关于在线软件检索启动子区域转录因子结合位点的问题。(结合位点,转录因子,启动子,位点) - DNA技术 - 生物秀
标题: 关于在线软件检索启动子区域转录因子结合位点的问题。(结合位点,转录因子,启动子,位点)
摘要: [关于在线软件检索启动子区域转录因子结合位点的问题。(结合位点,转录因子,启动子,位点)] 本人使用在线软件检索启动子区域转录因子结合位点，在同一个20bp的区域，AliBaba 2 1检索到一个sp1结合位点（gctaggagg；-1698—-1707）；而用TFsearch检索到ADR1位点（TAGGAGG，；-1701—-1707） 而且这两个位点其实是重合的，只不过不同软件检索成不同结合位点了。 关键词:[结合位点 转录因子 启动子 位点]……
本人使用在线软件检索启动子区域转录因子结合位点，在同一个20bp的区域，AliBaba 2.1检索到一个sp1结合位点（gctaggagg；-1698—-1707）；而用TFsearch检索到ADR1位点（TAGGAGG，；-1701—-1707）.而且这两个位点其实是重合的，只不过不同软件检索成不同结合位点了。
回复大侠您是在哪里预测的啊，我最近也在预测启动子区转录因子结合位点，求指导回复不同的软件预测出不同的转录因子结合位点，不知道该选哪一个转录因子进行研究，该怎么办 这实验做的揪心啊，求指导，求回复回复多试几个网站嘛可以试试http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.htmlhttp://www.transcriptionfactor.org/index.cgi?Home也麻烦楼主分享下楼主预测的地址呢
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转录因子结合位点的识别与分析分析,和,转录,转录因子,核转录因子,反馈意见
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转录因子结合位点的识别与分析
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3秒自动关闭窗口为何我用MatInspector作不出这个结果呢(序列,转录因子,结合位点) - DNA技术 - 生物秀
标题: 为何我用MatInspector作不出这个结果呢(序列,转录因子,结合位点)
摘要: [为何我用MatInspector作不出这个结果呢(序列,转录因子,结合位点)] 图中序列的GenBank 号是 AY918121，我用MatInspector（https:
www genomatix de cgi-bin sessions login pl?s=8fad5e0abe5728950aab183c2342f00c;TASK=LOGIN）（注册后可免费使用）作的结果和他的很不一样，收出了几百个转录因子结合位点。其他序列也是这样，总是得到一大堆结果，而许多文章中用 关键词:[序列 转录因子 结合位点]……
图中序列的GenBank 号是 AY918121，我用MatInspector（https://www.genomatix.de/cgi-bin/sessions/login.pl?s=8fad5e0abe5728950aab183c2342f00c;TASK=LOGIN）（注册后可免费使用）作的结果和他的很不一样，收出了几百个转录因子结合位点。其他序列也是这样，总是得到一大堆结果，而许多文章中用MatInspector分析的结果并没有这么多。请教懂MatInspector得大侠，该MatInspector该如何使用？
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转录因子与其调控基因之间关系确认的研究方法
课题背景：
