废物排泄和环境信息接受面。这一特点也是微生物与一切大型区别的关键所在。
举例：：120，000；鸡蛋：1.5；人（200磅）：0.3
2．吸收多、转化快
这一特性为高速生长繁殖和产生大量代谢物提供了充分的物质基础。
举例：3克地鼠每天消耗与体重等重的粮食；1克闪绿蜂鸟每天消耗两倍于体重的粮食；大肠杆菌每小时消耗2000倍于体重的糖；发酵乳糖的细菌在1小时内就可以分解相当于其自身重量1,000~10,000倍的乳糖，产生乳酸；1公斤酵母菌体，在一天内可发酵几千公斤的糖，生成
3．生长旺、繁殖快
极高生长繁殖速度，如E.coli20-30分钟分裂一次，若不停分裂，48小时2.2×10^43菌数增加，营养消耗，代谢积累，限制生长速度。这一特性可在短时间内把大量基质转化为有用产品，缩短科研周期。也有不利一面，如疾病、粮食霉变。举例：Escherichiacoli（大肠杆菌）在最适的生长条件下，每12.5~20分钟细胞就能分裂一次；在液体培养基中，细的浓度一般为108~109个/ml；谷氨酸短杆菌：摇瓶种子→50吨发酵罐：52小时内细胞数目可增加32亿倍。利用微生物的这一特性就可以实现发酵工业的短周期、高效率生产。例如生产时，几乎12小时就可以收获一次，每年可以收获数百次。
表 若干微生物的代时及每日增殖率
微生物名称
每日分裂次数
每日增殖率
*为念珠蓝菌属（Nostoc）的旧称，与细菌同属原核生物。
4、适应强、易变异
极其灵活适应性，对极端环境具有惊人的适应力，易变异。更重要的是在于微生物的生理代谢类型多、种类多。举例：万米深海、85公里高空、地层下128米和427米沉积岩中都发现有微生物存在。微生物的种数，据1972年：
病毒与立克次氏体
细菌与放线菌
5．分布广、种类多
分布区域广，分布环境广。生理代谢类型多，代谢产物种类多，种数多。更重要的是在于微生物的生理代谢
类型多、代谢产物种类多。任何有其它生物生存的环境中，都能找到微生物，而在其它生物不可能生存的极端环境中也有微生物存在。
举例：青霉素生产菌Penicilliumchrysogenum（产黄青霉）的产量1943年为每毫升发酵液中含20单位青霉素，40多年来，经过世界各国微生物遗传育种工作者的不懈努力使该菌产量变异逐渐积累，加上发酵条件的改进，世界上先进国家的发酵水平每毫升已超过5万单位，甚至接近10万单位。微生物的数量性状变异和育种使产量提高的幅度之大，是动植物育种工作中绝对不可能达到的。正因为如此，几乎所有微生物发酵都十分重视菌种选育工作。
⒍ 易于变异，产生突变
微生物个体小，比表面积大等原因，使得微生物容易受环境条件的影响，在紫外线、生物诱变剂以及环境中的某些营养因子的改变，微生物个体自觉和被迫产生基因结构改变，从而产生变异体，据统计自然条件下，微生物个体变异概率为百万分之一。由于微生物容易产生突变体，因此人们利用微生物这一特性，进行微生物诱变，然后筛选具有某种目的特性的微生物菌株，如提高产量、营养缺陷型等。
1．在自然界物质循环中作用
2．空气与水净化，污水处理
3．工农业生产：菌体，代谢产物，代谢活动
4．对的贡献
微生物的分类单位：界、门、纲、目、科、属、种
种是最基本的分类单位，每一分类单位之后可有亚门、亚纲、亚目、亚科... 以为例，它在分类学上的地位是：界（Kindom）：真菌界
门（Phyllum）：
纲（Class）：
目（Order）：内孢霉目
科（Family）：内孢霉科
属（Genus）：酵母属
种（Species）：啤酒酵母
种（species）：是一个基本分类单位；是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近，与同属内其他种有明显差别的菌株的总称。①菌株（strain）表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯种群体及其一切后代（起源于共同祖先并保持祖先特性的一组纯种后代菌群）。因此，一种微生物的不同来源的均可称为该菌种的一个菌株。菌株强调的是遗传型纯的谱系。例如：大肠埃希氏杆菌的两个菌株：EscherichiacoliB和EscherichiacoliK12