转录因子A是真菌非通用转录因子，Q-PCR显示在葡萄糖为碳源培养时，高表达；在高分子物质为碳源培养时，统统低表达或不表达。两者之间差异明显，初步判断转录因子A可能与高分子物质降解有关。
课题方向：研究转录因子A是否调控真菌中高分子物质降解酶的表达。
通过查询资料，目前的思路：
1， 敲除转录因子A，通过性状比较，转录谱测序或者Q-PCR等方法判断转录因子A是否调控降解酶基因表达。（这点在做，有人说上游的敲除可能导致额外的变化，但是管不了了。。问题敲除一直没做出来，丝状真菌敲除太难了）
2，在真菌基因组中增加一个组成型表达的转录因子A拷贝，观察高分子碳源诱导时，降解酶的表达情况，从而判断其作用。
3，通过ChiP, 将转录因子A在基因组上的所有结合位点找寻出来，然后对应基因组，查找其作用基因。
以上是我暂时方案，能够具体实施的。请问各位同行此方案可行吗？ 或者哪位在丝状真菌敲除技术上有经验的，我们可以进一步交流~
请问有什么简洁快速的方法，能够判断转录因子A参与到高分子物质降解酶的调控？
我了解了诸如RNA干扰或目的蛋白体内抗体表达等转录因子研究方法，但是个人感觉离我太遥远。。。在此先感谢各位同行的热情帮助~
首先非常感谢你的回复
高分子指的是生物质中包含的纤维素，木聚糖等物质，也就是你说的多糖。
对于问题2：
真菌中，在胞外有简单碳源的时候，纤维素降解酶是不表达的，这种现象叫碳源抑制效应，是由一个CreA基因介导的，敲除这个基因的话，能够观察到纤维素基因表达量的上升（也就是解除了部分抑制效应）。
对于我所观察到的转录因子A，我认为其可能是一个新的参与碳源抑制的调控因子，也就是说在简单碳源如葡萄糖下，其高表达的结果抑制了降解酶的表达，而纤维素等高分子多糖作为碳源的话，其表达量急剧下降，释放抑制，反相促进了酶的表达。这是一个猜测，基于上面提到的碳源抑制原理和Q-pcr结果（定量用了木聚糖、纤维素、稻草粉、葡萄糖，在前三者,A有及其明显的低表达，木聚糖和纤维素等大分子多糖能够交叉诱导各自降解酶的表达，多糖的其化学性质是不同的，但它们又同时对A具有相同的低调控的现象）
所以我想研究下，转录因子A是否参与碳源抑制效应中对降解酶的抑制，这样敲除之后可以看解抑制效果，或者组成表达后看抑制效果等。
用Q-pcr的原因是：
实验室之前对真菌基因组测了序，不同碳源的转录谱也测定了，对基本上所有重要的高分子多糖降解酶都做了Q-PCR验证。
你提到的microarray上的翻译水平的调节作用，我不是很了解，芯片不是只能检测mRNA的量吗？ 转录因子A以前没人研究过，response elements还不知。或者你的意思是根据生物信息筛选出共性序列，然后做ChiP验证？
嗯，经过你的解释我明白了许多，同时仍有许多问题，不能确定你的立题的把握程度。花句话说，假定转录因子A是CreA，那么你的设想就是事实了，或者退一步说，转录因子A可能有CreA的作用？
根据你的说法转录因子在这当中的作用是抑制靶基因的表达，这是不是A的普遍作用，还是也可以促进靶基因的表达？转录因子A抑制基因表达的机制是什么？本身就含有转录抑制区？还是需要recruit其他corepressor？
我的问题其实是转录因子完全可以通过CreA而发挥一系列作用，如果能够证实，同样是一个很重要的发现。依据是A对靶基因的表达有抑制作用，而CreA则有诱导作用。细胞内转录因子间的相互作用是非常普遍的一种调节机制，因此我完全可以提出这样的一个假设：
在细胞内A与CreA可以相互作用，其中CreA的作用可以受到A的调节，具体说在单糖条件下，A高表达，由于其本身的转录抑制作用（也可以是通过A recruit其他corepressor）而抑制酶类的表达，但在多糖条件下，A表达明显降低，从而对CreA的抑制作用就被解除，是相关靶基因表达加强。
当然，这也只是一种假设和想象，你不必受我的言论的影响，只是想开阔一下你的思路而已。
1、转录因子A无人研究过？那它到底是否是转录因子呢？
2、翻译水平的调节的解释：不同条件下（如单糖和多糖）可以引起许多mRNA水平的改变，有些可能是转录水平，有些则可能是转录后水平（影响其半衰期），还有些可能两个水平都有作用；另外有些是某个转录因子（如A）的直接作用，另一些则可能通过A对其他转录因子的调节所引起的继发作用。因为你的兴趣是转录水平上的调节，所以在在用单糖、多糖或其他条件处理细胞时，一方面控制时间（转录水平上的改变一般在短时间内发生，转录后水平或者间接的调节作用则需要较长时间），另一方面同时用翻译抑制剂处理细胞，以排除转录后水平上的调节和其他继发性调节作用，然后提取细胞RNA，合成RNA探针，再与芯片杂交。不知道我解释清楚了没有。
A与CreA的相互作用到是提醒我了。
CreA介导碳源抑制的话，那么在葡萄糖下，其表达或者高表达是正常的，对应的在多糖下，应该是表达量下降从而降低抑制，但相反的是，我检测了CreA在不同碳源下表达的水平不符合这个规律。这就有可能我新发现的A参与到其中。
如果确实有相互作用的话，我是否可以表达完之后体外验证
全基因组有的话，A的蛋白结构域预测是符合转录因子，这点可以确认。
另外，我看了下siRNA knockdown，确实简单，快速。因为我们实验室以前没做过这方面的研究，想从你那了解下具体方法，或者可以留给QQ给我吗？ 方便请教你，十分感谢！
“转录水平上的改变一般在短时间内发生，转录后水平或者间接的调节作用则需要较长时间”
根据这点我想不通碳源下，A的表达量调节很可能是转录水平上，因为Q-PCR结果，我最小设定了诱导1h后，A的表达量就有明显变化，估计诱导后很短时间内就有变化了（可能半小时或更少）
这位仁兄水平比较高，也已经建议了许多了，我就稍稍给楼主提一些我的疑问。因为我并不是做微生物，所以可能提的问题会有些莫名其妙，见谅。
我的问题是，碳源的存在本身是否对A或降解酶有影响？
我对楼主的假设理解如下：简单碳源中，A高表达，抑制高分子降解酶，菌使用简单糖类作为碳源；高分子物质做碳源，A低表达或不表达，高分子降解酶的抑制被解除，酶活作用恢复，降解高分子以做碳源。
如果以上我的理解正确的话，那么我的疑问是，如果同时具有简单碳源和高分子物质的话，菌类利用何种碳源？A的表达又如何？
这样问的理由有：a. 如果菌是优先利用简单碳源，A高表达，那么有可能转录因子A是处于降解酶的上游，即简单碳源激活A，A抑制降解酶，（简单碳源的存在本身对降解酶有影响么？）高分子无法降解，简单糖作碳源
b. 如果是使用高分子为碳源且A不表达，那么可能就是另一种情况了。比如高分子物质的存在激活降解酶，降解酶或高分子物质抑制A，高分子优先作为碳源。
c.如果碳源本身对降解酶就有影响，那么或许简单碳源和高分子在调节降解酶这点上有拮抗作用？不过这样想就太复杂了。
我觉得除了敲除A或miRNA，还可以尝试的方法有：在高分子做碳源的情况下，过表达外源A，检测降解酶的表达以及高分子的利用程度。如果降解酶被抑制，高分子无法降解，菌无法获得碳源，那么A的确有可能是抑制降解酶的。
同时，关于ChIP，如果需要检测降解酶的数量较多，可以尝试做ChIP-seq，然后比对降解酶，看符合哪一个或几个，从而缩小范围。
A与CreA是否有相互作用可以用许多方法检测：
1、CoIP方法，即所谓免疫共沉淀的方法。具体说就是用A或者CreA的抗体进行沉淀（IP），如果A和CreA有相互作用（physically），那么就可以同时把相互作用的双方沉淀下来，对沉淀物进行Western blot（分别用A和CreA抗体）。二者有相互作用的话都应该得到信号。
2、pull－down实验，具体有多种方法。举例说，将GST－A的融合蛋白结合到相应的beads上，再把含有CreA的细胞裂解液加到beads中让其与A相互作用，然后洗脱，如果有相互作用，CreA就被pull－down至beads上，同样对所pulldown的产物进行Western blot分析便可，此所谓GST－pulldown实验。