菌株的表示法：如果说种是分类学上的基本单位，那末菌株实际上是应用的基本单位，因为同一菌种的不同菌株在产酶上种类或代谢物产量上会有很大的不同和差别！ ②亚种（subspecies）或变种（variety）：为种内的再分类。
当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传性状，而又不足以区分成新种时，可以将这些菌株细分成两个或更多的小的——亚种。
变种是亚种的同义词，因“变种”一词易引起词义上的混淆，从1976年后，不在使用变种一词。通常把实验室中所获得的变异型菌株，称之为亚种。
例如：k12（野生型）是不需要特殊aa的，而实验室变异后，可从k12获得某aa的缺陷型，此即称为E.colik12的亚种。③型（form）：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种内不同菌株之间的性状差异不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。例如：按抗原特征的差异分为不同的
微生物的命名：微生物的名字有俗名和学名两种。如：红色——粗糙脉孢霉；——。学名—是微生物的科学名称，它是按照有关国际委员会拟定的法则命名的。学名由拉丁词、或拉丁化的外来词组成。学名的命名有和三名法两种。①双名法：学名=属名+种名+（首次定名人）+现定名人+定名年份 属名：拉丁文的名词或用作名词的形容词，单数，首字母大写，表示微生物的主要特征，由微生物构造，形状或由科学家命名。种名：拉丁文形容词，字首小写，为微生物次要特征，如微生物色素、形状、来源或科学家姓名等。例：大肠埃希氏杆菌Escherichiacoli（Migula）CastellanietChalmers1919
StaphylococcusaureusRosenbach1884 当泛指某一属微生物，而不特指该属中某一种（或未定种名）时，可在属名后加sp.或ssp.（分别代表species缩写的单数和复数形式）。
例如：Saccharomycessp.表示中的一个种。菌株名称：在种名后面自行加上数字、地名或符号等 例如：BacillussubtilisAS1.389AS=AcademiaSinica
BacillussubtilisBF7658BF=北纺
ClostridiumacetobutylicumATCC824丙酮丁醇梭菌
ATCC=AmericanTypeCultureCollection模式菌种保藏中心
当文章中前面已出现过某学名时，后面的可将其属名缩写成1~3个字母。
例如：Escherichiacoli可缩写成E.coli
Staphylococcusaureus可缩写成S.aureus ②三名法：用于对亚种的命名，这时在属和种名后加写一个subsp.，然后再附上亚种名称（斜排体）。例如：Bacillusthuringiensissubsp.galleria腊螟亚种
[3]Advances in Microbiology (AiM) is an international journal dedicated to the latest advancement of Microbiology. The goal of this journal is to provide a platform for scientists and academicians all over the world to promote, share, and discuss various new issues and developments in different areas of Microbiology. All manuscripts must be prepared in English, and are subject to a rigorous and fair peer-review process. Accepted papers will immediately appear online followed by printed hard copy. The journal publishes original papers including but not limited to the following fields:
微生物学进展（AIM）是一个国际性期刊，本刊由美国科研出版社发行，致力于微生物的最新进展。这本杂志的目的是提供一个平台，促进世界各地的科学家和学者，分享，讨论各种新的问题和发展在不同领域的微生物，包括以下领域：
Applied and Environmental Microbiology
Bacteriology
Microbial Taxonomy
Microbiology and Ecology
Microbiology and Biochemistry
Microbiology and Genetics
Microbiology and Immunology
Microbiology and Physiology
Other Disciplines of Microbiology
作　者：，熊元林主编
出版时间：
页　数：268
I S B N ：398
包　装：平装
所属分类：图书 &&&&&& 微生物学
本书是为高等教育生物学相关专业编写的教材。全书共分十三章，分别介绍了微生物的特点、微生物学的发展历程、几大类微生物的形态构造、微生物的营养和培养基、和发酵、微生物的生长及其控制、微生物的、传染与免疫、微生物的生态及微生物的分类和鉴定。内容体系上力求讲清概念、理清思路、阐述规律、联系应甲、增强教材适用性。
本书每章后配有本章小结、思考题及相关的阅读材料，供读者学习使用。
本书可供高等职业技术院校相关专业的本科和专科教学作为教材使用，亦可供相关技术人员参考。
第1章　绪论
1．1　微生物的概念及特点
1．1.1　微生物的概念
1．1.2　微生物的特点
1．2　微生物的类群及微生物在生物界中的地位
1．2.1　微生物的主要类群
1．2.2　微生物在生物界中的地位
1．3　微生物学的研究内容与分科
1．3.1　微生物学的研究内容
1．3.2　微生物学的分科
1．4　微生物学与生物工程学的关系
第2章　微生物学的发展历程
2．1　中国古代劳动人民对微生物学的贡献
2．2　微生物的发现
2．3　微生物学发展的黄金时期
2．3.1　巴斯德、科赫在微生物学发展中的贡献
2．3.2　其他科学家对科学成果的扩展
2．4　微生物学与的融合
第3章　原核微生物
3．1　细菌
3．1.1　细菌的大小、形态
3．1.2　细菌的细胞结构
3．1.3　细菌的繁殖
3．1.4　细菌的培养特征
3．2　放线菌
3．2.1　放线菌的形态结构
3．2.2　放线菌的繁殖
3．2.3　放线菌的培养特征
⒊2.4　放线菌与人类的关系
3．2.5　几种放线菌
3．3　蓝细菌
3．3.1　蓝细菌的形态
3．3.2　蓝细菌的重要特点
3．4　其他原核微生物简介
3．4.1　支原体
3．4.2　衣原体
3．4.3　立克次氏体
3．5.1　古细菌在分类学上的地位
3．5.2　古细菌的生活环境
3．5.3　几类主要的古细菌
阅读材料：生命从不可能开始
4．1　真核微生物与原核微生物的比较
4．1.1　细胞壁和细胞质膜
4．1.2　细胞核和
4．1.3　细胞器和其他具膜结构体
4．1.4　鞭毛和纤毛
4．2　酵母菌
4．2.1　酵母菌和人类的关系
4．2.2　酵母菌的形态、大小
4．2.3　酵母菌的细胞构造
4．2.4　酵母菌的繁殖
4．2.5　酵母菌的培养特征
4．3　霉菌
4．3.1　霉菌的形态、构造
4．3.2　霉菌的繁殖
4．3.3　霉菌的培养特征
4．3.4　霉菌与人类的关系
第6章 微生物的营养和培养基
第7章微生物的代谢
第8章 微生物的生长
第9章微生物的控制与
第10章微生物的遗传与变异
第11章 传染与免疫
第12章微生物的生态
第13章 微生物的分类鉴定
主要参考文献
微生物学学科方向：中国是世界上微生物资源最丰富的国家之一。微生物资源研究反映了微生物学基础研究的水平，是国情调查、资源保护、开发和可持续利用的基础，是生物多样性研究和濒危物种保护的基础，也是包括微生物在内的微生物学各分支学科的基础。这一领域的研究将加速微物生资源调查、收集、系统分类的研究，扩大微生物菌种与标本保藏量，建立中国微生物物种资源库，使之成为亚洲最大的微生物菌种保藏中心和亚洲最大的菌物标本馆。在系统分类研究中普遍引入新的方法、新技术、新设想，开展生物多样性、系统进化、微生物生态研究，为大规模筛选功能物质提供材料，其中，极端微生物和对农作物有害或有益的微生物的研究以逐渐成为当前的热点研究领域。
微生物学专业研究方向主要包括：真菌及地衣学、微生物资源、分类、系统学、多样性、群体遗传与演化、协同代谢分子机理、环境微生物学、工业微生物学、系统生物技术、微生物生理学、微生物生理学、微生物代谢学、微生物生态学、微生物生化工程、分子病毒学、分子免疫学。
《微生物学杂志》创办于1978年，国内外发行，双月刊，大16开本，112页。主办单位：中国微生物学会、辽宁省微生物学会、辽宁省微生物科学研究院。杂志内容丰富详实，突出学术性、前沿性、实用性和指导性。主要刊登工业微生物学、农业微生物学、医学微生物学、兽医微生物学、食用菌学、细胞生物学、病理学、免疫学、分子生物学、生物工程学及生物技术等领域的研究报告、研究简报、实验技术、综述、译文、论文摘要以及开发应用、技术讲座、成果与产品信息等方面的文稿。[4]读者对象为本学科的科技工作者、大中专院校师生、企业、厂家及微生物学爱好者。
主办单位：辽宁省微生物学会;中国微生物学会;辽宁省微生物科学研究院
出版周期：双月
出 版 地：辽宁省朝阳市
语言种类：中文
开本尺寸：大16开
国际刊号：
国内刊号：21-1186/Q
邮发代号：8-142
创刊时间：1978年
该刊被以下数据库收录：
CA 化学文摘(美)(2011)
CBST 科学技术文献速报(日)(2009)
中国科学引文数据库(CSCD—2008)
现代临床微生物学是一门由临床医学、基础医学和预防医学相结合的交叉学科，又是检验医学中重要和成熟的专业之一。这门新兴的学科需要微生物医师和实验技术人员联合进行工作，具体任务有四项：（1）对微生物标本做出快速、准确的检验报告，及时满足临床需要；（2）进行有关抗菌药物耐药性方面的各种试验，受理抗菌药物合理应用的咨询；（3）密切结合临床，与临床医师讨论、研究及处理有关感染性疾病的问题；（4）参与抗菌药物临床合理应用的管理和医院感染监测、控制和管理。这就要求临床微生物学工作者不仅要完成实验室工作，还要完成有关的临床工作，成为感染控制和抗菌药物临床应用的参谋和顾问。
1．确保临床标本可靠：恰当的标本采集是感染性疾病诊断的最为重要的一个步骤。要求临床医生正确采集能代表感染部位的临床标本，广泛采用保护性拭子、合格的容器及运送培养基，避免标本中微生物受毒性物质作用而死亡。
2．全面了解机体的正常菌群：了解人体的正常菌群是细菌检验的必要前提，要了解正常菌群的概念、分布和种类，条件致病菌与内源性感染、菌群失调症与二重感染的概念，既不要将所有标本分离出来的细菌都当成致病菌，也不能将正常寄居菌所导致的内源性感染轻易放过。
3．三定一结合：分离鉴定时要做定性、定量和定位分析，并结合病情。要求根据临床和标本的具体情况确定检验程序，选择培养基及合适的鉴定试验。要判定分离细菌是致病菌、条件致病菌、还是非致病菌（定性），同时要有一个细菌数量的大致估计，必要时进行半定量和定量培养。在人体有菌部位分离的细菌，其意义大小要参考微生物的定性和定量分析作出判断；如在无菌部位（如血液、脑脊液）分离出细菌，无论是何种微生物和数量多少，均具有重要意义（定位分析）。在进行“三定”分析时，一定要结合病情，观察是否与病情相符。