有了这种相互作用的基础，可以再回过头来利用细胞分析这种相互作用的后续功能改变，如对靶基因表达的调节作用等等。
siRNA技术非常之简单，如果你做过transfection的基本实验就更不是问题了。我不用QQ（是不是有些奇怪？）。有什么具体问题可以在这里发给我。
单糖、多糖对A表达的调节作用发生于转录水平这应该不是问题，其实从你的设想来说也不是重点。因为你关心的是A改变后对酶类基因表达的调节情况。
但在我看来，我仍然觉得对A的调节的后续研究更为靠谱些（基于你目前的结果），而不是一下子jump到A对酶类基因表达的调节。至于如何研究单、多糖类对A的调节其实你也可以做许多事，兴许随着工作的逐步深入，也有可能重新回归到你的原始设想，或者我提出的相互作用（cross－talk）模型。
具体说来，熟悉确定单、多糖对A的调节发生于转录水平，这个很快就可以得到结论。然后分析A之调控基因（上游基因顺序）可能存在的诸多可能与转录因子相互作用的位点。对了，有无单、多糖（或其他类似意思）response elements概念的存在。通过以上分析，希望对单多糖诱导A表达的机制有个大致概念，然后做些具体的实验分析。
有了这些之后，再过渡至对A功能方面的研究，这就是你的初衷部分。
看你的分析过程，觉得很精彩！哈哈
我已经听到你的笑声了！
果然是一番华山论剑，我觉得丝状真菌的siRNA不会比普通的敲除实验好做吧，有成熟系统吗？
嘿嘿之前就加你好友了 多多指教哦
你好，我做的也是转录因子，不过所调控的下游的基因还没有找到，你提到的microarray是芯片数据库？有什么网站或者数据库可以提供一下吗？对了，我做的是植物方面的
能看的出来你也是做这块的
相关结构都是符合转录因子的，目前基本确认其是转录因子。
我研究的丝状真菌比较不招人待见，你说的多种转录因子的的共同作用确实很值得去探索。
你的意思是我先放缓其功能研究，一步一步来，先去看看单糖或多糖是如何调节这个转录因子的，对吗？
我也觉得这样更加踏实些，我先着手下这方面的实验思路，再来向你请教~
十分感谢！
丝状真菌的siRNA你有接触过吗？我之前也没接触过，在考虑建下这个系统
你好，你有丝状真菌过表达的载体吗？ 打算坐下A在菌内的过表达。。
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随时随地聊科研转录因子结合位点
义项指多义词的不同概念，如的义项：网球运动员、歌手等；的义项：冯小刚执导电影、江苏卫视交友节目等。
转录因子结合位点，是与转录因子结合的DNA序列，它们与转录因子相互作用调控基因的转录过程。
外文名称 Transcription factor binding site
应用学科 遗传学；分子遗传学
度 通常在5~20 bp范围内
中文名称：结合位点 英文名称：Transcription factor binding site（TFBS） 定义1：转录因子结合位点是与转录因子结合的DNA序列，它们与转录因子相互作用调控基因的转录过程。应用学科：（）；基因表达与调控（） 定义2：起的DNA序列。应用学科：（一级学科）；（二级学科）
转录因子结合位点（Transcription factor binding site，TFBS）是与转录因子结合的DNA片断，长度通常在5~20 bp范围内，一个转录因子往往同时调控若干个基因，而它在不同基因上的结合位点具有一定的，又不完全相同 对经过生物实验验证的已知位点进行分析可知,转录因子结合位点往往以保守短序列片段(亦称作(m otif))的形式出现.对于基因组,模体的长度一般为10～30bp,而对于真,其长度更短,通常为5～15bp.与其它常见的序列模体信号相比,转录因子结合位点模体除了n长度较短以外,其也更加灵活,容许较多的.
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