4．提供快速、准确的病原学诊断：在临床医生提供病人的临床诊断信息和适当的临床标本，并尽可能获得流行病学资料的情况下，进行微生物检验和抗微生物药物敏感性试验，要求及时、全面地分析检验结果，提供临床以准确的病原学诊断，以便对病人作出恰当的处理。尽管微生物的分离鉴定仍作为病原学检测的金标准，但这种“以活菌生长”为基础的传统的细菌学鉴定方法速度较慢，不能适应临床的需要，要求以标本的直接检查为基础，如形态、染色、抗原检测及核酸检测（核酸杂交、PCR 和16S rRNA 分析），检测致病基因（致病岛、毒力岛）和耐药基因。尽可能在快速诊断方面下工夫。
5．及时报告：要使实验室数据有效地转化为临床有用的信息，病原微生物诊断报告应实行三段报告制度，即在涂片或培养阳性结果出现时、敏感试验结果出来时以及最终结果出来后都要及时报告。
6．加强质量控制，增加检验项目：临床微生物室必须加强质量控制，保证各种标本的检验质量，为临床提供可靠依据，并满足临床需要的各种检验项目。当前临床微生物室应根据本单位的实际情况增加检验项目，临床要求关注的一些项目有：1）呼吸道标本的细菌学筛选和半定量培养方法；2）呼吸道非典型病原体的检测，包括衣原体、支原体和军团菌；3）非结核分枝杆菌的培养与药敏；4）免疫抑制或器官移植患者特殊病原体的检测，如巨细胞病毒，卡氏肺孢子菌等；5）抗生素相关腹泻的病原体（主要是艰难梭菌）的检测；6）侵袭性真菌的快速检测和药敏试验等。
（一）获取临床信息，做出及时、准确的微生物报告
临床感染性疾病往往涉及多种病原体，没有任何一个单一的试验能够检出所有潜在病原体。因此，临床信息是选择试验方法的重要参考依据。临床医生在开化验单时应写明有关病人的推测性诊断，以便实验人员能据此选择合理的检验程序和试验方法，并能指导临床正确采集恰当的标本；当实验室开始有实验结果时，必须及时通知临床医生，以便让他们重新评价诊疗方案。
（二）疑难微生物报告的解释与咨询
不少感染性疾病特别是医院感染的病原谱和药敏谱发生很大变化。以往罕见的微生物频频出现在检验报告单上，药敏试验的方法、受试品种、结果解释也有不少改变。临床医师常常难以正确理解和利用临床微生物检验资料。面对这一现状，临床微生物科应积极与临床沟通，帮助解决临床医师在判读微生物检验和药敏结果报告单时的困难。指出正常菌群、污染菌和感染菌的鉴别与判断；少见菌或罕见菌的意义；培养阴性时的可能原因；药敏试验结果的判断标准和局限性；特殊耐药细菌的耐药特点等，必要时在报告上增加注解。
（三）设置微生物医生，作为临床与微生物科沟通的桥梁
国外不少医院均有临床微生物专家或检验医师的会诊、咨询制度。如检验开始时发现涂片有问题，即由检验医师主动与临床联系，共同讨论涂片所见的意义。每天微生物科的医师和技师在一起看培养和药敏结果，尤其是痰培养结果要与直接涂片核对，发现问题及时与病房联系。
建议临床微生物科每日有一位医师参加本院感染科、呼吸科或ICU的晨会，并回来向科内医师汇报有关感染病人情况。或定期派出医师带上有关检验结果，参加一些临床科室的感染问题讨论会，具体解决感染症的治疗问题。如定点参加ICU、移植科、肿瘤科、神经外科、儿科等的讨论会，对血培养阳性、脑脊液检查阳性或严重烧伤感染的病人，微生物医师要主动去病房看望，参加治疗方案讨论。对菌血症或脓毒症病人要协助找出原发症灶。临床微生物科医师巡视病人后要在病历上记录意见，必要时可与临床的主管医师、主任一起讨论。各临床科室如有感染问题可与临床微生物科联系，询问检验报告的意义或要求会诊。微生物科每周召开一次感染病例讨论会，讨论感染病人的情况，交流发现的问题，并将临床微生物科的意见与临床科室进行交流。微生物科医生也要参与日常检验工作，并接受临床有关微生物学问题的咨询。
合理应用抗菌药物，减少或避免耐药菌株产生，是当前抗感染领域的一大难题，临床微生物室在抗生素合理使用中起重要作用。
首先要重视感染的病原学诊断。临床医师在使用抗菌药物前，应采集多份微生物学标本做细菌培养和药敏试验，微生物科则为临床提供快速、准确的细菌检验和药敏结果。此外，微生物专家与临床医生密切联系并参与患者的治疗也是控制抗生素用量的重要方法。微生物专家应参与医院药事委员会，参与制定抗生素使用指南、教育和培训、监督和检查等。这方面香港玛丽医院的做法是由感染监控护士负责走访感染病例，发现抗菌药物误用或不合理应用时，由微生物科主任出面向院长、当事科室主任和当事人反馈，取得较好效果。
参与医院感染的监测、控制和管理
我国《医院感染管理规范》明确指出检验科在医院感染管理中应履行以下职责：负责医院感染常规微生物学的监测；开展医院感染病原微生物的培养、分离鉴定、药敏试验及特殊病原体的耐药性监测，定期总结、分析，向有关部门反馈，向全院公布；医院感染流行或暴发时，承担相关检测工作。
临床微生物实验室在医院感染的监测、控制和管理中的作用包括：（1）加强病原学监测，作为判定医院感染的基础；（2）加强耐药性监测，以指导合理使用抗生素；（3）加强环境、器械等微生物学调查，以达到卫生学指标的要求；（4）保证医院内消毒、灭菌的质量；（5）通过流行病学调查和细菌学分型试验，追踪感染源并加以控制。
（一）加强监测
临床微生物科是医院感染控制委员会的必然成员，微生物检验在医院感染的监测中起重要作用。若在临床微生物检验中发现有医院感染问题，要及时与医院感染控制部门、病房医师和护士长联系，并注意发展动态。医院感染中的一些特殊耐药菌如GRE、MRSA、产ESBL肠杆菌科细菌等常通过交叉感染传播，曲霉菌、军团菌等常在空调、供水系统、雾化装置存在并导致感染，对可能携带这些致病菌的来源常规监测并提醒临床注意，通常可有效预防传播扩散并节省大量抗感染费用。
（二）医院感染的教育和培训
临床微生物科要参与对有关人员进行医院感染的教育和培训工作。如讲解临床微生物标本的采集、保存、运送的要求和注意事项，对标本采集前要求病人应该做些什么准备，采集标本应选择什么时机、什么部位，每天采几次、采多少量以及采样部位应该如何消毒等一系列问题进行解释；对人体常见的正常菌群、定植菌、污染菌和感染菌等内容进行培训；对各种细菌耐药酶的检测及其含义和在选用抗生素方面的意义与临床进行经常性的沟通等等。可采用多种方法如讲座、座谈讨论会、简讯、墙报园地甚至参与查房等形式。也可以融合到医院感染管理的继续教育培训项目之中。
（三）参与消毒隔离的管理
正确、科学地实施消毒与隔离技术对预防和控制医院感染非常重要，正确的指导、督查消毒隔离工作也是临床微生物科的工作之一。当发生医院感染暴发流行或特殊耐药细菌感染时，临床微生物专业人员应参与制订消毒隔离措施，对相关的人员管理、废弃物的处理等环节提出微生物专业意见。
（四）定期发布细菌耐药性监测结果
对许多感染性疾病的抗菌药物选择是经验性的。但经验用药也需要循证医学和流行病学资料的支持。建议将所有病原菌分离和药敏的资料用WHONET软件保存，定期发布细菌耐药性监测结果，随时统计分析ICU等重点科室常见病原菌的分布和耐药状况，对临床经验性选择抗生素、提高重症感染的救治成功率大有帮助。
（五）通过分子分型技术控制医院感染
常用的分子分型技术有PFGE、等。微生物实验室设置分子分型实验室，对危害较大且较易流行的耐药菌进行常规分型，对及时发现和控制病原菌流行具重大意义。国外一些医院的做法是对VRE 等不常见的耐药菌一经发现即进行分子分型，根据基因分型，判断流行的可能性及范围并采取相应措施控制感染。如某医院对2 个月时间内自16 个病人分离的19 株VRE 进行分型，结果显示其中十四株为一个型别，其他为一个型别，高度提示VRE 流行，经调查分析，发现14名患者中11 人有直接联系。根据这些分析，采取了针对性控制措施而中止了感染。另一些医院针对肺炎克雷伯菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、粘质沙雷菌等感染流行问题，均通过分子分型而得到控制。据统计，微生物室成立分子分型实验室（设备及人员）的费用为$180,050，每年分子分型相关支出为$400,000，假设所有医院（美国）都常规进行分子分型，实验相关费用达20 亿美元，但节省下来的治疗医院感染的费用将超过5 倍（100 亿）。
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